اولا، آستان قدس رضوی، مالیات تکلیفی و بر ارزش افزوده را به صورت کامل پرداخت می‌کند.
ثانیا، نذورات و موقوفات آن طبق بند الف ماده ۱۲۹ قانون مالیات‌های مستقیم (همانند تمامی آستان‌ها و مساجد، هلال‌احمر، صندوق‌های بازنشستگی، مؤسسات فرهنگی و انتشاراتی و...) از پرداخت مالیات معاف‌اند.
ثالثا، مؤسسات و شرکت‌های آستان، طبق نظر صریح امام‌خمینی (ره) و مقام معظم رهبری از پرداخت مالیات معاف هستند اما بنا به توصیه حضرت آیت‌الله خامنه‌ای این مالیات به صورت جمعی- خرجی محاسبه و پرداخت می‌شود.
خوشبختانه آقای علی مطهری در پاسخی که تهیه و منتشر کرده، اظهارات اولیه خود که به صورت یکپارچه آستان قدس را به عدم پرداخت مالیات متهم کرده بود، این‌گونه تصحیح کرده است: «سخن من درباره مالیات آستان قدس ناظر به نذورات و موقوفات یا ناظر به مالیات تکلیفی و مالیات بر ارزش‌افزوده نبود».
وی در ادامه اظهارات خود را منحصر به مالیات مؤسسات و شرکت‌های آستان قدس نموده و البته اذعان کرده است: «اگر این معافیت را در بخش شرکت‌ها و مؤسسات موقوفه آستان فرضا به دلیل وقف‌بودن آنها بپذیریم در بخش شرکت‌ها و مؤسسات خصوصی آن پذیرفتنی نیست».
بخش اول این جمله آقای مطهری نیز یک گام به جلوست و ایشان اذعان کرده که معاف از مالیات بودن شرکت‌ها و مؤسسات موقوفه آستان را می‌پذیرد. هرچند قید «فرضا» بدین معناست که احتمالا آقای مطهری در وجود یا درست‌بودن چنین قانونی تردید دارند که در این صورت باید درخصوص منطق قانونی عدم پرداخت مالیات توسط مؤسسه فرهنگی و انتشاراتی ایشان (که مستند به بند ل همین ماده ۱۲۹ قانون مالیات‌های مستقیم است) توضیح دهند.
اما جناب آقای مطهری نهایتا شبهه خود را این‌گونه منحصر کرده که: «معافیت مالیاتی در بخش شرکت‌ها و مؤسسات خصوصی آن (آستان قدس) پذیرفتنی نیست».
همان‌گونه که در جوابیه قبلی عنوان شد، متأسفانه اطلاعات قانونی و میدانی آقای مطهری دراین‌باره اندک است و ایشان ظاهرا درخصوص اظهاراتی که می‌کنند، مطالعه کافی ندارند یا اطلاعات نادرستی توسط دیگران به وی منتقل می‌شود. طرفه اینکه ظاهرا دستور صریح امام خمینی (ره) و مقام معظم رهبری درخصوص شرکت‌ها و مؤسسات آستان قدس را که عینا ارائه شد، ندیده و یا خود را به ندیدن زده‌اند.
به‌کارگیری واژه‌ای جعلی و فاقد مبنای حقوقی تحت عنوان «شرکت‌ها و مؤسسات خصوصی آستان قدس» هم از سوی آقای مطهری جای تعجب فراوان دارد. آستان قدس رضوی و مایملک آن کلیتی یکپارچه است و به هیچ شخص حقیقی تعلق ندارد که بخواهد ذیل آن شرکت و مؤسسه خصوصی داشته باشد. اصولا مگر می‌شود ذیل یک مجموعه عمومی، شرکت خصوصی ایجاد کرد؟
جهت اطلاع آقای علی مطهری، قاطبه مؤسسات و شرکت‌های آستان قدس رضوی، ماهیت وقفی یا منشأ وقفی دارند. شرکت‌های کشت و صنعت آستان که بالاترین دارایی‌های آستان مربوط بدان‌هاست، موقوفه و دارای وقف‌نامه هستند. سهام برخی شرکت‌ها نیز موقوفه بوده و بخشی دیگر نیز از محل درآمدهای وقفی، هبه و نذورات ایجاد شده‌اند.
