آقای محلاتی طی سال‌های ۱۳۶۶ تا ۱۳۶۸، سفیر و نماینده دائمی جمهوری اسلامی ایران در سازمان ملل متحد بود.
اگر چه چنین سمت‌های بالایی همواره به افراد وفادار به حکومت داده می‌شده، اما باید به خاطر داشت که دهه ۱۳۶۰ شمسی به لحاظ عقیدتی و شدت خشونت اِعمال شده در آن، مقطعی منحصر به فرد در تاریخ مدرن ایران محسوب می‌شود و فقط افرادی که کاملا همراه و تابعِ مطلق ایدئولوژی جمهوری اسلامی بودند به این گونه مشاغل عالی منصوب می‌شدند. در زمان تصدی آقای محلاتی به عنوان نماینده جمهوری اسلامی در سازمان ملل، دولت ایران به پاکسازی روشمند و به شدت خشونت بار کلیه زندانیان سیاسی مبادرت ورزید و طی آن دست کم ۳ هزار و ۸۰۰ تن را به قتل رساند. به گفته سازمان‌های طراز اول حقوق بشری و نیز پارلمان کانادا، این کشتارها به موجب حقوق بین الملل، جرائم علیه بشریت محسوب می‌شوند. برای نمونه، در روز ۲۳ تیر ماه سال جاری، دادگاهی در کشور سوئد، با استناد به صلاحیت بین المللی [فراسرزمینی] (مفهومی که تنها برای جدی ترین جرائم بین المللی به کار برده می‌شود) یکی از مسئولان زندان‌های وقت را گناهکار شناخت و به حبس ابد محکوم کرد.
در خلال این کشتارها، سازمان عفو بین الملل تعداد ۱۶ فراخوان اقدام فوری خطاب به جامعه بین المللی صادر کرد و به جهانیان نسبت به قتل‌ها هشدار داد و از دولت ایران خواست به کشتارها پایان دهد. بنابراین هر کس که رغبتی هر چند گذرا هم به مسائل مربوط به ایران نشان می‌داد از وقوع این قتل‌ها آگاه می‌بود و به سختی می‌توانست تردیدی در خصوص موثق بودن آن داشته باشد چرا که منبع خبر (عفو بین الملل) معتبر بوده وعلاوه بر آن، کشتارها با رویه سرکوب خشن جاری و معمول در ایران پسا انقالب، مطابقت داشت.
با این حال، همان گونه که سازمان ملل متحد و سازمان عفو بین الملل هر دو خاطرنشان ساخته‌اند، آقای محلاتی تلاش‌های بسیاری برای انکار این کشتارها و جلوه دادن آن به عنوان تبلیغات خارجی به کار برد. بنا به گزارش سازمان عفو بین الملل "محلاتی... در جریان جلسه‌ای با نماینده ویژه سازمان ملل متحد در باره وضعیت حقوق بشر در ایران، وقوع کشتارها را انکار کرده و مدعی شد "بسیاری از این کشتارها در واقع در میدان جنگ به وقوع پیوسته است". آقای محلاتی همچنین خبر این اعدام‌ها را "کذب محض"، "تبلیغات سیاسی علیه جمهوری اسلامی"، و "اخبار جعلی" خواند.
نظر کارشناسانه جمعی گروه‌های حقوق بشر بر این است که آقای محلاتی یا نسبت به وقوع کشتارهای سال ۶۷ اطلاع داشته و یا باید اطلاع می‌داشته است. حتی اگر هم مطلع نبوده (که به شدت غیرمحتمل است)، یک فرد منطقی در منصب او، در مورد این کشتارها تحقیق و کنکاش می‌کرد و از وقوع آن اطلاع می‌یافت. بنابراین، دروغ‌های محلاتی به سازمان ملل در مورد کشتارها، موید نیتی مبنی بر گمراه کردن جامعه بین المللی به منظور تلاش در پنهان کردن و سرپوش گذاشتن بر کشتارها است.
کار پژوهشی آقای جفری رابرتسون، وکیل برجسته بین المللی - که در یک گزارش حقوقی در خصوص این کشتار تحقیقات جامعی به عمل آورده - نظرات ما را تایید می‌کند. وی در گزارش خود خاطر نشان ساخت: "هنگامی که موضوع تعقیب [افراد و مسئولان کشوری] به لحاظ مشارکت در ارتکاب جرائم علیه بشریت مطرح است، هیچ دلیل موجهی وجود ندارد که دیپلمات‌ها را مستثنی کنیم، که علی رغم علم به حقیقت، باز هم در مورد آن به نهادهای سازمان ملل دروغ می‌گویند (نهادهایی که این دیپلمات‌ها موظفند در قبال آن حقایق و واقعیات را بیان کنند). جعفر محلاتی، سفیر جمهوری اسلامی در سازمان ملل متحد، بارها کشتار زندانیان را انکار کرد و مدعی شد که چنین اتهاماتی تبلیغات دشمنان رژیم بوده است". آقای رابرتسون در ادامه می‌افزاید "گفته می‌شود محلاتی در ایاالت متحده آمریکا اقامت گزیده، کشوری که ممکن است در آن، به موجب قانون [مسئولیت مدنی] بیگانگان در قبال ارتکاب شبه جرائم (Alien Tort، Claim Act) به اتهام معاونت در شکنجه زندانیان، علیه وی دعوای مدنی اقامه شود".
علی رغم حجم زیاد ادله و براهین علیه آقای محلاتی، هنگامی که آگاهی یافتیم کالج اوبرلین نه تنها او را به استخدام رسمی خود در آورده، بلکه تحقیقاتی بی سرو صدا و پنهانی نیز به عمل آورده که حاصل آن تبرئه کاملا غیر عقلایی وی بوده است، به شدت مایوس شدیم. تا آن جا که ما اطلاع داریم، اوبرلین در انجام این تحقیقات، نه در این خصوص با متخصصان صحبت کرده و نه با قربانیان. واقعیت امر این است که افرادی که این اتهامات را علیه آقای محلاتی مطرح کردند، از انجام این تحقیقات حتی مطلع هم نشدند. روند انجام این تحقیقات و نتیجه گیری عجیب و شگفت آور آن مبنی براین که آقای محلاتی هیچ اطلاعی در باره کشتارها نداشته، ما را به این باور و جمع بندی می‌رساند که این تحقیقات، تلاشی برای کشف حقیقت نبوده بلکه هدف آن صرفا سرپوش گذاشتن و پرهیز از ادامه یک مناقشه بوده است.
بنابر این، احتراما تقاضا داریم کالج اوبرلین اجازه دهد یک طرف ثالث، تحقیقاتی شفاف در باره اتهامات مطروحه علیه آقای محلاتی انجام دهد. اعتبار دانشگاه شما و تعهدتان نسبت به اجرای عدالت و انصاف، به این امر مهم بستگی دارد.

احتراما
دکتر شیرین عبادی، حقوق دان، فعال حقوق بشر و برنده جایزه صلح نوبل
دکتر آذر نفیسی، نویسنده و استاد سابق ادبیات انگلیسی
دکتر لادن برومند، مورخ، و یکی از مؤسسان بنیاد عبدالرحمن برومند برای حقوق بشر و دموکراسی در ایران