رادیو زمانه، رئیس شورای عالی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در درس خارج از فقه خود از برخی روحانیون حوزه‌های علمیه که خواهان استقلال روحانیت شیعه از حکومت‌اند گلایه کرد.
آیت‌الله محمد یزدی، رئیس شورای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم پنجشنبه ۲۰ اردیبهشت در درس خارج از فقه خود گفته است:
«متأسفانه برخی با لباس روحانیت می‌گویند که حوزه‌های علمیه باید به شرایط قبل از انقلاب برگردند، توجیهشان این است که حوزه علمیه نباید به حکومت و دولت وابسته باشد، اما مگر ما طرفدار وابستگی حوزه به حکومت هستیم؟ حرف ما این است که باید از این حکومت الهی تمام‌قد حمایت کنیم. در این مسیر روحانیت هم وظیفه دارد با توجه به دینی بودن نهضت و با توجه به اینکه امام راحل از درون همین حوزه‌ها قیام خود را شروع کرده‌اند، راه ایشان را تا رسیدن به همه آرمان‌ها و شعارها ادامه دهد.»
به کانال خبرنامه گویا در تلگرام بپیوندید
دخالت‌های علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی و دفتر او در حوزه‌های علمیه و انتخاب و عزل و نصب‌های مدیران حوزه‌ها به دست او سبب انتقاد برخی روحانیون شده است. منتقدان می‌گویند استقلال چند صد ساله حوزه‌های علمیه در دوران رهبری آیت‌الله خامنه‌ای مخدوش شده است.
علی خامنه‌ای در مهر ۱۳۸۹ در دیدار با گروهی از طلاب حوزه علمیه در پاسخ به این انتقادات گفته بود:
«عده‌ای می‌خواهند به نام استقلال، رابطه حوزه‌ها را با نظام قطع کنند اما واضح است که وابستگی غیر از حمایت و همکاری است و می‌توان در عین استقلال، به همکاری متقابل نیز پرداخت.»
در بودجه سال ۹۷ برای شورای عالیه حوزه‌های علمیه مجموعاً چهار هزار و ۴۶۴ میلیارد و ۵۵۷ میلیون ریال و شورای سیاست‌گذاری حوزه‌های علمیه خواهران دو هزار و ۷۱۳ میلیارد و ۳۱۰ میلیون ریال در نظر گرفته شده.
آیت‌الله محمد یزدی، رئیس شورای عالی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در ادامه انتقاداتش از استقلال‌خواهی برخی روحانیون در حوزه‌های علمیه گفته است:
«حوزه‌های علمیه پایگاه اسلام و انقلاب هستند، یقیناً فرصتی که بعد از پیروزی انقلاب اسلامی برای تبلیغ دین و معارف اسلامی فراهم شد، هرگز وجود نداشت، بنابراین روحانیت باید از این فرصت تاریخی نهایت بهره را ببرد نه آنکه فکر بازگشت به دوران پیش از انقلاب را در سر داشته باشد.»
آمار دقیقی از تعداد طلبه‌ها در ایران وجود ندارد. در ۴۸۰ حوزه علمیه در سراسر ایران دست‌کم ۱۵۰ هزار طلبه به تحصیل علوم دینی مشغول‌اند.
