پس از آن، در سال ۱۳۶۱ عضو هیئت مدیره و قائم مقام مدیرعامل شرکت اتومبیل‌سازی سایپا شد، و از سال ۱۳۷۲ تا ۱۳۷۴ نیز معاون امور نیروگاه‌های سازمان انرژی اتمی بوده است. او در مصاحبه‌ای گفته است، «من نیروگاه بوشهر را که تا سال ۷۱ رها شده بود، راه‌اندازی کردم.» وی مدتی نیز عضو هیأت مدیره سازمان منطقه آزاد کیش شد.

این نامزد ریاست جمهوری، در دولت اول محمد خاتمی ۴ سال استاندار خراسان و در دور دوم ریاست جمهوری محمد خاتمی، معاون رئیس ‌جمهوری و رئیس سازمان تربیت بدنی بود. او سال ۱۳۹۶ در دولت حسن روحانی به عنوان استاندار اصفهان منصوب شد، و به مدت یک سال در آن مسند باقی ماند.

مهرعلیزاده که عنوان «تحول و عدالت» را برای دولت احتمالی خود برگزیده است، می‌کوشد تا خود را نامزد اصلاح‌طلبان معرفی کند. او در نامه‌ای به بهزاد نبوی، رئیس جبهه إصلاحات، خواستار حضور در نهاد اجماع‌ساز اصلاح‌طلبان و ارائه برنامه‌های خود برای ریاست جمهوری شده است.

این در حالی است که جبهه اصلاحات بعد از رد صلاحیت‌های گسترده شورای نگهبان، اعلام کرد که کاندیدایی برای انتخابات ۱۴۰۰ ندارد. آذر منصوری، سخنگوی جبهه اصلاحات ایران، در توییتی نوشت «با رد صلاحیت همه نامزدهای جبهه اصلاحات ایران، عملا امکان مشارکت فعال در انتخابات۱۴۰۰ از ما سلب شده و نامزدی در این انتخابات نخواهیم داشت.» هرچند، با مشخص‌تر شدن صف‌بندی‌ها در مرحله کنونی، باید دید که آیا جبهه اصلاحات حاضر به حمایت از مهرعلیزاده به عنوان نامزد اصلاح‌طلبان در انتخابات ریاست جمهوری ۱۴۰۰ خواهد بود یا خیر.

این در حالی است که شمار چشمگیری از مردم هم دیگر اقبالی به اصلاح‌طلبان نشان نمی‌دهند و حضور یافتن یا نیافتن نامزد اصلاح‌طلب، تاثیر چندانی در مشارکت کردن یا نکردن آنان در انتخابات نخواهد داشت.

جریان‌ها و رسانه‌های حکومتی اما حضور مهرعلیزاده را در سیزدهمین انتخابات ریاست جمهوری پررنگ می‌کنند، زیرا همچنان که می‌توانند وانمود ‌کنند که به اصلاح‌طلبان اجازه حضور در انتخابات داده شده است، مهرعلیزاده را رقیبی جدی در مقابل نامزدهای مورد نظر حکومت، از جمله ابراهیم رئیسی، نمی‌دانند.

برخی معتقدند که اگر مهرعلیزاده خطری جدی در برابر احتمال پیروزی افرادی مانند ابراهیم رئیسی و سعید جلیلی بود، او نیز مانند علی لاریجانی و محمود احمدی‌نژاد یا اسحاق جهانگیری رد صلاحیت می‌شد.

جریان‌ها و رسانه‌های حکومتی انتصاب محمود زمانی قمی، عضو ارشد بنیاد باران را به عنوان رئیس ستاد انتخابات مهرعلیزاده، دلیلی بر حمایت اصلاح‌طلبان از این نامزد انتخابات ریاست جمهوری می‌دانند.

بنیاد باران موسسه‌ای است که محمد خاتمی، رئیس‌ جمهوری پیشین ایران، پس از پایان دوره دوم ریاست جمهوری خود راه‌اندازی کرد.

در حالی که جبهه اصلاحات اعلام کرده است که نامزدی در انتخابات ندارد، خیرگزاری فارس (نزدیک به سپاه پاسداران) و صدا و سیما، خبر حمایت «جبهه اصلاح‌طلبان ایران» از مهر علیزاده را پررنگ کرده‌اند. این در حالی است که جبهه اصلاح‌طلبان ایران گفته است که آن نهاد هیچ ارتباطی با محمد خاتمی و احزاب اصلاح‌طلب ندارد.

مهرعلیزاده اقتصاد را «اولویت اول کشور» می‌داند و به گفته خودش، قصد دارد در صورت پیروزی در انتخابات، «برنامه اقتصادی آلمان» را در ایران اجرا کند.

مهر علیزاده در مجموع در دو دهه اخیر به عنوان سیاستمداری دیده می‌شود که در بزنگاه انتخابات، به‌ویژه انتخابات ریاست جمهوری، خود را به عنوان نامزد مطرح می‌کند تا هم نامش در محافل خبری و سیاسی حفظ شود، و هم یک مسند و سمت ارشد به‌دست آورد.

باورمندان به این نگاه، بر این نظرند که مهرعلیزاده الزاما برای رئیس جمهوری شدن نامزد نمی‌شود. او نامزد می‌شود که بتواند به سمت‌هایی مانند وزارت، معاونت ریاست جمهوری، و یا حتی استانداری دست یابد.

در دور قبلی انتخابات شوراها هم هنگامی که بحث تعیین شهردار تهران مطرح شد، برخی از اطرافیان مهرعلیزاده کوشیدند نام او را نیز در محافل خبری و سیاسی به عنوان یکی از نامزدهای اصلی احراز مقام شهرداری مطرح کنند. اما اگر چه او در دولت روحانی توانسته بود به استانداری اصفهان برسد، به مسند شهرداری تهران دست نیافت.

تجربه نشان داده است که گرچه او برای دستیابی به سمت‌های بالا تلاش می‌کند، ولی به سمت‌های پایین‌تر هم راضی است.

مهرعلیزاده در ۴۰ سال گذشته ماندن در مدار قدرت و حاکمیت را آموخته است و معمولا در تحولات مهم خبری و سیاسی جامعه چندان اظهارنظری نمی‌کند، و همین رویّه‌ به درسایه ماندن و منتظر بودنش برای دستیابی به مسندها و مقام‌هایی کمک کرده است: نوعی شکارچی مقام‌ها و مسندها، که ظاهرا به تخصص او تبدیل شده است.