سود حاصل از فعالیت این شرکت‌ها نیز مطابق «نیت واقف» در محل موردنظر صرف می‌شود و یا بر اساس حکم ولی فقیه و تحت نظر تولیت محترم آستان، صرف امور خیریه و کمک به مردم محروم و مستضعف می‌شود که نمونه‌هایی از آن اقدامات معاونت امداد مستضعفین و بنیاد کرامت است.
آقای مطهری در بخش دیگری از جوابیه خود، تصریح کرده است: «استفاده این شرکت‌ها از امکانات عمومی و امنیتی که حکومت ایجاد کرده است...... مثلا استفاده شرکتی که از آستان قدس از امکانات یک شهرک صنعتی می‌کند از حقوق عامه است چگونه جبران می‌شود؟».

این اظهار نظر آقای مطهری متأسفانه باز هم ناشی از همان ذهنیت غلط ایشان است که آستان را شرکت خصوصی تلقی می‌کند. آستان قدس یک مؤسسه عمومی است که طبق نظر ولی امر مسلمین، خود متولی ایفای حقوق عامه در برخی ساحت‌های فرهنگی و اجتماعی حکومت اسلامی است و کلیه دارایی‌ها و مایملک آن در همین مسیر تعیین‌شده از جانب ولی فقیه صرف می‌شود.
البته شرکت‌ها و مؤسسات وابسته به آستان قدس جز در موارد معافیت‌های قانونی (مثل همه مجموعه‌های مشابه دیگر) پرداخت‌های مالی متعارف از پول آب و برق و گاز گرفته تا مالیات کارکنان و... را مطابق قانون انجام می‌دهند و از این بابت از هیچ رانت خاصی برخوردار نیستند و تبعیضی وجود ندارد که صحنه رقابت با دیگران را دچار مشکل کند.
تدبیر حکیمانه مقام معظم رهبری مبنی بر محاسبه و پرداخت مالیات این مؤسسات بر مبنای خرجی-جمعی نیز دقیقا ناظر به همین امر است تا روند مالی این شرکت‌ها و مؤسسات شفافیت داشته باشد. کمااینکه بسیاری دیگر از دستگاه‌ها و نهادهای عمومی کشور به دلیل وظایفی که بر عهده دارند مالیاتشان به صورت جمعی- خرجی محاسبه می‌شود.
همچنین برخلاف بسیاری از نهادها و مجموعه‌های فرهنگی کشور که از ردیف بودجه اختصاصی برخوردار بوده و سالانه از دولت بودجه دریافت می‌کنند، آستان قدس رضوی از بودجه عمومی استفاده نمی‌کند بلکه ذیل تدابیر ولی فقیه، با انجام فعالیت‌های فرهنگی و اجتماعی و رفع محرومیت‌ها، به نظام اسلامی و دولت کمک می‌کند.
علی‌ایحال، فعالیت‌های آستان قدس رضوی و مؤسسات و شرکت‌های وابسته، کاملا منطبق بر چارچوب‌های قانونی و دستورات صریح حضرت امام (ره) و مقام معظم رهبری بوده و در حوزه مالیاتی نیز دستگاه‌های مرجع و قانونی از جمله سازمان امور مالیاتی کشور هیچ شبهه‌ای در این خصوص ندارند و تعامل با آنها در این خصوص کاملا روشن و شفاف است.
حال اینکه جناب آقای مطهری به عنوان نایب‌رئیس مجلس شورای اسلامی چه نگاهی به قوانین موضوعه و نهادهای قانونی کشور داشته و نیز با چه زاویه دیدی به فرامین صریح حضرت امام (ره) و مقام معظم رهبری می‌نگرند، مربوط به خود ایشان بوده و در قامت قضاوت ما نمی‌گنجد.
والعاقبة للمتقین