استروناخ نظر خود را این‌طور نوشته که دژ نوشیجان یکی از قلعه‌های تدافعی حکومت مرکزی ماد بوده است که برای دفاع از مرزهای غربی در مقابل هجوم اقوام قدرتمند بین‌النهرین از جمله حکومت آشور ساخته شده است. با این حال، وجود دو آتشکده در این مکان مؤید این مطلب است که علاوه بر اهداف نظامی، اعمال مذهبی و نیایش نیز در این مکان صورت می‌گرفته است.

استروناخ در گزارش‌های کاوش خود همچنین از چیده‌ شدن آجرهایی در این معبد نوشته که به زعم او، در دوره‌های متاخر، برای در امان ماندن سازه از خسارت مهاجمان صورت گرفته است. هرچند حدود سه دهه بعد، باستان‌شنایان به نظر دیگری رسیدند.

درواقع علاوه بر موقعیت استراتژیک و کاربرد نظامی این دژ که در ۶۰ کیلومتری جنوب همدان و ۱۵ کیلومتری غرب ملایر قرار دارد، اهمیت دوره‌های فرهنگی آن بسیار ویژه است. سال ۱۳۸۸ گروهی از باستان‌شناسان با هدف بررسی دین ایرانیان در دوره‌ای از تاریخ، تپه‌ نوشیجان را کاوش کردند.

این گروه درباره‌ی کاربری سازه، ایده‌هایی داشتند و تصور می‌کردند بنا یک معبد مهر (میتراییسم) است. در این راستا، شواهد گویای باستان‌شناسی و تاریخی فراوانی به‌دست آمد که نشان داد، در دوره‌ی ماد، دین ایرانیان همان دین مهر بوده است که کوروش بزرگ به آن ایمان داشت. با این حال، می‌دانیم داریوش و پسرش خشایارشاه در مخالفت با این دین اقدام کرده‌اند و در کتیبه‌ی خشایارشاه در تخت جمشید (پارسه) آمده است که هر معبدی به‌جز معابد مربوط به اهورامزدا باید تعطیل و تخریب شود. گویا این عمل با پُر شدن معبد نوشیجان انجام شده است.

علی هژبری - سرپرست آن گروه کاوش - گفته است: «فضای داخلی معبد مرکزی نوشیجان که ارتفاع آن اکنون به حدود ۱۰ متر می‌رسد، با سنگ‌هایی پُر شده است. شواهد نشان می‌دهند، این سنگ‌ها جداگانه و با احترام چیده شده‌اند. همچنین فضای بیرونی بنا با حدود چهار میلیون خشت پر شده و بنا به‌نحوی از نظرها پنهان شده است تا تخریب نشود. این اتفاق بیانگر آن است که برای چنین کاری وقت، پول و افراد زیادی درگیر بوده‌اند. البته ایمان قوی مردم آن زمان را نشان می‌دهد که حاضر به تخریب معبد خود نبوده‌اند. در نتیجه به‌نظر نمی‌رسد، با چنین ایمان قوی، آن‌ها دین خود را فراموش کنند و دین جدیدی را که داریوش معرفی کرد، بپذیرند. همان‌طور که تدبیر روحانیون آن زمان که اقدامات آن‌ها سبب شد، در اواخر دوره‌ی هخامنشی در کتیبه‌های اردشیر دوم و سوم کنار نام اهورامزدا، باز هم نام مهر و آناهیتا دیده شود».

مجموعه‌ی تپه نوشیجان ملایر، چه از نظر دسترسی و نزدیکی به جاده، چه از نظر معدود امکانات رفاهی و نیز مسیر گردشگری و حفاظ محوطه که به‌نوعی تپه را به تپه سیلک کاشان شبیه کرده است، جز زمان بارندگی و گِلی شدن محوطه، کاملا برای پذیرش بازدیدکنندگان آمادگی دارد؛ اما اگر از مردم و جوان‌های منطقه هم بپرسید، علاوه بر آن‌که به‌سختی می‌توانند نشانی درستی بدهند، آخرین‌باری را که به این مجموعه رفته‌اند، در خاطر ندارند؛ آن‌قدر که سال‌ها از آن گذشته است.