شرکت هواپیمایی ماهان سال ۱۳۷۱ در دوره ریاست جمهوری «اکبر هاشمی رفسنجانی» تاسیس شد. ماهان اولین پروازهای بین‌المللی‌اش را یک سال بعد با سفر به دبی آغاز کرده است. مالک این شرکت هواپیمایی مؤسسه خیریه مولی‌الموحدین در کرمان است که ۱۰۰ درصد سهام شرکت هواپیمایی ماهان را در اختیار دارد. مدیر این خیریه «حسین مرعشی» پسرعموی همسر هاشمی رفسنجانی رئیس دفتر او در زمان ریاست جمهوری و استاندار سابق کرمان و مبتکر تاسیس ماهان‌ایر است.

شماری از سیاستمداران کرمانی الاصل جمهوری اسلامی ایران عضو هیات امنای این صندوق هستند مثل قاسم سلیمانی که زمانی فرمانده سپاه کرمان بوده، از نظامیان عضو هیات امنای موسسه خیریه مولی‌الموحدین بوده است. ایالات‌متحده نه‌تنها نیروی قدس سپاه که کل این نهاد نظامی را سازمان تروریستی خارجی تشخیص داده است و کمک‌کنندگان به آن را هم وارد فهرست تحریم‌ها می‌کند.

شرکت هوایی ماهان به‌طور تصادفی و در زمان استانداری حسین مرعشی در کرمان تاسیس شده. مرعشی درباره تاسیس این هواپیمایی، گفته است: «در کرمان مشکل امنیتی به وجود آمد و من باید خودم را هر چه سریع‌تر از تهران به کرمان می‌رساندم اما ۲۴ ساعت در فرودگاه مهرآباد معطل ماندم از همان‌جا این موضوع در ذهن من باقی ماند که باید از مشکل را با ایجاد یک هواپیمایی مستقل برای کرمان حل کنیم.»

«یک روز در دفتر کار خودم نشسته بودم که یکی از دوستان از دبی تماس گرفت و گفت یک آقای مصری به نام ابراهیم کامل چهار هواپیما دارد و می‌خواهد در ایران شرکت هواپیمایی تاسیس کند و سوال کرد آیا شما آمادگی دارید این کار را در کرمان انجام دهید و من هم بدون درنگ و تامل موافقت خودم را اعلام کردم. فوری به رئیس فرودگاه کرمان دستورات لازم را دادم و فردای آن روز در سالن فرودگاه ما با طرف مصری نشستیم و قرار گذاشتیم یک شرکت مشترک به‌صورت پنجاه پنجاه تشکیل دهیم. یک ربع بیشتر مذاکره طول نکشید.»

حسین مرعشی روایت کرده بعد از توافق برای تاسیس شرکت هوایی ایرانی مصری «مطلع شدیم که دولت ایران در زمان شاه چند وام به دولت مصر داده بود که دولت مصر نتوانسته وام‌ها را به ایران بازپرداخت کند آقای کامل به ما گفتند اگر شما بتوانید موافقت طرف ایران را بگیرید من هم موافقت طرف مصر را می‌گیرم تا این هواپیماها را به‌جای طلب به ایران بدهیم.»

با موافقت وزارت اقتصاد ایران و با اطلاع «محسن نوربخش» رییس کل بانک مرکزی و حمایت شخص هاشمی رفسنجانی، چهار فروند هواپیما به‌عنوان بدهی مصر به ایران داده شد. به‌این‌ترتیب ایران بدون تبادل مالی، موفق به گرفتن هواپیمایی شد که از خرید آن‌ها به دلیل تحریم آمریکا محروم بود.

هواپیمایی ماهان، در حال حاضر حدود ۵۰ هواپیما دارد و گزارش‌های غیررسمی حاکی است که یکی از هواپیماهایش را به یک شرکت سوریه‌ای اجاره داده است. ماهان‌ایر هرچند در مواردی تحریم‌های را دور زده و هواپیماهای کمتر کهنه خریده یا لوازم‌یدکی موردنیازش را تامین کرده اما ناوگان آن به دلیل فرسایش تاکنون دچار چندین حادثه شده است.

هرچند هواپیمایی ماهان تحت تحریم‌های ایالات‌متحده قرار داشته اما پروازهای آن به شهرهای اروپایی تا همین اواخر انجام می‌شده است. با فشار آمریکا تاکنون فرانسه، آلمان، ایتالیا از تمدید مجوز پروازهای این شرکت خودداری کرده‌اند و بریتانیا هم که پنج سال پیش آماده اجازه مجدد پروازهای ماهان به شهرهای خود می‌شد سرانجام این مجوز را صادر نکرد.

حالا سخنگوی وزارت خارجه آمریکا از دیگر دولت‌هایی که اجازه ورود هواپیماهای ماهان را می‌دهند خواسته تا هرچه زودتر این کار را متوقف کنند تا به گفته او از تحریم‌های ایالات‌متحده در امان بمانند.

تا پیش از همه‌گیر شدن ویروس کرونا هواپیماهای ماهان پروازهای منظم به چین، هند، ترکیه، قزاقستان، مالزی، تایلند، افغانستان، روسیه، پاکستان، اوکراین، یونان، ارمنستان، عراق، دانمارک و امارات متحده عربی داشته‌اند که برخی از این پروازها به دلیل شیوع بیماری متوقف است.

ایالات‌متحده تلاش کرده تا هواپیمایی ماهان را به‌عنوان یک خط هوایی امن برای مسافرت غیرنظامی بی‌اعتبار نشان دهد و مقام‌های جمهوری اسلامی ایران در این کار با آمریکا حداکثر همراهی را کرده‌اند.