به گفته رئیس شورای اطلاع‌رسانی دولت، این موضوع در معاونت حقوقی دولت سیزدهم پیگیری و در جمع‌بندی نهایی، نام ۱۰ نفر از مقام‌های دولت قبل به عنوان «مظنون» مطرح شد. پس از تشکیل پرونده و «با توجه به اینکه مظنون اصلی شرایط خاصی داشت، این پرونده به دادگاه ویژه روحانیت ارسال شد و در حال بررسی است». خلجی درباره سرنوشت فرش‌های کاخ سعدآباد اظهار بی‌اطلاعی کرد و گفت که درباره این پرونده معاونت حقوقی اطلاع‌رسانی خواهد کرد.

پیش‌تر و در نیمه دوم خردادماه ۱۴۰۲ محمد دهقان، معاون حقوقی رئیس دولت سیزدهم، یکی از اعضای ارشد دولت حسن روحانی را متهم اصلی پرونده مفقود شدن فرش‌های مجموعه سعدآباد معرفی کرد و گفت که این فرش‌ها طی سال‌های ۱۳۹۲ تا ۱۳۹۵ مفقود و از مجموعه سعدآباد خارج شده‌اند.

معاون حقوقی ابراهیم رئیسی همچنین مدعی شد که در همان زمان سازمان بازرسی کل کشور «گزارش مفصل» مفقود شدن این فرش‌ها در دولت دوازدهم را به نهاد ریاست‌جمهوری وقت داده بود. دهقان درباره متهمان اصلی فرش‌ها نیز گفت که تعداد آن‌ها ۹ نفر است و یکی از اعضای ارشد دولت روحانی و فرزندش از متهمان این پرونده‌اند و یکی دیگر از متهمان هم از مسئولان نهاد ریاست‌جمهوری دولت قبل بوده است. این ادعا در حالی مطرح شد که مقام‌های دولت روحانی مدعی شده بودند ماجرای مفقود شدن فرش‌های سعدآباد در دولت محمود احمدی‌نژاد رخ داده است.