معاون حقوقی و پارلمانی رئيس جمهور با اعتقاد بر اين که روند برخورد با پرونده آقاجری از ابتدا يک ماجرای سياسی بوده است، در اين باره گفت: در اين ماجرا يک انسان روشنفکر و فرهنگی را صرفاً به دليل اعتقاداتش مورد برخورد قرار دادند. محمدعلی ابطحی در گفت و گو با خبرنگاران در حاشيه هفتمين کنگره سراسری جبهه مشارکت ايران اسلامی در جمع خبرنگاران روند طی شده در اين پرونده و محکوميت آقاجری به عنوان يک روشنفکر به دليل گفته هايش را غير قابل قبول دانست.