رییس قوه قضاییه، رییس ستاد کل نیروهای مسلح و دو نماینده رهبر در شورا مستقیماً از سوی رهبر منصوب می‌شوند.

وزرای اطلاعات، کشور و امور خارجه دیگر اعضای ثابت شورا هستند که اگرچه از سوی رییس جمهوری منصوب می‌شوند اما انتخاب آن ها باید به تأیید رهبر برسد (توضیح بیش‏تر در قسمت ۷).
رییس جمهوری، رییس مجلس شورای اسلامی و رییس سازمان برنامه و بودجه تنها اعضای ثابت شورا هستند که انتصاب آن‎ها ارتباطی با رهبر ندارد. در جلسات شورای عالی امنیت ملی، بر حسب موضوع مورد بررسی، فرماندهان سپاه و ارتش و وزیر مرتبط با موضوع بحث هم به عنوان اعضای غیرثابت می توانند حضور داشته باشند. فرماندهان سپاه و ارتش منصوب مستقیم رهبر هستند.
دبیر شورای عالی امنیت ملی از سوی رییس جمهوری انتخاب می شود اما انتخاب او نمی‌تواند مخالف نظر رهبر باشد. به این علت که دبیر به طور سنتی، یکی از دو نماینده رهبر جمهوری اسلامی در شورای عالی امنیت ملی هم خواهد بود و طبیعتاً رهبر کسی که با او مخالف باشد را به عنوان نماینده خود منصوب نخواهد کرد.

به کانال خبرنامه گویا در تلگرام بپیوندید

شورای عالی انقلاب فرهنگی: این شورا وظیفه سیاست گذاری کلان را در موضوعات فرهنگی کشور برعهده دارد. ریاست این شورا با رییس جمهوری است ولی اغلب اعضای آن منصوب رهبر هستند؛ رییس قوه قضاییه، رییس سازمان صداوسیما، رییس سازمان تبلیغات اسلامی، رییس سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی، رییس دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم، رییس نهاد نمایندگی ولی فقیه در دانشگاهها و ۱۹ شخصیت حقیقی (در حال حاضر).

وزرای فرهنگ و ارشاد اسلامی، علوم، تحقیقات و فن‏آوری و آموزش و پرورش، سه عضو دیگر این شورا هستند که انتصاب آن‏ها از سوی رییس جمهوری، پس از مشورت با رهبر انجام می شود.
رییس دانشگاه آزاد اسلامی،عضو دیگر شورا، منصوب رهبر نیست ولی تحت نظارت رییس هیات موسس این دانشگاه فعالیت میکند که منصوب رهبر است.
رییس جمهوری، رییس مجلس، وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، معاون علمی و فن‎آوری رییس جمهوری، معاون رییس جمهوری در امور زنان و خانواده، رییس سازمان برنامه و بودجه، رییس جهاد دانشگاهی، رییس شورای فرهنگی اجتماعی زنان و روسای کمیسیون های فرهنگی، آموزش و تحقیقات و بهداشت و درمان مجلس دیگر اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی هستند که انتخاب آن‏ها ارتباطی با رهبر جمهوری اسلامی ندارد.

شورای عالی فضای مجازی: این شورا در اسفند ۱۳۹۰ و با فرمان آیت الله علی خامنه ای تشکیل شد تا به سیاست گذاری کلان در عرصه اینترنت بپردازد. ریاست شورا با رییس جمهوری و دبیر آن منصوب رهبر است. از میان سایر اعضا،رییس سازمان صداوسیما، دادستان کل کشور،فرمانده کل سپاه، فرمانده نیروی انتظامی، رییس سازمان تبلیغات اسلامی و ۱۰ شخصیت حقیقی منصوب رهبر هستند.
وزرای اطلاعات - دفاع - علوم، تحقیقات و فن‎آوری؛ فرهنگ و ارشاد اسلامی و آموزش و پرورش اعضای دیگر شورا هستند که با هماهنگی رهبر انتخاب می‌شوند.
رییس جمهوری، رییس مجلس شورای اسلامی، وزیر ارتباطات و فن‏آوری اطلاعات و معاون علمی و فن‏آوری اطلاعات رییس جمهوری تنها اعضای عالی فضای مجازی به شمار می روند که انتخاب آن‏ها به رهبر ارتباط ندارد.

