هفته نامه یا لثارات در ادعای عجیبی نوشت: عمادالدين باقى در واكنش به سخنان اكبر گنجى كه وى را عامل ارگانهاى امنيتى نظام دانسته بود گفت: گنجى از دايره دين خارج شده است. رييس انجمن دفاع از آزادى زندانيان سياسى در پى انتشار سخنان گنجى عليه خود بادرج يادداشتى، اكبر گنجى را به نافرمانى و تلاش براى براندازى نظام متهم كرد. باقى خود را آدمى معتدل دانست و اذعان داشت: گنجى به مرور زمان به راديكاليزم در ابعاد مختلف رو آورده است.
باقى با تاكيد بر اينكه با گنجى اختلاف نظرهايى دارد تصريح كرد: گنجى از دايره دين گذر كرده و راه ديگرى را برگزيده است. وى همچنين نوشت: من با مفاهيم دينى به حقوق بشر رسيدم اما گنجى تنها راه تحقق حقوق بشر را گذر از برخى مفاهيم دينى مىداند.