در شهریور سال ۱۳۹۵، پس از انتشار اخباری پیرامون بی خبری از او، ایران تایید کرد که زکا را به اتهام جاسوسی بازداشت کرده است.

او با دعوت رسمی شهیندخت مولاوردی، معاون وقت رییس‌جمهوری در امور بانوان‌ و ‌خانواده،‌ برای شرکت در یک همایش با عنوان «دومین نمایشگاه و همایش بین‌المللی نقش‌آفرینی زنان در توسعه پایدار» با موضوع «کارآفرینی و اشتغالزایی» که توسط دولت حسن روحانی برگزار شد، به ایران سفر کرده بود.

او پس از این سفر و شرکت در این همایش توسط نیروهای امنیتی ایران بازداشت شد. این چهارمین سفر او به ایران بوده است.

زکا پیش از این نیز چندین بار با دعوت مقام‌های رسمی کشور به ایران سفر کرده بود. او به اتهام همکاری با دولت بیگانه علیه منافع ملی ایران، هنگامی که قصد خروج از ایران را داشت، در فرودگاه امام خمینی بازداشت شد.

این فعال آزادی اینترنت، ‌پس از بازداشت، به ۱۰ سال حبس و پرداخت ۴ میلیون دلار جزای نقدی محکوم شده است.

صداوسیمای ایران در گزارشی زاکا را یک «گنج» خوانده و از ارتباط گسترده و «هوشمندانه» او با نهادهای نظامی آمریکا خبر داده بود.

همچنین روزنامه وطن‌امروز، نزدیک به سپاه پاسداران،‌ درباره زاکا نوشته بود:‌ «نزار ذکا شاه‌مهره لبنانی-آمریکایی دستگیرشده در ایران، ماموریتی ویژه در حوزه فناوری اطلاعات ایران داشته و به همین جهت نیز با وزارت ارتباطات مرتبط بوده‌است.»

دولت لبنان پیش از این نیز چندین بار درخواست آزادی زکا را داده بود.

او در سال ۲۰۱۷ به دلیل اعتراض به وضعیت خود دست به یک اعتصاب غذا زد. این شهروند لبنان، اسفندماه سال گذشته از درون زندان اوین با نوشتن نامه‌ای برای انتخابات پارلمانی لبنان اعلام نامزدی کرد.

در همان ماه،‌ سعد حریری، نخست‌وزیر لبنان، با خانواده این شهروند لبنانی دیدار کرده و از «پیگیری هفتگی مساله آزادی او در مذاکره با میشل عون» ‌خبر داده بود.