لیوس ابتدا به صورت میانجی نظرات مقام‌های ایران و مقام‌های محلی بحرین را به یکدیگر منتقل می‌کرد اما در مرحله دوم که زمینه فراهم شده بود گفت وگوها به صورت مستقیم بین ایران و بحرین شکل گرفت: «این اولین برخود رسمی و مستقیم ایران و بحرین پس از گذشت بیش از یک و نیم قرن بود و از دید تاریخی این آخرین نقشی بود که بریتانیا در جدایی رسمی بحرین از ایران ایفا می‌کرد.»

نماینده ایران در مذاکرات امیرخسرو افشار، قائم مقام وزارت خارجه بود و فریدون زندفرد هم به عنوان رییس اداره نهم سیاسی در گفت و گوها حضور داشت. شیخ محمدبن مبارک، وزیر خارجه بحرین هم در چند جلسه حضور داشت: «مذاکرات به انگلیسی انجام می‌شد و مترجمی حضور نداشت. هر بار گفت وگوها به طور متناوب در هتل محل اقامات نماینده ایران و بحرین که در حومه ژنو قرار داشت، صورت می‌گرفت. بین هر دور مذاکرات چند هفته تا یک ماه وقفه می‌شد. مذاکرات جنبه سیاسی داشت و مبنای حقوقی و شواهد تاریخی ناظر بر این قضیه هرگز مطرح نشد. هدف این بود که کسب خواسته‌های مردم بحرین بر مبنای منطقی و مشخص تحت نظارت سازمان ملل صورت گیرد تا بتوان مدعی شد که در شکل گیری آینده بحرین به هر حال سهمی داشته‌‌ایم.»

مذاکرات بین دو طرف درباره نحوه نظرخواهی از مردم بحرین به نتیجه رسید و قرار شد که ساکنان بحرین نظر خود را درباره این که آیا خواهان استقلال یا الحاق به ایران باشند، اعلام کنند با حصول این توافق، زمینه برای کمک و دخالت سازمان ملل متحد در به سرانجام رساندن وضعیت بحرین فراهم شد.

به نوشته زندفرد، دنیس رایت، سفیر بریتانیا در تهران سال‌ها بعد در یک سخنرانی در لندن گفته بود اگر ایرانی‌ها حاضر نمی‌شدند لحن پیشنهاد خود را درباره نظرخواهی از مردم بحرین تعدیل کنند، ما و بحرینی‌ها حاضر بودیم کل برنامه را به دست فراموشی بسپاریم.

نویسنده این اظهارت را مبالغه آمیز خوانده و از دیداری که اردشیر زاهدی، وزیر خارجه زمینه آن را برای ملاقات گروه مذاکره کننده ایران درباره بحرین با شاه فراهم کرده بود نقل قول‌هایی آورده است. زندفرد نوشته است که شاه در آن دیدار در حالی که در اتاق قدم می‌زد می‌گفت حدود صدوپنجاه سال پیش انگلیس، بحرین را از ایران جدا کرد و حال که قصد خروج دارد و می‌خواهد به حکام عرب منطقه استقلال بدهد، بحرین را به ما پس نخواهد داد. شاه سپس درباره هدف بزرگتر خود که همان ایفای نقش قدرت برتر منطقه باشد گفت و اضافه کرد که باید زمینه را برای ایجاد ثبات و امنیت در منطقه فراهم کرد.

به نوشته فریدون زندفرد، شاه پس از مصاحبه در دهلی نو، هر وقت از بحرین سخن می‌گفت به قدمت صدوپنجاه ساله این اختلاف اشاره می‌کرد و با این اشارات مکرر می‌خواست گناه جدایی بحرین از ایران را به گردن دودمان قاجار بیندازد که از دید تاریخی واقعیتی غیرقابل کتمان بود و با بیان این که بایستی در تعیین سرنوشت بحرین سهمی داشته باشیم، می‌خواست ایران به نوعی در شکل گیری آینده بحرین مشارکت داشته باشد. به تعبیر نویسنده، شاه «به کسب تمایلات مردم بحرین اهمیت می‌داد شاید که در آن جوابی برای آینده سراغ می‌گرفت.»

