بی بی سی - حسن خمینی، از اعضای هیئت موسس و هیئت امنای دانشگاه آزاد اسلامی در نامه‌ای به حسن روحانی، رئیس جمهور ایران، در مورد وجاهت قانونی عزل حمید میرزاده از ریاست این دانشگاه ابراز تردید کرده و خواهان دخالت رئیس جمهور در موضوع شده است.
نوه آیت الله خمینی در نامه خود نوشته: "به نظر اینجانب روند عزل برادرمان جناب آقای میرزاده از وجاهت قانونی برخوردار نیست و حداقل آن است که شبهه غیرقانونی بودن آن بسیار قوی است".
او همچنین گفته که نصب سرپرست به جای آقای میرزاده بدون رأی‌گیری در هیئت امنا بوده است.
اوایل اردیبهشت ماه اعلام شد که آقای میرزاده از ریاست دانشگاه آزاد برکنار شده است.
علی اکبر ولایتی، رئیس هیئت امنا و هیئت موسس دانشگاه آزاد، همان زمان محمد نوریان را به طور موقت به سرپرستی این دانشگاه منصوب کرد.
دانشگاه آزاد اعلام کرد که اعضای هیئت امنا در جلسه روز یکشنبه سوم اردیبهشت (۲۳ آوریل) خود مقرر کرده‌اند که آقای میرزاده طی یک هفته از ریاست استعفا دهد، در غیر این صورت خودبه‌خود از ریاست برکنار خواهد شد.
علت تصمیم آن زمان اعلام نشد، اما پروانه مافی، نماینده تهران در مجلس گفت که این تصمیم انگیزه "سیاسی و انتخاباتی" دارد.
کرسی ریاست هیئت موسس دانشگاه آزاد اسلامی با مرگ اکبر هاشمی رفسنجانی در نوزدهم دی ۱۳۹۵ خالی شده بود.
آیت الله علی خامنه‌ای، رهبر ایران روز اول بهمن آقای ولایتی را به جای آقای هاشمی رفسنجانی به ریاست هیئت موسس منصوب کرد.
دو هفته بعد اعلام شد که اعضای هیئت امنا هم آقای ولایتی را به ریاست این هیئت انتخاب کرده‌اند.
موضوع ریاست دانشگاه آزاد اسلامی در سال‌های اخیر موضوع کشمکش‌های سیاسی متعدد بوده است.
اساسنامه این دانشگاه در سال ۱۳۸۹ به دستور آقای خامنه‌ای و با وجود مخالفت آقای هاشمی رفسنجانی تغییر کرد و راه برای تغییر رئیس دانشگاه هموار شد.
در آن زمان فرهاد دانشجو که از نزدیکان دولت محمود احمدی‌نژاد محسوب می‌شد به جای عبدالله جاسبی به ریاست دانشگاه آزاد رسید،
اما با روی کار آمدن آقای روحانی و تغییر دولت، آقای میرزاده که نزدیک به اکبر هاشمی رفسنجانی تلقی می‌شد جای او را گرفت.
