این اختلافات داخلی اهمیت زیادی دارند، زیرا نیروهای بسیج مردمی در واقع از چندین گروه قدرتمند شامل سازمان بدر، کتائب حزب الله، عصائب الحق، حرکه النجباء حزب الله و کتائب امام علی تشکیل شده اند. این گروه ها نیز به نوبه خود به تیپ هایی تقسیم می شوند که در طول جنگ علیه گروه داعش تشکیل شده بودند. چندین نفر از اعضای ارشد نیروهای بسیج مردمی در دهه 1980 در کنار ایران علیه رژیم صدام حسین جنگیده بودند. رهبران نیروهای بسیج مردمی با مشکلات زیادی برای متحد کردن زیرشاخه های خود روبرو شده اند، زیرا هر کدام از این واحدها با احزاب سیاسی و نهادهای مذهبی متفاوتی در ارتباط هستند. نیروهای بسیج مردمی اخیرا با دستور دولت مرکزی عراق برای ادغام شدن در ارتش کشور مخالفت کردند. دولت نیز مجبور شد در واکنش به اعتراضات از برخی مواضع خود عقب نشینی کند. بنا براین، به نظر می رسد که این نیروهای شبه نظامی شیعه تاحدودی مستقل از دولت مرکزی فعالیت می کنند. آن ها در سال های اخیر تسلیحات ساخت ایران را در پایگاه های نظامی خود انبار کرده اند. ظاهرا همین پایگاه ها در حملات هوایی اخیر مورد هدف قرار گرفتند.

سال گذشته گزارش هایی در مورد انتقال موشک های ساخت ایران به شبه نظامیان عراقی منتشر شد. سال گذشته یکی از محموله های سلاح کتائب حزب الله در نزدیکی مرز بین عراق و سوریه هدف قرار گرفت. رهبران این گروه بلافاصله آمریکا را مسئول حمله معرفی کردند. با توجه به بیانیه های گذشته این گروه های شبه نظامی می توان نتیجه گیری کرد که آن ها به طور کلی مخالف حضور آمریکا در عراق و سوریه هستند. اما اقدام آمریکا در تروریستی اعلام کردن بسیاری از گروه های شبه نظامی شیعه در عراق نیز موجب افزایش تنش در منطقه شد. وزارت خزانه داری آمریکا در ماه آوریل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی را در فهرست گروه های تروریستی قرار داد. سال گذشته تعدادی راکت به سمت نیروهای آمریکایی و سفارت خانه آمریکا در بغداد شلیک شدند. آمریکا ادعا کرد که شبه نظامیان شیعه با دستور ایران دست به این اقدامات زده اند. هم زمان، بسیاری از رهبران شبه نظامیان شیعه خواستار خروج آمریکا از عراق شده اند.

اما حملات هوایی اخیر تنش در منطقه را به سطح بی سابقه ای رسانده اند. هنوز رهبران نیروهای بسیج مردمی در مورد نحوه واکنش دادن به حوادث اخیر تصمیم نگرفته اند. دولت عراق تمایلی به درگیری با اسرائیل ندارد. اما اعضای مجلس و رهبران شبه نظامیان شیعه خواستار واکنش دولت شده اند. تعدادی از گروه های شبه نظامی اعلام کرده اند که در جنگ های احتمالی علیه اسرائیل در آینده مشارکت خواهند کرد.

گروه های زیرشاخه نیروهای بسیج مردمی بیانیه های ضد و نقیضی را در واکنش به انفجارهای اخیر منتشر کردند. تعدادی از آن ها حتی در ابتدا وقوع این حوادث را انکار کردند و برخی این حملات هوایی را به نیروهای آمریکایی نسبت دادند. ستاد فرماندهی مرکزی آمریکا در بیانیه خود در تاریخ 19 ژوئیه هر گونه نقشی در حملات اخیر علیه واحدهای بسیج مردمی را انکار کرد. یکی از اعضای ائتلاف دولت قانون در پارلمان عراق آمریکا را متهم به دخالت در این حملات کرد.

گروه عصائب الحق در اواسط ماه آگوست گفت که اسرائیل عامل انفجار در کمپ فالکون بوده است. یکی از اعضای ائتلاف فتح در پارلمان عراق این حمله را به نیروهای آمریکایی نسبت داد. گروه حرکه النجباء حزب الله نیز آمریکا را متهم به دخالت در این حملات کرد. دولت عراق در واکنش به این حملات قوانین سختگیرانه تری را برای استفاده از قلمرو هوایی کشور توسط نیروهای خارجی وضع کرد.

این احتمال وجود دارد که نیروهای آمریکایی در آینده مورد هدف اقدامات تلافی جویانه قرار بگیرند. مطابق با گزارش های منتشر شده در اوایل ماه آگوست، سطح تهدیدات نیروهای مرتبط با ایران در عراق در ماه های گذشته افزایش پیدا کرده است. البته یکی از سخنگوهای ارتش آمریکا در ماه آگوست اعلام کرد که کشورش تنها به منظور کمک به دولت عراق برای شکست داعش در این کشور حضور دارد.