پیش از این بسیاری از نمایندگان مجلس و فعالان سیاسی گفته بودند که اگر محسن روح‌الامینی در بین کشته‌شدگان بازداشت گاه کهریزک نبود، این پرونده تا این حد هم به نتیجه نمی‌رسید.

سعید مرتضوی اما به تعدادی از نمایندگان مجلس صورت جلسه شورای عالی امنیت ملی را نشان داده بود که براساس دستور حسین نجات دستور انتقال بازداشت‌شدگان روز ۱۸ تیر را به بازداشت‌گاه کهریزک صادر کرده است.
علاءالدین بروجردی، رییس کمیسیون امنیت ملی مجلس نیز این گزارش‌ها را تکذیب نکرده و تنها گفته بود که از آن اطلاعی ندارد.

در همین حال پیش از این برخی منبع مطلع به «زیتون» گفته بودند که برای حفظ «حاشیه امن» این سردار سپاه بود که مرتضوی راضی به نگارش نامه «عذرخواهی» شد.

حسین نجات بعد از اعتراض‌های سال ۸۸ مسئول سیاسی ـ اجتماعی دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی شد و نقش مهمی در سرکوب معترضان داشت. او هم‌زمان مسئول تشکیلات حفاظت از آیت‌الله خامنه‌ای بود.
به این ترتیب هرچند قوه قضائیه حکم بازداشت سعید مرتضوی را برای رعایت حال نزدیکان محسن رضایی و برخی از فرماندهان سابق سپاه پاسداران صادر کرده اما هنوز اراده‌ای برای اجرای این حکم ندارد و شاید سردار نجات هم‌چنان مرتضوی را نجات می دهد؛ مگر اینکه هزینه حفظ مرتضوی برای او زیاد شود.

پای مرتضوی اما زمانی به دادگاه باز شد که تلاش کرد برای خود هویت مستقلی دست و پا کند و به محمود احمدی‌نژاد نزدیک شد.
نمایش فیلم باج‌خواهی فاضل لاریجانی از مرتضوی در جلسه استیضاح وزیر کار دولت محمود احمدی‌نژاد باعث بازداشت مرتضوی شد اما این بازداشت یک شب بیشتر دوام نیاورد و صادق لاریجانی با فشارهای نزدیکان آیت‌الله خامنه‌ای موفق به فشار بیشتر بر مرتضوی نشد.

پرونده کهریزک اما یکی از ۱۰ پرونده سعید مرتضوی است. اگر او درورونده کهریزک متهم به «معاونت در قتل» است اما براساس بسیاری از گزارش‌ها،در پرونده زهرا کاظمی خود متهم ردیف اول قتل است.

علی‌اصغر رمضان‌پور، معاون فرهنگی وزیر ارشاد در دولت محمد خاتمی، که مسئول تنظیم گزارش دولت درباره قتل زهرا کاظمی بوده، گفته بود: «بر اساس گزارش‌هایی که از واحدهای مختلف گرفته بودیم، کاملاً مشهود بود که کسی که احتمال دارد آن ضربه را به خانم زهرا کاظمی زده باشد، خود آقای مرتضوی بوده است. یعنی شخص آقای مرتضوی و نه کس دیگری در آن مجموعه».

سخنان محسن آرمین، نماینده مجلس ششم،نیز شبیه به سخنان علی‌اصغر رمضان‌پور بود.

عباس جعفری دولت‌آبادی، دادستان تهران، اخیرا خبر داده که دیوان عالی کشور اجازه داده درباره پرونده دادستان سابق تهران، در موضوع قتل زهرا کاظمی تحقیقات دوباره انجام شود و این پرونده در دادسرای جنایی باز شده است.

دادستان تهران، روز یکشنبه ۲۰ اسفند ۹۶ در گفت‌وگو با خبرگزاری صدا و سیما گفته بود که این پرونده سابقه طولانی دارد و پس از طی مراحل متعدد، در نهایت به دیوان عالی کشور ارجاع شده بود.
به گفته آقای جعفری دولت‌آبادی، دیوان عالی کشور به دادستانی اجازه داده که درباره این پرونده «تحقیقات مجددی انجام شود».

باز شدن این پرونده پس از ۱۴ سال خود موضوعی خاص است و حکایت از درگیر‌ های پشت پرده بر سر پرونده مرتضوی دارد.

دادستان سابق تهران به جز قتل و معاونت درقتل به اختلاس نیز متهم است.
در گزارش تحقیق و تفحص از سازمان تامین اجتماعی در آذرماه ۹۲، سعید مرتضوی متهم شده که بخشی از کارخانجات شرکت سرمایه‌گذاری تأمین اجتماعی، شستا، را با ارزش بیش از ۵۰ هزار میلیارد تومان به یک‌سوم قیمت و تنها با پرداخت مبلغ ۱۷ هزار میلیارد تومان، آن هم به صورت چک تضمینی، به بابک زنجانی واگذار کرده است.
خبرگزاری کار ایران، ایلنا، پیش از این گزارش داده بود، سندی در اختیار دارد حاکی از اینکه سعید مرتضوی دستور واگذاری ۱۳۸ شرکت این سازمان به بابک زنجانی را صادر و پنج فقره چک «تضمینی» به مبلغ ۴۴۲ میلیارد ین ژاپن معادل چهار میلیون یورو را به او داده است.

پس از آن رسانه‌ها خبر دادند که بابک زنجانی این چک‌ها را به جای بدهی خود به وزارت نفت داده است.
مصطفی ترک همدانی، وکیل دادگستری، نیز فاش کرده بود که مرتضوی رقم چک را نیز «دو میلیارد ین» ژاپن بیشتر نوشته و در پاسخ به سئوال رئیس دادگاه مبنی براینکه «چرا این رقم را اشتباه نوشتی، گفته شب بود، آخر وقت بود، خسته بودم، سهو قلم پیدا کردم».

با این تفاسیر «گیرنیاوردن» سعید مرتضوی چندان نباید عجیب باشد؛ چرا که هر یک از ۱۰ پرونده سعید مرتضوی اگر مانند پرونده‌های دیگر رسیدگی می شد، می‌توانست حکم هایی چون اعدام و حبس ابد را به دنبال داشته باشد.