هیأت عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه گانه: این هیأت که در مرداد ۱۳۹۰ و به حکم آیت الله علی خامنه ای تشکیل شد، وظیفه حل اختلافات سه قوه مجریه، قضاییه و مجریه و ایجاد هماهنگی بیش‏تر میان آنها را برعهده دارد. ریاست این هیأت پنج نفره با «محمود هاشمی شاهرودی»، رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام و رییس سابق قوه قضاییه ایران است. انتصاب وی و چهار عضو دیگر این هیأت که همگی شخصیتهای حقیقی هستند، با حکم رهبر انجام می‌شود.

قوه قضاییه

رییس قوه قضاییه منصوب مستقیم رهبر جمهوری اسلامی است. قوه قضاییه ایران هرگز ادعای استقلال از رهبر را نداشته است و مسوولان قضایی به صراحت وظیفه خود را تبعیت از شخص اول حکومت عنوان می‌دانند. غیر از رییس قوه قضاییه، دادستان دادگاه ویژه روحانیت هم منصوب رهبر است. این دادگاه وظیفه حساس رسیدگی به پرونده های روحانیون را برعهده دارد و از اختیارات ویژهای برخوردار است.

نیروهای مسلح

رهبر جمهوری اسلامی، فرمانده کل قوا نیز محسوب می شود و به همین علت، تمام فرماندهان ارشد و حتی بخشی از فرماندهان و مسوولان میانی نیروهای مسلح، منصوب مستقیم او هستند. دامنه دخالت آیت الله خامنه‌ای در انتصاب های مربوط به نیروهای مسلح بیش‏تر از نهادهای حکومتی دیگر است.

ستاد کل نیروهای مسلح: این ستاد وظیفه ایجاد هماهنگی میان سپاه، ارتش، نیروی انتظامی و وزارت دفاع ایران را برعهده دارد. رییس ستاد کل نیروهای مسلح، جانشین رییس ستاد و معاون هماهنگ کننده رییس ستاد،منصوب رهبر هستند. رییس دفتر عقیدتی سیاسی، رییس دفتر عمومی حفاظت اطلاعات فرماندهی کل قوا و رییس سازمان پدافند غیرعامل (از دیگر زیرمجموعه های ستاد کل) نیز از سوی رهبر منصوب می‌شوند.
احکام معاون ستاد کل نیروهای مسلح در امور بسیج، معاون آمادگی و پشتیبانی و تحقیقاتی صنعتی، معاون فرهنگی و تبلیغات دفاعی، معاون بازرسی و معاون نیروی انسانی ستاد کل نیروهای مسلح هم از سوی رهبر صادر می‌شود.
در نهایت،انتصاب فرمانده قرارگاه «خاتم»، مهم ترین قرارگاه نظامی ایران که زیر مجموعه ستاد کل نیرهای مسلح به شمار میآ‌ید، با رهبر است. این قرارگاه وظیفه هماهنگ کردن فعالیت های عملیاتی نیروهای مسلح را، از جمله هنگام مواجهه با حمله احتمالی خارجی برعهده دارد و نباید آن را با قرارگاه «خاتم الانبیا» در سپاه که فعالیتهای اقتصادی انجام می‌دهد، اشتباه گرفت.

سپاه پاسداران انقلاب اسلامی: این نهاد مهم ترین نیروهای نظامی ایران است. علاوه بر فرمانده و جانشین فرمانده سپاه، فرماندهان نیروهای زمینی، هوا فضا (موشکی) و دریایی سپاه و هم‏چنین فرمانده نیروی «قدس» که مسوول انجام عملیات برون مرزی است، منصوب رهبر هستند.
روسای سازمان اطلاعات سپاه (یکی از دو سازمان اطلاعاتی اصلی ایران در کنار وزارت اطلاعات) و سازمان بسیج مستضعفین (نیروی شبه نظامی وابسته به سپاه)هم از سوی رهبر منصوب می‌شوند.
انتصاب رییس سازمان حفاظت اطلاعات سپاه (مسوول حفظ اطلاعات داخلی و نظارت بر پرسنل سپاه) با پیشنهاد فرمانده سپاه و حکم رهبر جمهوری اسلامی انجام می‌شود. رهبرنماینده ولی فقیه در سپاه را هم منصوب می‌کند که فعالیت اداره سیاسی سپاه زیر نظر او است. این اداره وظیفه آموزش و نظارت سیاسی ایدئولوژیک بر فرماندهان و نیروهای سپاه را برعهده دارد. معاون هماهنگ کننده فرمانده سپاه از دیگر مسوولان ارشد سپاه پاسداران است که از سوی رهبر منصوب می‌شود.

