دو روز پس از آنکه گروه ديده بان حقوق بشر با انتشار گزارش مفصلی وزيران کشور و اطلاعات دولت محمود احمدی نژاد را به جنايت عليه بشريت متهم کرد، دفتر آيت الله منتظری تأييد کرد که اين مرجع شيعه همان گونه که اين گروه به خاطرات و مکاتبات وی استناد کرده، مصطفی پورمحمدی وزيرکشور کنونی ايران را از مسئولان 'اعدام دسته جمعی' زندانيان سياسی در سال 1988 می داند.
ديده بان حقوق بشر با استناد به خاطرات آيت الله منتظری که در سايت اينترنتی وی در دسترس همگان قرارگرفته، از مصطفی پورمحمدی به عنوان عضو هيئت سه نفره ای نام برده که در تابستان سال 1988 ميلادی هزاران تن از زندانيان سياسی را که در حال گذراندن دوران محکوميت خود بودند مورد بازجويی قرار دادند و به تشخيص خود دستور اعدام شمار زيادی از آنان را صادر کردند.
گزارشگر ويژه حقوق بشر سازمان ملل متحد شمار زندانيان سياسی را که بدين شيوه و به صورت دسته جمعی اعدام شدند، 1879 نفر اعلام کرده، هرچند آيت الله منتظری اين رقم را در خاطرات خود 2800 يا 3800 نفر دانسته و گروههای مخالف جمهوری اسلامی نيز فهرستی از نامهای 4481 نفر منتشر کرده اند که به گفته آنان در اين کشتار دسته جمعی جان باخته اند.
ديده بان حقوق بشر در مطرح کردن نام مصطفی پورمحمدی به عنوان يکی از مسئولان اصلی کشتار اين زندانيان به بخشی از خاطرات آيت الله منتظری اشاره کرده که در آن زمان قائم مقام رهبر ايران بوده و به اين اعدامها اعتراض کرده و در بيان خاطرات خود گفته است: "اول محرم شد، من آقای نيری که قاضی شرع اوين و آقای اشراقی که دادستان بود و آقای رئيسی معاون دادستان و آقای پورمحمدی که نماينده وزارت اطلاعات بود را خواستم و گفتم الآن محرم است حداقل در محرم از اعدامها دست نگه داريد، آقای نيری گفت ما تا الآن هفتصدوپنجاه نفر را در تهران اعدام کرده ايم، دويست نفر را هم به عنوان سر موضع از بقيه جدا کرده ايم کلک اينها را هم بکنيم ... ".
آن گونه که در گزارش ديده بان حقوق بشر نقل شده، آيت الله منتظری همچنين در آن زمان يادداشتی خطاب به آقای پورمحمدی و ديگر اعضای هيئت سه نفره نوشته و در آن علاوه بر اينکه اعدام زندانيان سياسی را "قتل عام بدون محاکمه" دانسته، هشدار داده که با چنين اقدامی، دنيا ايران را محکوم می کند.
مصطفی پورمحمدی از سال 1990 تا 1999 رئيس اطلاعات خارجی، معاون و قائم مقام وزارت اطلاعات ايران بوده و قتل چهار فعال سياسی و نويسنده ناراضی ايرانی به دست مأموران وزارت اطلاعات که در پاييز سال 1998 انجام گرفت در دوران مسئوليت او رخ داد.
در مورد غلامحسين محسنی اژه ای، وزير اطلاعات دولت محمود احمدی نژاد، در گزارش ديده بان حقوق بشر آمده او که به عنوان دادستان ويژه روحانيت و همچنين رئيس مجتمع قضائی کارکنان دولت که رسيدگی به جرائم مطبوعاتی را برعهده داشت يکی از چهره های کليدی و اصلی پيگرد و بازجويی از روحانيون اصلاح طلب و سياستمداران و همچنين سرکوب آزادی مطبوعات در ايران بوده است.
در اين گزارش آمده که اکبر گنجی، روزنامه نگار منتقد، آقای اژه ای را صادرکننده دستور قتل پيروز دوانی، دگرانديش و فعال سياسی دانسته، عبدالله نوری وزيرکشور دولت خاتمی و عمادالدين باقی ديگر روزنامه نگار ايرانی اتهام مشابهی عليه او مطرح کرده اند.
دستگاه قضائی جمهوری اسلامی اينکه پيروز دوانی به قتل رسيده باشد را تأييد نکرده و آقای اژه ای نيز در نشستی خبری گفته است که پيروز دوانی را نمی شناسد.
ديده بان حقوق بشر در پايان گزارش خود ضروری دانسته که دولت ايران تحقيقاتی وسيع، بی طرفانه و مستقل در مورد عملکرد مصطفی پورمحمدی و غلامحسين محسنی اژه ای بکند و از محمود احمدی نژاد خواسته است تا زمانی که نتيجه اين تحقيقات مشخص شود اين دو وزير را از دولت خود کنار بگذارد.
اين گروه از مجلس ايران خواسته است که اگر رئيس جمهور حاضر به برکنار کردن وزيران کشور و اطلاعات دولت خود نشود و دستور تحقيقات مستقل برای رسيدگی به اتهامات آنان ندهد، از طريق رأی عدم اعتماد به اين دو وزير آنان را از سمتشان کنار بگذارد و خود به تشکيل هيئت مستقلی در اين زمينه اقدام کند.