روز جمعه 14 سپتامبر 2018 تصویری از سید احمد خمینی در هیات عزاداری «خادم الرضا» قم منتشر شد، که نشان می‌داد او در جدای از مردم عادی و در جایگاه ویژه‌ای مجهز به سیستم خنک‌کننده نشسته است. در پی بالا گرفتن انتقادها از سید احمد خمینی، او در شبکه اینستاگرام گفت که این مکان یک جایگاه ویژه برای روحانیون درجه یک و درجه دو است تا از گرمازدگی آنها جلوگیری شود.

این پاسخ نواده خمینی بر شدت انتقادها از او افزود و او را ناچار به عذرخواهی کرد. البته او به روزنامه اعتماد گفت: « واقعيت آن است كه من بسيار كوچک‌تر از آن هستم كه هدف تخريب باشم. هدف اصلی انتقادات و تخريب من، پدرم سيد حسن خمينی است. جريانی كه بيت امام را نشانه گرفته، قصد دارد بسيار آهسته و پيوسته به مردم القا كند كه سيد حسن خمينی و بيت حضرت امام زندگی اشرافی و در اصطلاح لاكچری دارد؛ درحالی كه اين از واقعيت به دور است... تاكيد می‌كنم كه هدف تخريب پدر من است و از من به عنوان واسطه استفاده می‌شود».

سید احمد خمینی در ادامه افزود: «قطعا مي‌پذيرم. قطعا بالاتر ديدن خودم از ساير مردم امری اشتباه و غلط است هرچند در اين باره من توضيحات ديگری دارم كه ممكن است به عنوان توجيه قلمداد شود و به همين دليل اكنون قصد توضيح بيشتر در اين باره ندارم. نقد به حضور من در جايگاه ويژه وارد است و من از اين بابت عذرخواهی می‌كنم.»

در پی اتفاقات هیئت خادم الرضا و انتقادات گسترده‌ای که از سید احمد خمینی شد، این هیئت اعلام کرد، جایگاه ویژه خود را تعطیل می‌کند.

شیوه زندگی سید احمد خمینی بیش از این نیز او را در معرض انتقادات قرار داده بود. مراسم عمامه‌گذاری او که با حضور تعداد قابل توجهی از افراد و به شیوه‌ای غیر از شیوه مرسوم در حوزه‌های علمیه برگزار شد، از سوی منتقدان به مراسم «تاج‌گذاری» تشبیه شده بود.