در روز ۲۵ اسفند ۱۳۷۳ بطور ناگهانی سید احمد خمینی دار فانی را وداع می کند وی فرزند دوم روح الله خمینی بود.در این زمان تقریبا ۴ سال از مرگ روح الله خمینی گذشته بود.
سایت برای نسل جوان - بلافاصله پس از مرگ سید احمد خمینی شایعات مبنی بر قتل سید احمد خمینی بر زبانها جاری شد و رفته رفته احتمال قتل سید احمد خمینی قوت گرفت.
همزمان دولت وقت نیز شایعاتی را مبنی بر اعتیاد سید احمد خمینی بر زبانها انداخت و این ادعا ها حاکی از آن بود که سید احمد خمینی بخاطر زیاده روی در مصرف مواد مخدر جانش را از دست داده است.رسانه های دولتی نیز علت قتل سید احمد خمینی را سکته قلبی اعلام کردند
اما حقیقت این بود که سید احمد خمینی یکی از قربانیان قتل های زنجیره ای بود.
سید احمد خمینی از اوضاع پیش آمده در کشور ناراضی بود و دائم به بیت مرحوم آیت الله منتظری رفت و آمد می کرد و از وی بخاطر ظلمی که در حقش روا شده دلجویی می کرد.
وی چهار روز پیش از مرگش سخنان تندی در هفته نامه امید منتشر کرده بود.
الان داخل شانزدهمین سال از عمر انقلاب اسلامی هستیم و هنوز بعضی از مسئولین، حتی مسئولین نهادهایی که پس از انقلاب تاسیس شده‌اند، مشکلات مدیریتی و مسایل خود را به گردن رژیم گذشته می‌اندازند و ندانم کاری‌های خود را ناشی از مشکلات بجا مانده از رژیم طاغوت می دانند. ایضا بعضی‌ها همه نقاط ضعف و بی کفایتی خود را با هیاهو به گردن استکبار جهانی و آمریکا انداخته و از زیر بار مسئولیت شانه خالی می‌کنند
ضعف مدیریتی و امنیت پرواز باعث سقوط پی درپی هواپیماهای مسافربری سیویل و نظامی می شود و هنوز مرکب خبر سقوط هواپیمای فوکر و آسمان خشک نشده خبر سقوط طیاره دیگری منتشر می شود. آیا این هم از توطئه آمریکاست؟
سعید امامی در اعترافاتش که بلافاصله در پرونده اش مهر فوق محرمانه خورد و حذف شد می گوید:
وقتی باخبر شدیم که حاج احمد آقا در جلسات خصوصی به مسئولان نظام و حتی به ولایت امر اهانت می‌کند. آن را ارجاع دادیم و بلافاصله دستور آمد که همه رفت‌وآمدهای ایشان را زیر نظر بگیرید و از مکالمات و ملاقاتهای ایشان نوار تهیه کنید. ما هم بمدت یکسال همین کار را کردیم. متاسفانه حاج احمد آقا به راه یک‌طرفه بدی وارد شده بود که برگشت نداشت. وقتی دستور حذف حاج احمد آقا را آقای فلاحیان به من ابلاغ کرد مضطرب شدم و حتی به تردید فرو رفتم. دو روز بعد، همراه با آقای فلاحیان به دیدار آیت‌الله مصباح [یزدی] رفتیم، آقایان محسنی اژه‌ای و بادامچیان هم آنجا بودند البته بعدا حاج آقا خوشوقت هم از بیت رهبری آمدند آنجا و نظر جمع بر این بود که نباید به کسانی که با ولی امر مسلمین خصومت می‌کنند، رحم کرد.
همچنین در مورد نحوه قتل سید احمد خمینی می گوید:
سعید امامی همچنین گفته است:از آنجا که سید احمد خمینی قرص های مختلفی مصرف می کرد یافتن وسیله ای جهت از پای در آوردن او کار سختی نبود. با شناسایی داروهای او ترتیبی داده شد که یکی از قرصهای او عوض شود و یک قرص با همان شکل و شمایل اما با دوز بالا و کشنده از همان دارو در میان قوطی قرص او قرار گیرد . در شب حادثه مقتول مثل همیشه قرص های خود را خورده و آرام خوابید و دیگر بیدار نگردید.
