یک روز پس از انتشار انتقادهای محمود واعظی از علی شمخانی، سخنگوی سابق دبیرخانه شورای امنیت ملی آقای واعظی را به سیاسی‌بازی «مغایر منافع ملی» متهم کرد و گفت علی شمخانی «گفتنی‌های» بسیاری از «خیانت‌ها» در پرونده هسته‌ای ایران دارد
بی بی سی - کیوان خسروی، سخنگوی سابق دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی گفت: «دستمایه قرار دادن موضوعات حوزه امنیت ملی برای پیگیری اهداف سیاسی و جناحی که شالوده اظهارات آقای واعظی است، رفتاری مغایر با اصول حرفه‌ای و مغایر منافع ملی محسوب می‌شود.»
او گفت پاسخ دادن به اتهام‌های آقای واعظی مستلزم افشای موضوعاتی مرتبط با امنیت ملی است و «فعلا امکان تبیین آن وجود ندارد.»
آقای خسروی افزود: «در شرایطی که تاریخچه و جزئیات موضوع هسته‌ای و فرجام برجامی آن قابل ارائه و بحث باشد، آقای شمخانی گفتنی‌های زیادی از این پرونده دارد که در اینجا نقش‌ها و خدمت‌ها و خیانت‌ها روشن خواهد شد.»
نام علی شمخانی، دبیر سابق شورای عالی امنیت ملی در روزهای گذشته در رسانه‌های ایران مطرح شد و برخی از رسانه‌ها با اشاره به کشته شدن حسین امیرعبداللهیان، وزیر خارجه، می‌گویند آقای شمخانی مسئول مذاکرات هسته‌ای ایران شده است.
علی باقری کنی، سرپرست وزارت خارجه در پاسخ به این سوال که آیا علی شمخانی مسئول مذاکرات هسته‌ای شده است یا نه، این موضوع را به صراحت تکذیب یا تایید نکرد.
آقای باقری کنی امروز در جمع خبرنگاران در پاسخ به پرسشی درباره نقش علی شمخانی در پرونده هسته‌ای ایران گفت: «البته ما پرونده‌ای نداریم اما فعالیت‌های هسته‌ای در چارچوب تدابیر نظام زیر نظر شورای عالی امنیت ملی همچنان ادامه دارد.»
او گفت مذاکره برای آزادسازی ارزهای بلوکه‌شده ایران ادامه دارد و تاکید کرد که با وجود پیش رو بودن انتخابات ریاست جمهوری هم در ایران و هم در آمریکا، «تبادل پیام‌ها هیچ گاه قطع نشده و الان نیز جاری است.»
علی شمخانی یکی از نام‌هایی است که به عنوان نامزد احتمالی انتخابات ریاست جمهوری در رسانه‌های ایران مطرح شده است.
پس از کناره‌گیری آقای شمخانی از دبیری شورای عالی امنیت ملی، آیت‌الله علی خامنه‌ای او را به عنوان عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام و مشاور سیاسی خود منصوب کرد.
در همین حال، محمدجواد ظریف، وزیر خارجه پیشین گمانه‌زنی درباره احتمال نامزدی خود را رد کرده است.
دفتر محسن رضایی، چهره سیاسی دیگر هم در اطلاعیه‌ای گفت که آقای رضایی «مشغول رایزنی و ایجاد وحدت در بین نامزد‌های احتمالی جبهه انقلاب» است و هنوز تصمیمی برای نامزدی نگرفته است.
