با این حال، سید رامین اسبقی، رئیس اداره کل میراث فرهنگی تبریز، ادعا می‌کند که اجاره دادن قسمتی از این بنای تاریخی برای انبار کردن کفش به مثابه «اعتنا» به آن است. این مقام دولتی با سلب مسئولیت از میراث فرهنگی، گفت که مدرسه دارالفنون تحت مالکیت و مدیریت اداره کل اقتصاد و امور دارایی، آموزش‌ و پرورش و مالک خصوصی است و به همین دلیل دست میراث فرهنگی برای رسیدگی به آن بسته است.

رئیس اداره کل میراث فرهنگی تبریز با اذعان بر اینکه ریزش بنای فرسوده مدرسه دارالفنون و وقوع تلفات جانی محتمل است، گفت که بودجه مرمت نمای بیرونی آن سال آینده تامین می‌شود.

مدرسه دارالفنون تبریز در دوران قاجاریه، هنگامی که مظفرالدین ‌میرزا ولیعهد ایران بود، به دستور او ساخته شد. نقش مظفرالدین شاه در ساخت این مدرسه باعث شد که بعدها امیر نظام گروسی، پیشکار آذربایجان، نام آن را به «مدرسه مظفریه» تغییر دهد.

دارالفنون تبریز پس از دارالفنون تهران، دومین مرکز آموزش عالی معاصر و یکی از نخستین تلاش‌ها برای ایجاد نهاد آموزشی مدرن در ایران بود. پس از تاسیس این مدرسه، چهار تن از استادان دارالفنون تهران مامور شدند تا مقدمات آموزش علوم مختلف را در آن را فراهم کنند. ریاست مدرسه دارالفنون نیز به میرزا جواد خان سرتیپ که رئیس تلگرافخانه بود، محول شد.

بر مبنای روایات تاریخی، سالانه بین ۵۰ تا ۷۰ دانشجو در مدرسه دارالفنون تبریز پذیرش می‌شدند. در این مدرسه دروس مختلف از جمله جغرافیا، ریاضیات، علوم نظامی و زبان‌های خارجی تدریس می‌شد. ایرج میرزا، شاعر مشهور دوران قاجار، در همین مدرسه نشریه «ورقه» را منتشر می‌کرد که یکی از نخستین نشریات دانشگاهی در ایران بود.