رادیو زمانه، محمد تقی مصباح یزدی، عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از مخالفت‌هایی در حوزه‌های علمیه و در بین مسئولان جمهوری اسلامی با اصل ولایت فقیه خبر داده است. بر اساس گفته‌های مصباح یزدی که چندان تازگی هم ندارد، برخی در حوزه‌های علمیه خواهان جدایی دین از سیاست‌اند و برخی مسئولان هم به ناسیونالیسم یا به تعبیر مصباح یزدی به «ایرانی‌گرایی» گرایش پیدا کرده‌اند.
مصباح‌یزدی در سخنانی که دوشنبه ۱ مرداد ایراد کرده گفته است: «برخی به این باور رسیده‌اند که زمانی که مردم خودشان رأی می‌دهند و رئیس‌جمهور را انتخاب می‌کنند، چه لزومی دارد که رهبری وجود داشته باشد، و اصلاً ولایت فقیه برای چیست؟ مگر کشورهای دیگر رهبر دارند؟»
مصباح یزدی در ادامه این سخنان می‌گوید دامنه مخالفت با ولایت فقیه به حوزه‌ها هم کشیده شده:
«رهبری از مدت‌ها قبل حس کرده بودند که در برخی جاها این تفکر انقلابی رو به افول نهاده. از همین رو ایشان [خامنه‌ای] ضمن هشدار در این زمینه به حوزویان و دانشگاهیان فرمودند انقلابی باشید. اگر رهبری چنین خطابی را به حوزه‌ها نیز دارند، به این معنی است که خطر جدا شدن از انقلاب برای حوزه‌ها نیز وجود دارد و ممکن است ما هم فراموش کنیم که بخش اعظم فقه مربوط به امور سیاسی و اجتماعی است.»
دخالت‌های علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی و دفتر او در حوزه‌های علمیه و انتخاب و عزل و نصب‌های مدیران حوزه‌ها به دست او سبب انتقاد برخی روحانیون شده است. منتقدان می‌گویند استقلال چند صد ساله حوزه‌های علمیه در دوران رهبری آیت‌الله خامنه‌ای مخدوش شده است.
علی خامنه‌ای در مهر ۱۳۸۹ در دیدار با گروهی از طلاب حوزه علمیه در پاسخ به این انتقادات گفته بود:
«عده‌ای می‌خواهند به نام استقلال، رابطه حوزه‌ها را با نظام قطع کنند اما واضح است که وابستگی غیر از حمایت و همکاری است و می‌توان در عین استقلال، به همکاری متقابل نیز پرداخت.»
آیت‌الله محمد یزدی، رئیس شورای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم پنجشنبه ۲۰ اردیبهشت سال جاری نیز در درس خارج از فقه خود در انتقاد از مخالفت گروهی از حوزویان با ولایت فقیه گفته بوئ:
«متأسفانه برخی با لباس روحانیت می‌گویند که حوزه‌های علمیه باید به شرایط قبل از انقلاب برگردند، توجیهشان این است که حوزه علمیه نباید به حکومت و دولت وابسته باشد، اما مگر ما طرفدار وابستگی حوزه به حکومت هستیم؟ حرف ما این است که باید از این حکومت الهی تمام‌قد حمایت کنیم. در این مسیر روحانیت هم وظیفه دارد با توجه به دینی بودن نهضت و با توجه به اینکه امام راحل از درون همین حوزه‌ها قیام خود را شروع کرده‌اند، راه ایشان را تا رسیدن به همه آرمان‌ها و شعارها ادامه دهد.»
مصباح یزدی علاوه مخالفت حوزه‌ها با ولایت فقیه، با اشاره به «کم‌رنگ شدن روحیه انقلابی در برخی مسئولان» گفته است:
«امروز برخی از مسئولان به راحتی با اوامر ولی فقیه مخالفت می‌کنند، هرچند در ظاهر دائماً از رهنمودهای رهبری تشکر می‌کنند، اما در عمل برخلاف فرمایشات ایشان عمل می‌کنند.»
به کانال خبرنامه گویا در تلگرام بپیوندید
به گفته مصباح‌یزدی این گروه از مسئولان ترجیح می‌دهند ناسیونالیسم را جایگزین ولایت فقیه کنند:
«حتی در ادبیات بعضی از مسئولان، "اسلام" جای خود را به ایرانی‌گرائی و ناسیونالیسم داده. یعنی همان شعاری که شاه با عنوان "ناسیونالیسم مثبت" مطرح می‌کرد. ایرانی‌گرایی یعنی پشت پا زدن به همه ارزش‌های الهی و انسانی.»
