او تیرماه ۱۳۸۶ در دفتر کارش در تهران دستگیر به بازداشتگاه ۲۰۹ وزارت اطلاعات منتقل شد. مدت زیادی تحت بازجویی قرار گرفت و هفت ماه را در زندان انفرادی به‌سر برد.

این فعال حقوق بشر در هشت سال نخست زندان تنها یک بار به مرخصی رفت و دوران زندان خود به‌سختی بیمار شد. با این حال در اعتراض به پرونده‌سازی‌های مکرر و برای استفاده از امکاناتی از قبیل ملاقات با خانواده، استفاده از مرخصی بیشتر دست به اعتصاب غذا زد.

زمانی که فرزندش به بیماری سرطان دچار شده و در بیمارستان بستری بود، او پس از ۵۹ روز اعتصاب غذا سرانجام اجازه یافت به دیدار فرزند بیمارش برود.

کمیته تحقیق بازداشت‌های خودسرانه در ملل متحد و سازمان‌های جهانی مدافع حقوق بشر بارها حبس او را غیرقانونی خوانده و خواستار آزادی‌اش شدند.

محمدصدیق کبودوند برنده جایزه هلمت همت در سال ۲۰۰۸ است. انجمن قلم اتریش، انجمن قلم سوئد، انجمن قلم کاتالا و انجمن قلم سیدنی او را به عنوان عضو افتخاری خود پذیرفته‌اند. او همچنین سال ۲۰۰۹ به‌عنوان روزنامه‌نگار سال بریتانیا انتخاب شد.

«سازمان دفاع از حقوق بشر کردستان» که خبر آزادی کبودوند را اعلام کرده افزوده است آزادی او به قید کفالت از آن روست که با وجود پیگیری‌های خانواده کبودوند، «قانون تجمیع جرائم» در مورد او اعمال نشده است. در صورت تعیین تکلیف این قانون، آزادی او قطعی محسوب می‌شود.