رادیو زمانه: حمید رضا بقایی معاون پیشین احمدی‌نژاد که گفته است در انتخابات ریاست‌جمهوری نامزد خواهد شد، در واکنشی نسبت به فجایع روی داده در زندان کهریزک در سال ۸۸ و عملکرد قاضی مرتضوی متهم اول پرونده، وقایع کهریزک را یک فاجعه ملی خواند اما مدعی شد نسبت دادن ماجرای زندان کهریزک به دولت احمدی‌نژاد «توسل به جنگ روانی و تبلیغات کذب» برای منحرف کردن اذهان است.
زندان کهریزک درپی تظاهرات‌های اعتراضی سال ۸۸ و دستگیری‌های گسترده پس از آن مشهور شد. بیش از ۱۰۰ تن از معترضان به نتایج انتخابات، به دستور قاضی مرتضوی، دادستان وقت تهران به سوله‌های زندان کهریزک منتقل و تحت شکنجه‌های شدید قرار گرفتند.
چهار تن از بازداشت‌شدگان کهریزک به نام‌های امیر جوادی‌فر، محسن روح‌الامینی، محمد کامرانی و رامین آقازاده در اثر شکنجه و شدت جراحات کشته شدند.
دادگاهی که در رابطه با این پرونده تشکیل شد، بر اساس گزارش کمیته حقیقت‌یاب مجلس و شهادت شاکیان سعید مرتضوی را به عنوان متهم اول پرونده محاکمه کرد. نام سعید مرتضوی همچنین با قتل زهرا کاظمی روزنامه‌نگار ایرانی-کانادایی، و تعطیلی فله‌ای نشریات پیوند خورده است.
سایت «دولت بهار» پس از ابراز آمادگی بقایی برای نامزدی در انتخابات ریاست جمهوری ۹۶، با چاپ مطالبی از او در قالب پرسش و پاسخ تلاش دارد درباره مسائلی که به دوران ریاست جمهوری احمدی‌نژاد مربوط است رفع شبهه و روشنگری کند. سوال نوزدهم سایت دولت بهار از بقایی این است: «نظر شما راجع به کهریزک و آقای مرتضوی چیست؟»
بقایی در پاسخ گفته است کهریزک و ماجراهایی از قبیل کهریزک «اقدامی ضد انسانی، خلاف شرع و قانون بوده» است و این ماجرا «مطلقا ربطی به دولت دهم نداشت.»
او پیوند زدن ماجرای کهریزک با دولت احمدی‌نژاد را تلاش برخی «شکست‌خوردگان» انتخابات خواند که می‌خواهند فضا را گل‌آلود و ذهن جوانان را آشفته کنند.
درپی فاش شدن خشونت به کار رفته علیه معترضان به نتایج انتخابات ۸۸ و به ویژه انتشار وقایع دلخراش زندان کهریزک، سعید مرتضوی از دادستانی تهران و کار قضایی کنار گذاشته شد و احمدی‌نژاد او را به ریاست سازمان تامین اجتماعی منصوب کرد.
بقایی گفته است نمی‌توان به انتصاب مرتضوی به ریاست سازمان تامین اجتماعی هیچ خرده‌ای گرفت زیرا در آن زمان هیچ اتهامی متوجه مرتضوی نبوده است. بقایی پا را فراتر گذاشته و گفته مرتضوی در زمان واقعه در مرخصی بود و بقایی از او پرسیده است پس چرا از قربانیان کهریزک معذرت‌خواهی کردی.
بقایی به سایت دولت بهار گفته است: «حتی پس از عذرخواهی آقای مرتضوی از این ماجرا، از او پرسیدم که شما که می گفتید در ماجرای کهریزک نقشی نداشته‌اید، پس چرا عذرخواهی کردید؟ ایشان در جواب گفت: من از سویی تحت فشار زیاد بودم و از طرف دیگر احساس کردم که این مسئله در ایجاد التیام در روح خانواده شاکیان می‌تواند موثر باشد و عملاً خواستم یک کار اخلاقی انجام داده باشم ولو علیه من مورد استفاده قرار گیرد.»