سعید امامی همچنین اشاره می کند که در طول سه روز بیهوشی احمد خمینی در بیمارستان ترتیبی داده شده بود که به هرشکل شده از خروج او از بیمارستان ممانعت شود، پس از مرگ علیرغم اصرار همسر ایشان نگذاشتیم پزشک قانونی دلایل مرگ ایشان را پیگیری کند و به همان اعلامیه تیم پزشکی اکتفا شد.
دکتر جمشید پرتوی، متخصص قلب و پزشک سید احمد خمینی نیز در ۱۰ دی ۱۳۷۷ در تهران و در منزل مسکونی‌اش کشته شد.
متن سند بصورت زیر است:
«من از آغاز انقلاب تا به امروز سرباز گوش به فرمان نظام مقدس اسلامی و مقام ولایت بوده و هستم، هیچگاه بدون کسب اجازه و یا بدون دستورات مقامات عالی نظام کاری انجام نداده‌ام. هرچه را که به صلاح نظام و اسلام دانسته‌ام به عنوان پیشنهاد به مسئولانم ارائه کرده‌ام. من خود را گناهکار نمی‌دانم. کسانی که حذف شده‌اند، مرتد، ناصبی و محارب بوده‌اند. حکم مجازات آنها مثل همیشه به ما تکلیف شده است و ما آنچه کرده‌ایم اجرای تکالیف شرعی بوده است نه قتل و جنایت ... حکم اعدام داریوش فروهر و پروانه اسکندری را به روال معمول همیشگی حجت‌الاسلام علی فلاحیان به من داد. احکام اعدام سایر محاربین قبلا" در زمان وزارت فلاحیان صادر شده بود. از مدتها پیش قرار بر این بود که عوامل مؤثر فرهنگی وابسته که توطئه تهاجم فرهنگی را در ایران پیاده می‌کردند و جمعا" صد نفر بودند اعدام شوند.
حکم حذف ۲۹ نفر از نویسندگان از مدتها پیش مشخص و احکام قبلا" صادر شده بود که در مورد ۷ تن از آن عناصر احکام در دوره وزارت علی فلاحیان اجرا شده بود.
وقتی حکم اعدام فروهر به ما ابلاغ شد پرسیدیم که تکلیف احکام معطل مانده اعضای کانون نویسندگان چه می‌شود که حاج آقا دری نیز گفتند هرچه سریعتر اقدام شود بهتر است و این بار نیز مثل ماقبل انجام شد با فرق اینکه بجای ابلاغ از سوی فلاحیان امور از طریق حاج آقا دری نجف‌آبادی هماهنگ می‌شد.» در جلد ۱۶ پرونده صفحه ۳۸۴ پرونده بازجویی سعید امامی نیز ، هنگامی که بازجو از امامی سؤال می کند که آیا اعدامها رویه امنیتی داشت و با حکم "حفظ نظام از واجبات است" انجام می‌شد یا حکمهای موضوعی نیز داشت ، سعید امامی پاسخی می دهد که شابد بتوان آنرا مهم ترین فراز بازجوئی‌های وی تلقی نمود. وی در جواب می‌گوید: « فلاحیان با وجود آنکه خود حاکم شرع بود، اما معمولا" و در موارد حساس احکام حذف محاربان را شخصا" صادر نمی‌کرد. او این احکام را از آیت‌الله خوشوقت، آیت‌الله مصباح، آیت‌الله خزعلی، آیت‌الله جنتی و گاها" نیز از حجت‌الاسلام محسنی اژه‌ای دریافت می‌کرد و بدست ما می‌داد. ما فقط به آقایان اخبار و اطلاعات می‌رساندیم و بعد هم منتظر دستور می‌ماندیم. مثلا" وقتی باخبر شدیم که حاج احمد آقا در جلسات خصوصی به مسئولان نظام و حتی به ولایت امر اهانت می‌کند. آنرا ارجاع دادیم و بلافاصله دستور آمد که همه رفت و آمدهای ایشان را زیر نظر بگیرید و از مکالمات و ملاقاتهای ایشان نوار تهیه کنید. ما هم بمدت یکسال همین کار را کردیم. متأسفانه حاج احمد آقا به راه یک طرفه بدی وارد شده بود که برگشت نداشت. وقتی دستور حذف حاج احمد آقا را آقای فلاحیان به من ابلاغ کرد مضطرب شدم و حتی به تردید فرو رفتم. دو روز بعد همراه با آقای فلاحیان به دیدار آیت‌الله مصباح رفتیم، آقایان محسنی اژه‌ای و بادامچیان هم آنجا بودند البته بعدا" حاج آقا خوشوقت هم از بیت آمدند آنجا و نظر جمع بر این بود که نباید به کسانی که با ولی امر مسلمین خصومت می‌کنند، رحم کرد.»
