بی بی سی - علی مطهری، نائب رئیس مجلس ایران، در نامه‌ای به احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان قانون اساسی، این نهاد را بعد از مرگ اکبر هاشمی رفسنجانی به "بدعت" در بررسی مصوبات مجلس متهم کرده است.
علی مطهری امروز در نامه‌ای به احمد جنتی گفته است "اخیرا و بعد از رحلت مرحوم آیت‌الله هاشمی رفسنجانی، مجمع تشخیص مصلحت نظام فهرست مغایرت‌های مصوبات مجلس با سیاست‌های کلی نظام را برای شورای نگهبان ارسال کرده است."
به گفته آقای مطهری شورای نگهبان بدون بررسی مغایرت‌ها و اظهار نظر در مورد وارد بودن ایراد مجمع تشخیص مصلحت به هر مصوبه، کل ایرادهای مجمع را به مجلس فرستاده است.
آقای مطهری نوشته است: "این یک بدعت در کار شورای نگهبان است چون اگر هر یک از موارد ارجاعی از سوی مجمع به شورای نگهبان مورد بحث قرار گیرد و درباره آن رای گیری شود ممکن است شورا برخی از آن‌ها را وارد نداند و از دستور خارج و زحمت مجلس کم شود. مجلس در مسیر قانون‌گذاری خود فقط با یک نهاد طرف است و آن شورای نگهبان است."
آقای مطهری گفته شورای نگهبان مصوبه مجلس درباره "شورای عالی اجتماعی" را بدون بررسی رد کرده و ایرادهای مجمع تشخیص مصلحت را مبنای رد کردن مصوبه مجلس قرار داده است.
این در حالی است که عباسعلی کدخدایی، سخنگوی شورای نگهبان، می‌گوید مصوبه مجلس به این دلیل رد شده که در جریان تشکیل شورای عالی اجتماعی، مجلس برای شورای عالی انقلاب فرهنگی وظیفه تعیین کرده، در حالی که مجلس چنین اختیاری ندارد.
به گزارش خبرآنلاین روز چهارشنبه علی لاریجانی، رئیس مجلس ایران هم در انتقاد از شورای نگهبان گفت مصوبه مجلس "دستور آقا بوده است. آقا فرموده بودند. نمی‌دانم شورای نگهبان چرا همچین می‌کند. شورای نگهبان بداند که نظر آقا را اعمال نکرده است."
آقای کدخدایی در پاسخ به ایراد علی لاریجانی گفته است که اعضای شورای نگهبان از مراحل تشکیل شورای عالی اجتماعی "در شورای عالی انقلاب فرهنگی با خبر بودند، اما این سوال مطرح بود که اگر موضوع در دستور کار شورای عالی انقلاب فرهنگی است، که خود دلیلی است بر صحیح بودن نظر شورای نگهبان، در این صورت چه نیازی به ذکر آن در مصوبه مجلس است."
در بخشی از لایحه برنامه ششم توسعه در ایران پیشنهاد تشکیل "شورای عالی اجتماعی کشور" به ریاست رئیس جمهور و نائب رئیسی وزیر کشور وجود داشت. مجلس تصویب کرد که وظایف، اختیارات و ترکیب این شورا با پیشنهاد وزارت کشور به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی برسد.
پس از دو بار مخالفت شورای نگهبان با این مصوبه، مجلس ایران برای تامین نظر شورای نگهبان آن را از برنامه ششم حذف کرد.
مخالفت اولیه شورای نگهبان با این مصوبه اول به دلیل نقض اصل تفکیک قوا در ایران و سپس به دلیل اینکه مجلس مصوبه را بدون تغییر به شورای نگهبان برگزدانده بود.
شورای نگهبان می‌گوید مجلس اختیار این را ندارد که وظیفه تعیین اختیارات و ترکیب شورای عالی اجتماعی را به شورای عالی انقلاب فرهنگی واگذار کند، چرا که شورای انقلاب فرهنگی مستقیما زیر نظر رهبر است و نیازی نیست دستور کار آن در مصوبات مجلس بیاید.
