بر اساس مدارک مستند، وی سال‌ها قبل از دستگیری تحت تأثیر برادرانش که عضو گروهک تروریستی کومله می‌باشند جذب این گروهک شده و برای آن‌ها در داخل کشور فعالیت‌هایی داشته است. حسین‌پناهی در اردیبهشت ماه سال ۱۳۹۴ به‌صورت غیرقانونی از کشور خارج و به این گروه می‌پیوندد و پس از گذراندن دوره‌های ضدامنیتی در قالب یک تیم نظامی برای انجام اقدامات تروریستی و ترور شهروندان در تیر ماه ۱۳۹۶ به داخل کشور اعزام که در درگیری با نیروهای نظامی سه نفر از عناصر نظامی گروهک کشته می‌شوند و وی نیز دستگیر می‌شود.

هنگام دستگیری، وی مسلح به سلاح کلاش، اسلحه کمری و نارنجک بوده است. در تحقیقات اقرار به ورود مسلحانه و درگیری با مأمورین نموده و نهایتاً در یک فرایند دادرسی عادلانه به‌اتهام بغی و با مداخله وکیل، محاکمه و به‌استناد مواد ۲۸۷ و مفهوم مخالف ۲۸۸ و ماده ۲۱۱ و تبصره آن از قانون مجازات اسلامی به اعدام محکوم و حکم صادره پس از فرجام‌خواهی در دیوان عالی کشور ابرام می‌گردد.