همچنین عماد الدین باقی نیز می گوید که سید حسن خمینی از قول حجت السلام دعایی که مسئول رسیدگی به پرونده قتل های زنجیره ای بود به او گفته است که سید احمد خمینی یکی از حلقه های قتل های زنجیره ای بوده است.
اما متاسفاته حقیقتی که محافل اصلاح طلبی چشمشان را روی آن بسته اند دخالت فعال هاشمی رفسنجانی در ماجرای قتل سید احمد خمینی بود.در آن سالها خامنه ای تازه روی کار آمده بود و مستقیما از رفسنجانی تبعیت می رد از طرف دیگر فلاحیان در تمامی قتل ها مستقیما از رفسنجانی دستور می گرفت.
لاریجانی در خاطراتش می نویسد::در اخبار داخلی، موضعگیری و انتقاد شدید اللحن حجت الاسلام آقای حاج سید احمد خمینی خبر مهمی بود، سخنان ایشان در رسانه های داخلی وخارجی انعکاس گسترده داشت. صحبتهای ایشان چند محور داشت:۱- ما نباید تابع سیاستهای اقتصادی غرب باشیم.۲- از موقعی که سرمایه داران تحت لوای بخش خصوصی به تخریب اقتصادی مشغول هستند، هر روز سنگی در مقابل توان اقتصادی مردم مظلوم و مستضعف انداخته اند. ۳- یک عده سرمایه دار زالو صفت به این بهانه که افتصاد دولتی مضر است، به حال خود رها شده و به جان این ملت افتاده اند. ۴- اگر با سرمایه داران همانند منافقین برخورد می کردیم، اوضاع کشور به این صورت در نمی آمد.
رسانه های خارجی این سخنان را مخالفت با سیاستهای دولت آقای هاشمی تلقی کرده و روی آن داستان سرایی کرده اند. هرچند این مطالب مخالفت با سیاست های دولت آقای هاشمی است ولی نه آن طور که در رسانه های خارجی بزرگ شد
نکته جالب این است که قتل سید احمد خمینی همزمان با سایر قتل های زنجیره ای مانند توطته نافرجام سرنگون کردن اتوبوس حامل نویسندگان به دره و ربوده شدن فرج سرکوهی در فرودگاه مهرآباد، و .. توسط وزارت اطلاعات دولت هاشمی رفسنجانی ترتیب داده شده بود.
همچنین رفسنجانی و احمد خمینی بر سر مساله جنگ ایران و عراق اختلافات عمیقی داشتند اما وجود خمینی مانع از قتل احمد می شد احتمالا احمد خمینی با عزل بنی صدر نیز مخالف بود ولی رفسنجانی کاملا موافق این کار بود زیرا روابط بنی صدر و سید احمد خمینی از زمان نوفل لوشاتو بسیار نزدیک بود حتی بنی صدر می خواست سید احمد خمینی را نخست وزیر خود بکند.مورد بعدی اختلاف رفسنجانی و سید احمد خمینی در ادامه یا عدم ادامه جنگ بود.
بعد از مرگ خمینی هر دو نفری که در جمهوری اسلامی بر سر قدرت بودند مخالف بودن وی بودند پس قتل سید احمد خمینی با تایید رفسنجانی و خامنه ای صورت گرفته است.