در هجدهم اسفند ۱۳۴۸ ایران به طور رسمی از دبیرکل سازمان ملل خواست که برای «تشخیص خواست واقعی مردم بحرین» وارد عمل شود و نماینده‌‌ای را برای این ماموریت تعیین کند. یک روز پیش از عید نوروز، بریتانیا هم از این پیشنهاد حمایت کرد. قرار بود دولت ایران در این باره به مجلس شورای ملی گزارش بدهد.

به نوشته زند فرد، اردشیر زاهدی وزیر خارجه وقت ایران «به وضوح از حضور در جلسه و ارائه گزارش ماجرای بحرین ناخشنود بود. به خاطر دارم قبل از ورود به صحن مجلس و ارائه گزارش، قطرات فراوان عرق بر پیشانی و گونه‌‌اش نقش بسته بود... گزارش را با حروف درشت و خوانا تهیه کرده بودیم که با توجه به اضطرابی که داشت هنگام قرائت حتی المقدور مشکلی پیش نیاید.»

زاهدی گزارش دولت را درباره رویکرد ایران به آینده بحرین برای نمایندگان مجلس شورای ملی خواند: «در مجموع خشک و بی‌روح بود و با توجه به هدفی که تعقیب می‌کرد، انتظار دیگری هم نمی‌رفت. تنها نکته‌‌ای که در آن گزارش به دل می‌نشست همان آوایی بود که می‌گفت اگر مردم بحرین خواهان آن باشند که علقه دیرینه با ایران را تجدید کنند، دولت هر رنجی را تحمل و هر از خودگذشتگی را تقبل می‌کند تا این خواسته تحقق پذیرد.»

محسن پزشکپور رییس حزب پان ایرانیست با گزارش دولت مخالفت کرد و در یک سخنرانی پرحرارت، بحرین را جزو لاینفک سرزمین ایران خواند که به همین دلیل دولت هم آن را استان چهاردهم اعلام کرده است: «سخنان پزشکپور در مجموع افسوس بزرگ بر از دست دادن حق تاریخی دیگری بود ولی طرح مشخصی جز آنچه مدنظر دولت بود، از سوی مجلس عنوان نشد. مجلس گزارش دولت را تایید کرد و در نتیجه اقدامات مربوط به ارجاع قضیه بحرین به سازمان ملل دنبال شد.»

با موافقت ایران و بریتانیا حالا سازمان ملل اقدامات خود را شروع کرده بود. رییس دفتر اروپایی سازمان ملل در ژنو مامور مخصوص برای تشخیص خواست‌های مردم بحرین شد. ماموریت او از نهم تا بیست و نهم فروردین ۱۳۴۹ (بیست و نهم مارس تا هجدهم آوریل ۱۹۷۰) طول کشید.

مامور دبیرکل در امور بحرین، گزارشی به دبیرکل سازمان ملل ارائه کرد.:«در گزارش آمده بود که جمعیتی ایرانی تبار که در شهر و روستا زندگی می‌کنند و از سطح فرهنگ بالایی برخوردارند و همچنین گروه‌های دیگری مایل به الحاق به ایران هستند ولی گزارش تاکید داشت که این عده در مجموع نسبت ناچیزی را تشکیل می‌دهند و اکثریب قریب به اتفاق ساکنان بحرین خواهان ایجاد یک دولت کاملا مستقل هستند.»

دبیرکل در گزارشی به شورای امنیت این موضوع را شرح داد و سرانجام شورای امنیت در سی‌‌ام آوریل محتوی آن را تایید کرد. مرحله بعدی تصویب موضوع و گزارش دولت از روند جدایی بحرین در مجلس شورای ملی ایران بود. به نوشته فریدون زندفرد در ارتباط با مساله بحرین «هدف نهایی که دیپلماسی ایران تعقیب می‌کرد همان ایجاد راه کاری حتی المقدور منطقی و آبرومند برای خروج از این تنگنای تاریخی بود. مجلس شورای ملی سرانجام در میان برخی از مخالفت‌ها از جمله اعتراض محسن پزشکپور، با ۱۸۷ رای موافق و ۴ رای مخالف گزارش دولت را تایید کرد. در مجلس سنا هم جملگی ۶۰ سناتور بدون هیچگونه صدای اعتراضی بر گزارش دولت صحه گذاشتند.»

