به گفته خودش، سال ۵۸ در دوره های آموزشی که توسط اداره دوم ارتش و توسط نیروهای باقی مانده اطلاعاتی از دوران شاه برگزار می شد، شرکت کرده بود. می گوید که او و همکارانش بعدها فایل صوتی این کلاس ها و جزوه های «ساواک» را گردآوری و برای دانشکده وزارت اطلاعات جزوه های آموزشی تهیه کرده اند.

قاسم میرزایی نیکو با تشکیل وزارت اطلاعات، رسما به این وزارت‎خانه پیوست و از نیروهای سعید حجاریان شد. به گفته خودش، آخرین سمت هایش دراطلاعات سپاه، قائم مقام اطلاعات تهران و رییس «مرکز آموزش اطلاعات» سپاه بوده است. در وزارت اطلاعات نیز درمعاونت آموزش وزارت اطلاعات فعالیت می کرد و در راه اندازی دانشکده وزارت اطلاعات نقش داشت.

قاسم میرزایی نکو، از نمایندگان اصلاح طلب است که سابقه اطلاعاتی اش به دهه ۶۰ باز می گردد، دورانی که چهره هایی چون سعید حجاریان در ساختار امنیتی ایران فعال بودند.

«رضا گلپور»، از چهره های امنیتی نزدیک به اصول گریان، درکتاب «شنود اشباح» به نقل از یکی از نیروهای وزارت اطلاعات نوشته است که قاسم میرزایی نیکو، «محسن خوشو» و «اصغر هاتفی» از نوچه های سعید حجاریان در معاونت آموزش بوده و خط فکری عجیبی داشته اند.

قاسم میرزایی نیکو می گوید معاون اجرایی دانشکده وزارت اطلاعات بوده و دراین دانشکده و در برخی از دانشگاه های وابسته به مراکز حکومتی، از جمله دانشکده وزارت امور خارجه، موضوعات امنیتی و اطلاعاتی را تدریس می کرده است.

پس از وزارت «علی فلاحیان» بر وزارت اطلاعات در کابینه «علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی»، برخی از نیروهای نزدیک به جریان چپ از این وزارت خانه خارج شدند و یا سمت های خود را از دست دادند. قاسم میرزایی نیکو از جمله این افراد بود که به وزارت راه و شرکت هواپیمایی «هما» رفت.

درانتخابات ریاست جمهوری سال 1376، در ستاد انتخاباتی «محمد خاتمی» فعالیت می کرد و پس از پیروزی خاتمی، مدتی معاون بازرسی نهاد ریاست جمهوری شد.

او یکی از فعالیت های خود در این مرکز را شناسایی همه عوامل فیلم «کارناوال عصر عاشورا» اعلام کرده است؛ کارناوالی که چند روز قبل از دوم خرداد و عصر روز عاشورا در تهران به راه افتاد. در ظاهر طرف‌داران محمد خاتمی در این کارناوال حضور داشتند ولی بعد مشخص شد این برنامه به‌طور مشترک از سوی سازمان صداوسیما و وزارت اطلاعات برگزار شده و هدف از آن، لطمه زدن به موقعیت خاتمی بوده ‌است.

قاسم میرزایی هم‎چنین گفته است: «تحقیقات ماجرای قتل‌های زنجیره‌ای را بازرسی ویژه رییس‌جمهوری انجام داد. همان گزارش بازرسی ویژه ریاست‌جمهوری بود که باعث شد مشخص شود ماجرا چیست و از کجا آب می‌خورد.»

با این حال، برخی از افراد دیگر ادعایی شبیه به این ادعای قاسم میرزایی را مطرح کرده و مدعی هستند که نقش وزارت اطلاعات در قتل های زنجیره ای را آن ها کشف کرده اند.

رسانه های اصول گرا اما از جهت دیگری از نقش او در پرونده قتل های زنجیره ای سخن گفته اند. آن ها مدعی هستند که قاسم میرزایی فیلم بازجویی از متهمان قتل های زنجیره ای را برای فعالان سیاسی داخل کشور و رسانه های فارسی زبان در خارج از کشور ارسال کرده است.

رسانه های اصول گرا مدعی هستند قاسم میرزایی نکو، فیلم بازجویی از متهمان قتل های زنجیره ای را برای تلویزیون های فارسی زبان خارج از کشور ارسال کرده است.

روزنامه «سیاست روز» در اردیبهشت ماه سال 1381 نوشت عامل اصلی تکثیر و ارسال فیلم بازجویی قتل های زنجیره ای برای فعالان سیاسی داخل و رسانه های فارسی زبان خارج از کشور، برای ماموریتی به خارج اعزام می شود.
ماموریتی که روزنامه سیاست روز از آن سخن می گفت، رایزنی اقتصادی ایران درامارات متحده عربی بود.

او در مصاحبه ای گفته است که «مرکز توسعه تجارت ایران» در ابوظبی را تاسیس کرده اما پس از سخن‏رانی در مراسم افتتاح این مرکز که با حضور «محمود احمدی نژاد» برگزار شده، «حمیدرضا آصفی»، سفیر وقت ایران درامارات متحده عربی گفته که احمدی نژاد بر روی او حساس است و دیگر بالای سن نرود.

احمدی نژاد پس از بازگشت از امارات نیز از «مسعود میرکاظمی»، وزیر بازرگانی خواست که به ماموریت قاسم میرزایی پایان دهد.

درانتخابات مجلس دهم، قاسم میرزایی از دماوند، جایی که فعالیت های سیاسی خود را آغاز کرده بود، به مجلس راه یافت.

در سال های اخیر، مصاحبه قاسم میرزایی با روزنامه «قانون» درباره نقش «محسن رضایی» و «محسن رفیق دوست» در مبادله نشدن «احمد متوسلیان»، فرمانده ربوده شده لشکر ۲۷ محمد رسول الله در لبنان با یک امریکایی، سابقه امنیتی او را در رسانه ها مطرح کرد.

او گفته بود نیروهای ایرانی با همکاری «حزب الله» لبنان، شخصی به نام «دیوید دُج»، رییس دانشکده امریکایی بیروت را ربوده و به تهران آورده بودند تا با احمد متوسلیان مبادله کنند.

به گفته قاسم میرزایی، به دستور محسن رضایی، این گروگان را محسن رفیق‎دوست تحویل گرفت: «۲۱ افسر سوری را آزاد کردند و یک مقدار سلاح نيز که ما می خواستیم، به ما دادند.»

او پس از انتشار سخنانش، نقش محسن رضایی دراین اتفاق را تکذیب کرد و تنها از نقش محسن رفیق دوست سخن گفت. روزنامه قانون نیز فایل صوتی این مصاحبه را منتشر کرد که در آن قاسم میرزایی از محسن رضایی هم نام برده بود.

دردوره های مختلف مجلس شورای اسلامی، چهره های امنیتی بسیاری حضور داشته اند اما کم تر درباره سابقه خود سخن گفته اند. قاسم میرزایی اما از سخن گفتن درباره سابقه امنیتی خود ابایی ندارد. هرچند قاعدتا او نیز درباره اقدامات خود گزینش شده سخن می گوید.