ارتش جمهوری اسلامی ایران: ارتش نیروی نظامی کلاسیک ایران است و بر خلاف سپاه که وظیفه حفاظت از انقلاب اسلامی را برعهده دارد، مسوول حفاظت از تمامیت ارضی ایران است.
علاوه بر فرماندهان و جانشین فرمانده ارتش، فرماندهان نیروهای زمینی، دریایی و هوایی، و نیروی پدافند هوایی ارتش هم از سوی رهبر انتخاب می‌شوند.
رییس دفتر عقیدتی سیاسی ارتش که وظیفه نظارت و آموزش سیاسی و ایدئولوژیک این نهاد نظامی را برعهده دارد، رییس سازمان حفاظت اطلاعات ارتش، معاون هماهنگ کننده فرمانده کل و رییس مرکز مطالعات راهبردی ارتش نیز همگی منصوب رهبر هستند.

نیروی انتظامی جمهوری اسلامی ایران: فرمانده نیروی انتظامی منصوب رهبر است. این نیرو هر چند به لحاظ اداری، زیر نظر وزارت کشور محسوب می شود اما فرماندهان ارشد آن به رهبر پاسخ‏گو هستند. معاون هماهنگ کننده فرمانده، رییس سازمان عقیدتی سیاسی و رییس سازمان حفاظت اطلاعات نیروی انتظامی هم منصوب رهبر هستند.

موسسات فرهنگی

طیف وسیعی از موسسات و نهادهای فعال در زمینه های رسانهای، تبلیغاتی و پژوهشی زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی قرار دارند. مهمترین آن ها عبارتند از:

صداوسیما: قرار داشتن صداوسیما زیر نظر رهبر، در قانون اساسی جمهوری اسلامی مورد تاکید قرار گرفته است. این موسسه دارای بیش از ۵۰ هزار کارمند و تعدادی سه رقمی از شبکه‌های مختلف تلویزیونی و رادیویی برای داخل و خارج از ایران است. صداوسیما هم‏چنین یک روزنامه و تعدادی هفته نامه و ماه‏نامه را منتشر می‌کند.

موسسات رسانه‌ای: دو موسسه رسانه‌ای «کیهان» و «اطلاعات» زیر نظر رهبر هستند. این دو موسسه، روزنامه های کیهان و اطلاعات را منتشر می‌کنند که پیش از استقرار جمهوری اسلامی، مهمترین روزنامه های ایران بودند و سپس زیر نظر رهبر قرار گرفتند. هر دو این موسسه‌ها دارای چاپ‏خانه‌های عظیم هستند که علاوه بر دو روزنامه کیهان و اطلاعات، تعداد زیادی هفته نامه و ماه‏نامه و عناوین متعدد کتاب منتشر می‌کنند.
علاوه بر همه این‏ها، سپاه پاسداران و بسیج هم دارای طیف وسیعی از رسانه ها، از جمله چندین خبرگزاری، موسسه فیلم‏سازی و شرکت تبلیغاتی بزرگ است.

موسسات سیاسی-مذهبی: موسسات سیاسی مذهبیِ زیر نظر رهبر از نظر اهمیت، در سطوح مختلفی قرار دارند؛ برای نمونه، شورای سیاست‎گذاری ائمه جمعه که وظیفه خط دهی و نظارت بر امامان جمعه سرتاسر کشور را برعهده دارد، با توجه به این که امامان جمعه از بانفوذترین مقام های هر شهر و استان به شمار می‌روند، نهاد بسیار قدرتمندی است. هم‎چنین سازمان تبلیغات اسلامی مجموعه عظیمی از موسسات تبلیغاتی، رسانهای و فیلم‎سازی را کنترل می کند.
دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم نیز در جهت دهی به حوزه علمیه و روحانیت از جایگاه تعیین کننده ای برخوردار است.
از میان سایر موسسات فرهنگیِ مهم زیرِ نظارتِ رهبر می توان به سازمان حج و زیارت (مسئول نظارت بر اعزام صدهاهزار نفر زاير ایرانی در سال به مکه)، مرکز رسیدگی به امور مساجد (که مسئولیت رسیدگی و کنترل ده ها هزار مسجد را در سرتاسر کشور بر عهده دارد)، و نیز دو سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی و جامعة‌ المصطفی (که مسئولیت تبلیغات ایدئولوژیک در ده ها کشور دنیا را بر عهده دارند) اشاره کرد.

