ایران امروز - عفو بینالملل روز ١٣ سپتامبر با صدور اعلامیهای نگرانی خود را از وضعیت سلامت گنجی و ممنوعالملاقات بودن این زندانی عقیدتی ابراز کرد. عفو بينالملل در اعلامیهی خود با اشاره به انتقال مجدد آقای گنجی به زندان در روز ٣ سپتامبر، نوشته است که وی پس از دو ماه اعتصاب غذا در شرایط جسمانی نامناسبی بسر می برد و خانواده اين روزنامهنگار نگران هستند که وی ممکن است در زندان انفرادی محبوس باشد.
در این اعلامیه به نقل از خانم معصومه شفیعی، همسر گنجی گفته می شود که "من اطمینان دارم که او در زندان انفرادی است" و نگرانیهای وی درباره نامناسب بودن زندان انفرادی برای وضعیت جسمانی و سلامت اکبر گنجی تصریح شده است. همچنین دراین اعلامیه از نامه معصومه شفیعی به کوفی عنان دبیرکل سازمان ملل یاد شده است.
عفو بينالملل با اشاره به شرکت گنجی در کنفرانس برلین، از نوشته های او و اتهامات او به مقامات عالیرتبه نظام و از جمله اکبر هاشمی رفسنجانی و نقش او در افشاء تاريكحانههای قدرت در ايران یاد كرده و از همگان خواسته است با نوشتن نامه به رهبر، رئیس جمهور و رئیس مجلس شورای اسلامی، از آنان بخواهند که اجازه ملاقات با خانواده و وکیل به اکبر گنجی داده شود و همه امکانات درمانی مورد نیاز در اختیار وی قرا گيرد.
همچنین در این اعلامیه آمده است که از مقامات بخواهید که به زندان انفرادی پایان دهند، چنانچه «گروه کاری سازمان ملل درباره حبس خودسرانه» در دیدار فوریه ٢٠٠٣ خویش از ایران اظهار داشت که "اینگونه «زندان در زندان» در نهاد خود مستبدانه بوده و بایستی که پایان یابد." و از همگان خواسته شده که خواهان آزادی فوری و بی قید و شرط گنجی شوند.