پس از آن، کمیسیون اصل ۹۰ مجلس نهم به موضوع ورود کرد و محمد پورمختار، ریاست وقت کمیسیون اصل ۹۰ مجلس، موارد تخلف‌های صورت گرفته را ۳۶ مورد اعلام کرد.

پس از استیضاح رضا فرجی دانا، محمدعلی نجفی، سرپرست وقت وزارت علوم، تحقیقات و فناوری نیز موضوع بورسیه‌ها را دنبال کرد، به طوری که او از لغو بیش از ۸۰۰ مورد بورس دکترا و احتمال لغو بیش از ۱۲۰۰ مورد و همچنین اخراج ۳۶ نفر از دانشگاه‌ها خبر داد.

کشمکش بین نمایندگان مجلس و وزارت علوم حسن روحانی با مقام‌های پیشین این وزارتخانه بر سر پرونده بورسیه‌های تحصیلی، پای آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران را به این پرونده باز کرد که با انتقاد از نحوه مطرح شدن این پرونده گفت: «یکی از غلط‌ترین کارهایی که در این یکی دو سال اخیر اتفاق افتاد، این مسئله بورسیه‌ها بود.»

به گفته رهبر جمهوری اسلامی ایران، در موضوع پرونده‌ بورسیه‌ها «به خیلی‌ها ظلم شد.»

محمود صادقی، یکی از نماینده‌های پیگیر موضوع بورسیه‌ها که از اعضای کمیسیون آموزش مجلس هم هست، نام شماری از افرادی را که مشمول اعطای این بورسیه‌ها شده بودند، اعلام کرد.

شماری از بستگان محمود احمدی‌نژاد از جمله فرزند و داماد پروین احمدی‌نژاد، خواهر رئیس‌ جمهوری ایران و عضو پیشین شورای شهر تهران از جمله کسانی بودند که محمود صادقی نام آنها را در جریان این پرونده مطرح کرد.

این نماینده تهران معتقد بود که تمام موارد مطرح شده در پرونده بورسیه‌های تحصیلی که حتی شمار آنها از سه هزار مورد بیشتر است، غیرقانونی بوده است.

شماری از افراد مطرح شده در پرونده بورسیه‌ها بعدتر از محمود صادقی شکایت کردند، شکایتی که در آبان ۹۵ منجر به صدور حکم جلب برای او شد که تلاش برای بازداشت او در منزل مسکونی‌اش و مقاموت این نماینده تهران، خبرساز شد.

در واکنش به حکم تازه دیوان محاسبات ایران، محمود صادقی روز شنبه، ۱۷ آذرماه، به این حکم واکنش نشان داد و در توئیتر خود نوشت: «استدلال حاکم شرع محکمه تجدیدنظر دیوان محاسبات در نقض رأی هیئت مستشاری دیوان این است که شورای مرکزی بورس وظیفه نظارتی دارد نه اجرایی؛ بنابراین مسئول جبران خسارات ناشی از اعطای بورس به افراد فاقد شرایط نیست و جبران خسارت باید از محل وثایق و تعهدات خود بورسیه‌ها صورت گیرد.»

آقای صادقی در توئیتی دیگر، به «ضعف آشکار در استدلال رأی حاکم شرع محکمه تجدیدنظر دیوان» تاکید کرد.

به نوشته این نماینده تهران، «مفاد [حکم تجدیدنظر] ناظر به حکم جبران خسارت و انفصال است و دلالتی بر عدم تخلف در اصل اعطای بورس ندارد.»

در بخشی از حکم حاکم شرع محکمه تجدیدنظر دیوان محاسبات کشور آمده است: «با توجه به گزارش کارشناسی مضبوط در پرونده و نتیجه بررسی موضوع در کمیسیون اصل نودم قانون اساسی و آموزش و تحقیقات مجلس شورای اسلامی، تخلفی متوجه شورای مرکزی بورس که در حدود وظایف و اختیارات قانونی، اتخاد تصمیم نموده‌اند متصور نیست و جبران خسارت در فرض وجود افراد فاقد شرایط، از محل وثائق تأدیه شده و تعهدات محضری دانشجویان امکان‌پذیر می‌باشد.»

با این که خبرگزاری فارس در گزارش خود از «نهایی» بودن این حکم و ختم ماجرا خبر داده است، شاید توئیت‌های محمود صادقی، نماینده تهران و عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس به معنای آن باشد که همچنان پرونده بورسیه‌های تحصیلی در دولت دهم، ادامه یابد.