طباطبایی کار پژوهش را پس از اخراج از دانشگاه ادامه داد و در سال ۱۳۷۶ نشان نخل آکادمیک، عالی‌ترین نشان علمی فرانسه و همچنین مال نقره تحقيقات در علم سیاست را از دانشگاه کمبریج کسب کرد.

طباطبایی از سال ۱۳۹۷ برای تکمیل پژوهش‌ها و درمان بیماری در آمریکا به سر می‌برد.

جواد طباطبایی از شارحان نظریه ایرانشهر است که در آن کل نظام سیاسی ایران را در گذر تاريخ متاثر از فرهنگ این کشور می‌داند.

نظریات او درباره زبان فارسی هم توجه‌برانگیز بوده است. وی در یک سخنرانی در سال ۱۳۹۴، زبان فارسی را یکی از قدیمی‌ترین و استوارترین زبان‌هایی می‌داند که تبدیل به زبان فرهنگی همه ایرانیان شده است. وی در عین حال گفت که این زبان فرهنگی با اینکه در دگرگونی‌های مختلف تاریخی زبان «ملی» ایرانیان باقی ماند اما هرگز در زبان‌های محلی دیگر به زبان ملی تبدیل نشد.

اظهارنظهرهای جواد طباطبایی درباره اسلام سیاسی هم مورد توجه رسانه‌های داخل و خارج ایران قرار گرفته است.

وی در گفت‌وگو با هفته‌نامه لیبراسیون درباره حوادث یازده سپتامبر، خوانش سیاسی و ایدئولوژیک از اسلام را خوانشی «مُرده» و «بی‌معنا» خواند. به گفته وی اسلامگرایان به دلیل عقب ماندن از رویدادهای سیاسی و اجتماعی روز در برابر دنیای غرب و همچنین نداشتن برنامه مشص، در پی ایدئولوژیک کردن اسلام رفتند که از نشانه‌های آن عملیات تروریستی مختلف آنهاست.

وی در عین حال ایرانیان را متفاوت خواند و گفت جامعه ایران خود از دشمنان بن‌لادن است.

از جواد طباطبایی آثار مختلف در زمینه‌های سیاست، اجتماع و فلسفه منتشر شده است.