آیت الله خامنه ای در نماز جمعه ۲۹ خرداد ۱۳۸۸ که فرمان سرکوب "جنبش انتخاباتی سبز" را صادر کرد، دفاع تمام عیاری از احمدی نژاد نمود و گفت که مردم به صالح ترین فرد رأی دادند که نزدیکترین فرد به نظام بود. سپس درباره مناظره های تلویزیونی و رویدادهای پس آن گفت:

"صريحترين اهانتها به رئيس جمهورِ قانونى كشور[محمود احمدی نژاد] شد...[مهندس موسوی و مهدی کروبی] تهمت هائى زدند، حرف هائى گفتند؛ به كى؟ به كسى كه رئيس جمهور قانونى كشور است، متكى به آرأ مردم است. نسبت هاى خلاف دادند، رئيس جمهور مملكت را كه مورد اعتماد مردم است، به دروغ گوئى متهم كردند! اين ها خوب است؟ كارنامه هاى جعلى براى دولت درست كردند، اين جا آن جا پخش كردند، كه ما كه در جريان امور هستيم، مى بينيم می دانيم كه اين ها خلاف واقع است؛ فحاشى كردند؛ رئيس جمهور را خرافاتى، رمال، از اين نسبت هاى خجالت آور دادند؛ اخلاق و قانون و انصاف را زير پا گذاشتند... من البته در موارد متعددى با آقاى هاشمى اختلاف نظر داريم، كه طبيعى هم هست...البته بين ايشان و بين آقاى رئيس جمهور[احمدی نژاد] از همان انتخاب سال ۸۴ تا امروز اختلاف نظر بود، الان هم هست؛ هم در زمينه مسائل خارجى اختلاف نظر دارند، هم در زمينه نحوه اجراى عدالت اجتماعى اختلاف نظر دارند، هم در برخى مسائل فرهنگى اختلاف نظر دارند؛ و نظر آقاى رئيس جمهور[احمدی نژاد] به نظر بنده نزديكتر است...بايد در صندوقهاى رأى معلوم بشود كه مردم چى می خواهند ، چى نمی خواهند؛ نه در كف خيابانها. اگر قرار باشد بعد از هر انتخاباتى آن هائى كه رأى نياوردند، اردوكشى خيابانى بكنند، طرفدارانشان را بكشند به خيابان؛ بعد آن هائى كه رأى آورده اند هم، در جواب آن ها، اردوكشى كنند، بكشند به خيابان، پس چرا انتخابات انجام گرفت؟...زورآزمائى خيابانى بعد از انتخابات كار درستى نيست، بلكه به چالش كشيدن اصل انتخابات و اصل مردم سالارى است".

اما این بار با فراموشی آن مواضع، نه تنها به حسن روحانی تبریک نگفت و از او هیچ دفاعی درباره انواع تهمت ها و دروغ ها و هتاکی های رقبا(آیت الله قتل عام و سردار گازانبری) و رسانه های سپاه و بسیج و شخصیت های اصول گرا نکرد، بلکه به شدت به او تاخته و فرمان "آتش به اختیار"ی برای نیروهای سپاهی و بسیجی و حزب اللهی تحت امرش علیه روحانی صادر کرد. این تفاوت ها را مردم نمی توانند نادیده بگیرند و می دانند که سلطان در پشت سر همه تخریب ها و اقدامات علیه "رئیس جمهور قانونی کشور متکی به آرأ مردم" قرار دارد. سلطان خواهان تبعیت محض است. دو امر تاکنون به او کمک کرده اند.: اول- نظامیان سرکوبگر. دوم- استقلال مالی از طریق نفت و نهادهای انتصابی. اما مردم بسیار هوشیار شده اند و شبکه های مجازی آن چنان به جان سلطان خودکامه و اقتدارگرایان افتاده اند که روند را برای او ناخوشایند ساخته اند.