طائب در هر دو سمت خود نقش مهمی در سرکوب معترضان به نتیجه انتخابات ایفا کرد. مهدی کروبی نیز طائب را «يكى از طراحان نمايش ترانه موسوى» خواند.

پس از مطرح شدن موضوع ترانه موسوی در فیلمی از صداوسیما با خانواده‌ای که عروس‌شان هم‌نام ترانه موسوی بود مصاحبه شد و این خانواده، مرگ وی را در رویدادهای پس از انتخابات را تکذیب کردند.

حسین طائب و حسین شاهمرادی، از چهره‌های نزدیک به حسن خمینی، دامادهای علی اکبر حسینی معروف به «حسینی اخلاق در خانواده» هستند.

حسین شاهمرادی برادر همسر ترانه موسوی بود و مهدی کروبی نیز اعلام کرد که حسین طائب این موضوع را می‌دانسته كه این خانواده، عروسى به نام ترانه موسوى در کانادا دارد.

او نوشت: «هنگامى كه گفتيد داماد جناب آقاى حسينى هستيد من متوجه موضوع شدم و در همان جا به شما گفتم كه حلقه مفقود شده را پيدا كردم، چرا كه من مى‌دانستم جناب آقاى (حسين) طائب - فرمانده نيروى مقاومت بسيج - نيز داماد آقاى حسينى است و به شما گفتم كه باجناق آقاى طائب هستيد كه تاييد كرديد. لذا متوجه شدم كه آقاى طائب يكى از طراحان نمايش ترانه موسوى است».

پس از تیره شدن روابط محمود احمدی‌نژاد با آیت‌الله خامنه‌ای، سازمان اطلاعات سپاه نزدیکان اسفندیار رحیم مشایی و حمید بقایی را بازداشت کرد و به دنبال بازداشت خود آنان نیز بود که آقای احمدی‌نژاد این دو عضو کابینه را «خط قرمز» خود خواند.

اسفندیار رحیم مشایی گفته که «پروژه پرونده‌سازی» برای او و نزدیکان آقای احمدی‌نژاد «از سال ۹۰ توسط هر دو نهاد وزارت اطلاعات و اطلاعات سپاه کلید زده شد و مسئول آن هم حسین طائب بود».

وی همچنین گفته که طائب با بقایی دیدار کرده و از او خواسته که به جاسوسی اعتراف کند.

پس از انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۹۲ نیز سازمان اطلاعات سپاه پاسداران اقدام به بازداشت نزدیکان حسن روحانی از جمله حسین فریدون کرد.

پیش از بازداشت حسین فریدون، سازمان اطلاعات سپاه علی رستگار مدیر عامل سابق بانک ملت را بازداشت کرده بود.

پس از آن محمدعلی جعفری، فرمانده سپاه پاسداران، رستگار را متهم کرد که عضو یک «شبکه فساد» اقتصادی بوده‌ که «برخی از سیاسیون» نیز در آن «حضور دارند».

قبل از بازداشت علی رستگار، نیز حسین طائب گفته بود که سازمان اطلاعات سپاه «همانند گذشته به پرونده‌های مفاسد اقتصادی کلان کشور ورود می‌کند» و «در حال حاضر پرونده‌های جدی در دستور کار دارد».

سازمان اطلاعات سپاه پاسداران در دوره مدیریت طائب بارها به صورت کاملا علنی در مقابل وزارت اطلاعات قرار گرفته است. بازداشت ۱۲ تن از مدیران کانال‌های تلگرامی نزدیک به دولت و اصلاح‌طلبان که گفته می‌شد یکی از آنها ادمین کانال تلگرامی وزیر اطلاعات بوده از جمله این درگیری‌های علنی بود.

سازمان اطلاعات سپاه پاسداران همچنین عبدالرسول دُری اصفهانی و فعالان محیط زیستی را با وجود بی‌گناه خوانده شدن آنان توسط وزارت اطلاعات هنوز «جاسوس» می‌خواند.

این نهاد امنیتی علاوه بر دستگیری دُری اصفهانی​ فیلم‌هایی نیز در اختیار جواد کریمی قدوسی نماینده مشهد قرار داد تا در جلسه سئوال از محمد جواد ظریف پخش کند.

هرچند طائب هنوز رئیس سازمان اطلاعات سپاه پاسداران است اما در سال ۹۵ حسین نجات به سمت معاونت اطلاعات سپاه پاسداران منصوب شد. اتفاقی که می‌توان آن را به معنای کمرنگ شدن قدرت کامل طائب در این سازمان دانست. حسین نجات از چهره‌های مورد اعتماد رهبر جمهوری اسلامی است که مدتی مسئولیت حفاظت از او را نیز بر عهده داشته است.

برخی انتصاب نجات را با بازداشت برخی از مدیران سازمان اطلاعات سپاه پاسداران به اتهام جاسوسی برای اسرائیل مرتبط می‌دانند. برخی اما بازداشت رضا گلپور به اتهام جاسوسی برای اسرائیل را به تسویه حساب حسین طائب با او نسبت می‌دهند.

اینک پس از مدت‌ها سکوت بار دیگر نام طائب مطرح شده است.

اشاره مستقیم محمود احمدی‌نژاد به نام حسین طائب شاید تهدیدی با این محتواست که او درباره طائب بیشتر خواهد گفت. این تهدیدها اما بعید است که در وضعیت پرونده نزدیکان احمدی‌نژاد تاثیری جدی داشته باشد.