او در توضیح ماجرا گفته است: پس از عمل جراحی ریه محمدرضا شجریان در سال ۸۷ که عده‌ای از هنرمندان و بازیگران به عیادت او می‌روند، «یکی از هنرمندان پیشکسوت با معاون یادشده سرزده وارد می‌شود و پدر متعجب از حضور ایشان، بر خلاف میل و به شرط ادب، سکوت می‌کنند و چیزی نمی‌گویند».

در اواخر دولت نهم و در آستانه برگزاری انتخابات ریاست‌جمهوری دهم، گزارش‌هایی از دیگر دیدارهای «برنامه‌ریزی‌شده» محمود احمدی‌نژاد و اسفندیار رحیم مشایی با برخی هنرمندان سرشناس منتشر شد که از آن میان، دیدار با عزت‌الله انتظامی، بازیگر سرشناس فقید، بعدها با اعتراض شدید او همراه شد.

همایون شجریان درباره خواسته‌های مطرح‌شده در دیدار رحیم مشایی با محمدرضا شجریان، ضمن اظهار بی‌اطلاعی افزود: «همین‌قدر می‌دانم که گویا پیشنهادهایی مطرح می‌شود که پدر با بی‌اعتنایی با آن‌ها مخالفت می‌کنند و ایشان جمع را ترک می‌کند».

محمدرضا شجریان از مخالفان سرسخت محمود احمدی‌نژاد بود که در واکنش به «خس و خاشاک» خوانده شدن معترضان به نتایج انتخابات سال ۸۸ توسط رئیس‌جمهوری پیشین، اعلام کرد: «من صدای همان خس و خاشاک هستم».

مخالفت رسانه‌ای آقای شجریان با محمود احمدی‌نژاد و همراهی او با جنبش سبز باعث محرومیتش از برگزاری کنسرت و انتشار آلبوم موسیقی در دولت دوم احمدی‌نژاد شد، ضمن آن‌که از آن زمان پخش صدا و تصویر او نیز در صداوسیما ممنوع شده است.

محمدرضا شجریان در نوروز سال ۱۳۹۵ با انتشار ویدئویی اعلام کرد که ۱۵ سال است به بیماری سرطان مبتلاست و از آن سال خانه‌نشین شده و به‌ندرت نیز تصویری از او منتشر شده و به‌گفته برخی نزدیکانش، در خانه یا بیمارستان، تمام‌وقت در وضعیت «مراقبت‌های ویژه» به سر می‌برد.