نیمه بهار ۱۳۴۸ موعد رسمی جدایی بحرین از ایران بود. هیات حسن نیت ایران به ریاست معاون سیاسی وزارت خارجه ایران عازم منامه مرکز بحرین شدند: «من هم یکی از اعضای گروه بودم. در این سفر با شیخ عیسی بن سلمان آل خلیفه حاکم بحرین و پاره‌ای ازدیگر مقام‌های بحرینی گفت و گو کردیم. چندی بعد شیخ عیسی در راس هیاتی به تهران سفر و با شاه دیدار کرد. مسافرت شیخ عیسی به تهران بازدید اردشیر زاهدی وزیر خارجه از بحرین را به دنبال داشت. در این سفر که زاهدی را همراهی می‌کردم از وی در منامه تجلیل زیادی کردند و به این نحوه موجودیت بحرین به عنوان یک واحد سیاسی مستقل پس از گذشت یک و نیم قرن از سوی ایران به رسمیت شناخته شد.»

ایران و بحرین به فاصله کوتاهی پس از استقلال این کشور رابطه سیاسی با هم برقرار کردند. کمتر از یک دهه بعد از استقلال بحرین با وقوع انقلاب بهمن ۱۳۵۷ این رابطه بسیار پرفراز و نشیب شد. کشوری که هنوز هم افراد زیادی از شهروندان آن به زبان فارسی تکلم می‌کنند.

حاکلمان بحرین که اقلیتی سنی هستند، جمهوری اسلامی ایران را متهم به تحریک شیعیان با هدف بی‌ثبات کردن حکومت حمد بن عیسی آل‌خلیفه می‌کنند. اکثریت شهروندان بحرین شیعه هستند. بحرین که قرار بود به واسطه حسن نیت ایران و کمک به استقلال‌‌اش، پیوند دیرینه تاریخی با ایران را حفظ کند، عملا با هویتی عربی به کشورهای عربی خلیج فارس و خصوصا عربستان سعودی نزدیک شد.

در جریان حمله طلاب و دانشجویان بسیجی به سفارت عربستان سعودی در تهران و کنسولگری این کشور در مشهد که به قطع روابط سیاسی دو کشور از سوی عربستان منجر شد، بحرین هم به پیروی از این کشور روابط سیاسی و اقتصادی خود را به طور کامل با ایران قطع کرد.

فریدون زند فرد در کتابش درباره نظر شاه درباره آینده بحرین نوشته است که او با عضویت بحرین در امارات متحده عربی مخالف بود و می‌گفت اگر بحرین عضوی از امارات شود دیگری برقراری «روابط خاص» مورد نظر با آن ممکن نیست.

بحرین به عضویت امارات هم درنیامد وبا حسن نیت ایران به آسانی مستقل شد اما شکل گیری آن «روابط خاص» که شاه در نظرش طراحی کرده بود، تا به امروز که بیش از ۵۰ سال از استقلال بحرین می‌گذرد، محقق نشده است.

اردشیر زاهدی، در مقدمه‌‌ای که برای کتاب فریدون زندفرد نوشته او را «دیپلماتی ایران دوست» معرفی کرده که این عشق را بالاتر از هرچیزی در زندگی قرار داده است. زاهدی از موضوع بحرین با عنوان «بحران» یاد کرده و گفته زندفرد با شجاعت نظراتش را حتی به شاه می‌گفت و شاه هم می‌خواست قدرت ایران را در خلیج فارس با پس گرفتن حاکمیت ایران بر جزایر سه‌گانه تنب بزرگ و کوچک و ابوموسی تثبت کند. «چیزی که ما آن موقع نمی‌دانستیم اما به زودی فهمیدیم چه هدفی در سر دارد.»