دویچه وله ـ اکثریت اعضای شورای شهر تهران با استعفای محمد علی نجفی مخالفت کردند و او شهردار تهران باقی ماند. نجفی ۲۳ اسفند ماه از سمت خود استعفا کرد. این استعفا بحث‌های زیادی برانگیخت.
شورای شهر تهران در جلسه روز یکشنبه (۱۹ فروردین/ ۸ آوریل) با اکثریت آرا با استعفای محمد علی نجفی مخالفت کرد. از ۲۰ عضو حاضر شورا در جلسه رای‌گیری، ۱۶ نفر به ابقای نجفی رای دادند.
خبر استعفای نجفی ۲۳ اسفند ۱۳۹۶ منتشر شد. او در استعفانامه خود که متن آن روز یکشنبه (۱۹ فروردین ۱۳۹۶) انتشار علنی پیدا کرد، علت استعفای خود را "عارض شدن بیماری جدید و طولانی بودن درمان آن" بیان کرده است.
نجفی نوشته است: «اکنون که شهرداری تهران از بخش مهمی از تنگناها و مشکلات عبور کرده و راه‌حل‌هایی برای چالش‌ها و کمبود ها پیش‌بینی و تدبیر گشته است، متاسفانه عارض شدن بیماری جدیدی که درمان آن طولانی است و مسلما بخشی از انرژی و توان مرا تحلیل خواهد بود، امکان ادامه خدمت این جانب را منتفی ساخته است و بیم آن می‌رود که در صورت تداوم این وضع زحمات و دستاوردهای قبلی از بین برود و به مدیریت شهر لطمات جدی وارد آورد».
با این‌حال از همان روز انتشار خبر استعفای شهردار تهران، مخالفت‌ها با این استعفا آغاز شد. در حالی که رسانه‌ها و چهره‌های محافظه‌کار حکومت درباره آن سکوت کردند، اصلاح‌طلبان و رسانه‌های نزدیک به این جریان مخالف استعفای نجفی بودند. این طیف دلیل اصلی استعفای نجفی را نه بیماری، بلکه سیاسی و ناشی از فشار نیروهای محافظه‌کار در حاکمیت جمهوری اسلامی می‌دانستند.
هم‌زمان با بحث رسانه‌ها در باره استعفای نجفی، گزارش‌هایی نیز منتشر شد که حاکی از عدم رضایت آیت‌الله خامنه‌ای از انتخاب محمدعلی نجفی برای پست شهرداری تهران بود.
