شبیری زنجانی ازجمله مراجع تقلیدی است که در سال‌های اخیر، نماز میت مراسم تشییع چهره‌هایی چون حسین‌علی منتظری، عبدالکریم موسوی اردبیلی و جلال‌الدین طاهری اصفهانی را برگزار کرده است. او همچنین ازجمله اساتید فرزندان آیت‌الله خامنه‌ای در حوزه بوده است.

یزدی در نامه خود، همچنین از شبیری زنجانی انتقاد کرد که چگونه «فرصتی برای ملاقات با هیات‌رئیسه مجمع عمومی اساتید» ندارد، اما «فرصت می‌کند در منزل آقایی در تهران حاضر شود و با این آقایان ملاقات داشته باشد». او در پایان نامه خود نوشته بود: «مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شان مرجعیت است، پس لازم است این احترام و شئون مرجعیت را رعایت فرموده و ترتیبی اتخاذ فرمایید این‌گونه مسائل دیگر تکرار نگردد.»

گرچه شبیری زنجانی کمتر در مسایل سیاسی اظهارنظر می‌کند، اما در سال‌های اخیر، در مواردی چون درخواست آزادی علی شکوری‌راد از زندان و درخواست آزادی احمد منتظری پس از انتشار فایل صوتی ملاقات آیت‌الله منتظری با هیاتی که وظیفه بررسی وضعیت زندانیان در سال ۶۷ را داشت، از جمله این مواردند.

شبیری زنجانی همچنین ازجمله چهره‌هایی است که در زمان حصر حسین‌علی منتظری، به این مساله معترض بود و برای رفع آن تلاش کرد. او نخستین فردی بود که پس از رفع حصر، به ملاقات منتظری رفت. او تابستان سال ۸۸ نیز همراه با موسوی‌اردبیلی به دیدار منتظری رفته بود.

در واکنش به انتشار این نامه، عباس صالحی، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی، در صفحه توییتر خود، مرجعیت پشتوانه حفظ هویت شیعی و هشدار داد که مراجع را «با تابلوی دغدغه مقدس حفظ نظام، موهن نکنیم و میراث تاریخی تشیع را به تاراج نسپریم».

ازسوی دیگر، برخی روحانیون عموما نزدیک به اصلاح‌طلبان نیز به انتقاد از این نامه پرداختند. هاشم هاشم‌زاده هریسی، از اعضای مجلس خبرگان، محمدتقی فاضل میبدی و محسن غرویان از جمله روحانیونی بودند که به این نامه واکنش نشان دادند. مهدی هادوی تهرانی نیز نامه یزدی را «در عین ناباوری و حیرت، موجب نهایت تاسف و تاثر» توصیف کرد که شامل «ادبیاتِ دور از ساحت ادب» بود.

علی شکوری‌راد، دبیرکل حزب اصلاح‌طلب اتحاد ملت، نیز از دیگر افرادی بود که به این نامه واکنش نشان داد. او در حساب توییتری خود، با بعید دانستن «این نوع حرمت‌شکنی از کسی در مقام یزدی»، نوشت: «آنکه در دفاع از او چنین کرده‌اید، از این کار شما ناخشنود است».