رادیو زمانه، علی یونسی گفته بحث پیشینه زرتشتی‌ها در ایران بسیار مفصل و ریشه دار است و زرتشتی‌ها اصل و اساس ملت ایران بودند.
به گزارش خبرگزاری دانشجویان ایران (ایسنا)، دستیار ویژه رییس جمهوری در امور اقوام و اقلیت‌های دینی و مذهبی یکشنبه ۲۱ آبان گفت: «تفاوت زرتشتی‌ها با دیگر اقلیت‌های دینی در این است که آنان بایگانی و سند تاریخی ما هستند. بخش زیادی از ادبیات، زبان و تاریخ گذشته از سوی زرتشتی‌ها حفظ شد. از این نظر وظیفه و نقش بزرگی در حفظ میراث ایران ما داشتند.»
به گفته وزیر پیشین اطلاعات ایران، زرتشتی‌ها به‌عنوان ایرانیان غیرمسلمان به حسن شهرت معروف هستند و هرجا مسئولیتی را می‌پذیرند، به خوبی انجام می‌دهند و اساساً مردم با اقلیت‌ها مشکلی ندارند.
علی یونسی این اظهارات را پس از آن بیان کرده که در هفته‌های گذشته به دنبال تعلیق نمایندگی سپنتا نیکنام، عضو زرتشتی شورای شهر یزد بحث بر سر حقوق اقلیت‌های دینی در ایران بالا گرفته بود.
محافظه‌کاران و منتقدان دولت ایران علی یونسی را به سبب اظهاراتی درباره نقض حقوق بشر در ایران، تشویق به استفاده از نماد شیر و خورشید و آموزش زبان مادری به اقلیت‌ها و همچنین معرفی عراق به عنوان حوزه تمدنی نفوذ ایران مورد انتقاد قرار داده بودند. علی یونسی در دوران ریاست جمهوری محمد خاتمی ریاست وزارت اطلاعات را بر عهده داشت.
رسانه‌های منتقد دولت حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران از او به عنوان «اسفندیار رحیم مشایی در کابینه روحانی» نام می‌برند.