نهادهای دانشگاهی: نهاد نمایندگی رهبری در دانشگاهها، در دانشگاه‌های دولتی سرتاسر ایران دارای نماینده و تشکیلات است و به نظارت بر اجرای سیاست‌های فرهنگی و تبلیغاتی مورد تایید رهبر می پردازد. رییس هیات موسس دانشگاه آزاد اسلامی نیز از سوی رهبر منصوب شده است. دانشگاه آزاد در سرتاسر ایران، حتی بسیاری از شهرهای کوچک شعبه دارد؛ هرچند تحصیل در آن بر خلاف دانشگاه های دولتی، نیازمند پرداخت شهریه است.

نهادهای اقتصادی

مجموعه ای از بزرگ ترین موسسات و نهادهای اقتصادی ایران زیر نظر رهبر قرار دارند. قدرتمندترین این نهادها، سپاه پاسداران انقلاب اسلامی است. سپاه اگرچه یک نیروی نظامی است اما بازوهای اقتصادی متعدد دارد که در پروژه های بزرگ نفتی، معدنی، راه‏سازی، ساختمان سازی، مخابراتی، مالی و خدماتی فعال هستند. سایر موسسات اقتصادی بزرگ زیر نظر رهبر عبارتند از:

ستاد اجرایی فرمان امام: این ستاد بخش مهمی از ثروت هایی که از نظر حکومت از راه های نامشروع به دست آمده و درنتیجه مصادره شده اند را تحت مالکیت دارد. ستاد اجرایی فرمان امام که در آخرین سال رهبری آیت الله خمینی، بر مبنای دستوری از او تأسیس شد، دارای شرکت های متعددی است که در زمینه های مختلف نفتی، ساختمانی، مالی، مخابراتی و غیره فعالیت دارند.

آستان قدس رضوی: مسوولیت اصلی این نهاد، اداره اقتصادی مجموعه عظیم موقوفات متعلق به امام هشتم شیعیان است. با این حال، آستان قدس رضوی در داخل و خارج از ایران سرمایه‌گذار‌ی‌های بزرگ انجام داده و دارای ده‌ها شرکت و املاک بسیار گسترده در سرتاسر کشور است.

بنیاد شهید و امور ایثارگران: این بنیاد مسوولیت رسیدگی به خانواده‌های کشته شدگان و آسیب دیدگان ایران در جریان درگیری‌های مختلف را برعهده دارد؛ از جنگ ایران و عراق و نبرد سوریه گرفته تا درگیری‌های نیروهای انتظامی و امنیتی در داخل کشور. «بنیاد شهید و امور ایثارگران» در زمینه‌های گسترده صنعتی و خدماتی سرمایه گذاری کرده است. رئیس بنیاد شهید و امور ایثارگران، همزمان نماینده رهبر در بنیاد و معاون رئیس جمهور است، ولی در درجه نخست باید جوابگوی رهبر جمهوری اسلامی باشد.

بنیاد مستضعفان: این بنیاد وظیفه رسیدگی به اقشار کم درآمد را بر عهده دارد و دارای املاک و سرمایه گذاری‌های متنوع است. تا سال ۱۳۸۱ نام آن بنیاد مستضعفان و جانبازان بود و مسئولیت رسیدگی به وضعیت آسیب دیدگان ایران در زمان جنگ ایران و عراق و سایر درگیری‌ها را هم داشت. اما سپس، این مسئولیت به بنیاد جدیدالتاسیس «شهید و امور ایثارگران» محول شد.

سازمان اوقاف و امور خیریه: مهم‏ترین وظیفه این بنیاد، اداره هزاران بارگاه منتسب به امام‏زاده‌ها و دیگر شخصیت‌های مذهبی است که در سرتاسر ایران پراکنده‌اند و صدها هزار نفر از مردم نذورات خود را به آن‏ها پرداخت می کنند؛ به جز مکان‌هایی چون بارگاه امام هشتم که از سوی تشکیلاتی مستقل اداره می‌شوند، مجموعه وسیعی از موسسات خیریه نیز تحت نظر این سازمان فعالیت می‌کنند. رئیس سازمان اوقاف و امور خیریه، هم‌زمان هم نماینده رهبری است و هم از سوی دولت حکم می‌گیرد، اما در درجه نخست موظف به رعایت اولویت‌های تعیین شده از سوی رهبر است.

