حضور ولایتی منجر به برکناری تمام مدیران قبلی این دانشگاه شد. رسانه‌های این دانشگاه تحویل مدیران رسانه‌های تسنیم و فارس و بسیج و سپاه داده شد و صدها روزنامه نگار اصلاح طلب از این رسانه‌ها اخراج شدند. حتی اخیرا گفته شده که بسیاری نیروهای همشهری پیش از تعویض شهردار و مدیریت روزنامه همشهری، به رسانه های دانشگاه آزاد منتقل شده بودند.

اما مهم ترین اقدام ولایتی، انتصاب فرهاد رهبر به ریاست دانشگاه آزاد بود. همراه و همگام ابراهیم رییسی در انتخابات ۹۶ و رییس ستاد او و از مخالفان سرسخت هاشمی رفسنجانی به ریاست دانشگاه آزاد منصوب شد.

فرهاد رهبر معاون اسبق وزارت اطلاعات و رییس دانشگاه تهران درحالی صورت گرفت که دانشجویان دانشگاه تهران در بهمن ۹۲ پس از برکناری وی اقدام به پخش شیرینی و شکلات و برگزاری جشن کردند.

در دوران ریاست فرهاد رهبر در دانشگاه تهران محدودیتها وسخت گیری های اعمال شده بر دانشجویان و فضای دانشگاه تهران چنان دامنه دار و موجب رکود این دانشگاه شده بود که حتی بسیج دانشجویی نیز نسبت به بسته شدن فضا برای دعوت از سخنرانان مورد نظر خود و به رخوت کشیده شدن دانشگاه اعتراض کردند.
در مدت حضور رهبر فضای دانشگاه تهران، روز به روز تنگ‌تر شد و هر آنچه بر سر دانشگاه‌ها طی دوران دولت نهم و دهم آمد، به شکل پر رنگ‌تر و حادتری در دانشگاه تهران اتفاق افتاد.

به نظر می‌رسد تمام سیاست و برنامه‌های نیمه تمام فرهاد رهبر در دانشگاه آزاد در حال اجرا هست و علی اکبر ولایتی نه تنها از او حمایت می‌کند و اعتراضی به این برخوردهای حذفی ندارد که خود پیشگام شده و بعضا از فرهاد رهبر در حذف پیشی می‌گیرد.