بنیاد مسکن انقلاب اسلامی: این بنیاد وظیفه کمک به اقشار کم درآمد برای تهیه مسکن را برعهده دارد و دارای پروژه‌های عظیم ساختمان سازی و موسسات متعدد خدماتی است. با وجود ارتباط اجرایی بنیاد مسکن با دولت، نماینده رهبر مهمترین نقش را در تعیین خط مشی کلی آن دارد.

کمیته امداد امام خمینی: این بنیاد نوعی بنیاد خیریه است که در سرتاسر ایران سرمایه گذاری های وسیع و پرمنفعت انجام می دهد.

بنیاد ۱۵ خرداد: این بنیاد خیریه به انجام فعالیت‌هایی کمابیش مشابه با کمیته امداد امام خمینی (البته در ابعاد محدود‏تر) می‌پردازد.

نمایندگان رهبر در استان ها

رهبر جمهوری اسلامی در تمام استان های ایران دارای نمایندگانی است که هم‌‏زمان، امام جمعه مراکز استانها هم هستند. نماینده ولی فقیه در یک استان معمولاً قدرتمندترین مقام حکومتی آن استان به شمار میرود و قدرت او درعمل از استاندار بیش‎تر است.

در شهرهای مختلف هر استان نیز معمولاً ائمه جمعه از نفوذی بیش‎تر از فرمانداران شهرها برخوردارند. امامان جمعه شهرها زیر نظر شورای سیاست‎گذاری ائمه جمعه، از نهادهای وابسته به رهبری فعالیت می کنند. هرچند انتخاب آن ها با نماینده رهبر در استان هماهنگ میشود.

وزرای حساس دولت

اگر چه وزرای دولت از سوی رییس جمهوری منصوب میشوند اما انتخاب وزرای حساس باید با صلاح‌‏دید رهبر انجام شود. به طور مشخص، انتخاب وزرای اطلاعات، امور خارجه و دفاع باید به تأیید رهبر برسد. در مورد وزارت دفاع، حتی حکم رییس حفاظت اطلاعات و رییس سازمان عقیدتی سیاسی وزارت‏خانه از سوی رهبر صادر میشود. از آن‏جا که وزیر کشور جانشین فرمانده کل قوا در نیروی انتظامی به شمار می رود، انتصاب او نیز باید با هماهنگی رهبر انجام شود.هر چند وزیر کشور حق عزل و نصب فرماندهان ارشد نیروی انتظامی را ندارد.

به علاوه، وزرای فرهنگ و آموزش عالی،فرهنگ و ارشاد اسلامی و آموزش و پرورش پس از مشورت با رهبر، منصوب میشوند. انتخاب وزیر دادگستری هم اگر چه جزو وزرای حساس کابینه محسوب نمیشود، باید با هماهنگی رییس قوه قضاییه انجام شود که منصوب رهبر است.

نقش رهبر در انتصاب وزرای حساس کابینه در هیچ کدام از قوانین ایران مورد اشاره قرار نگرفته است.

جایگاه رهبر به عنوان مرجع

گذشته از نقش رهبر جمهوری اسلامی به عنوان قدرتمندترین مقام حکومتی، به عنوان مهم ترین مرجع تقلید در ایران هم دارای اختیارات گسترده ای است.علی خامنه ای دارای شاگردانی انتخاب شده است که در درسهای مذهبی او شرکت میکنند و معمولاً به خاطر همین امتیاز،از جایگاه مهمی در حکومت ایران برخوردار هستند.

رهبر جمهوری اسلامی ایران هم‏چنین در داخل و خارج از ایران دارای مقلدانی است که مالیاتهای مذهبی خود را به او پرداخت می کنند تا در اموری که صلاح میداند، به مصرف برساند. علاوه بر همه این‎ها، نظرات و فتواهای رهبر، تفسیر رسمی مورد قبول جمهوری اسلامی از موضوعات مذهبی هستند و حتی در صورت مخالفت سایر مراجع تقلید با این فتواها، مبنای عمل نهادهای حکومتی قرار میگیرند.