لحظاتی بعد از انتشار خبر بازگشت مهاجرانی به ایران، جمیله کدیور همسر او، پستی در اینستاگرام منتشر کرد و در متن کوتاهی نوشت: «از یکی دو ساعت قبل دوستان و آشنایان درمورد خبر بازگشت دکتر سید عطااللّه مهاجرانی به ایران سوال میکنند. خبر صحت ندارد. همین.»
گویا توضیحات جمیله کدیور به تنهایی کافی نبود و لحظاتی بعد خود مهاجرانی در توییتی نوشت «مشتاق دیدار! هم چنان لندن هستم. خبر بازگشتم به ایران صحت ندارد.»
کاربران توییتر نوشتند اگر همچنان لندن هستید، بهتر است از خودتان لایو بگذارید تا معلوم شود همین الان در خیابان کدام کشور هستید. این پیشنهاد البته مورد قبول مهاجرانی واقع نشد.
هاتف صالحی از نویسندگان اصولگرای توییتر نوشت: «خبر بازگشت عطاءالله مهاجرانی به کشور، زنگ هشداری برای تمامی جریانهای سیاسی است زیرا انعکاس این خبر و بلافاصله تکذیب آن، به خوبی نشان داد که سپهر سیاست، مهیای پذیرش چنین چهرههایی است.»
به گزارش رویداد۲۴ برخی از کاربران نوشتند که مهاجرانی چهرهای است که اهل مسامحه است و بخشی از جامعه به او دیدگاههای او علاقه دارند بنابراین بازگشت او به ایران در آستانه آنتخابات را باید جدی گرفت. چنانچه او در سال ۸۸ نیز برای کمک به کروبی فعالیت انتخاباتی کرد.
احمد زیدآبادی روزنامه نگار و فعال سیاسی درباره احمد مهاجرانی میگوید او برخلاف آنچه که گفته میشود، چندان اهل تساهل و تسامح نبوده است. در بخشی از کتاب خاطرات زیدآبادی آمده است که مهاجرانی تاب انتقاد را نداشته است و به همین دلیل در مواردی زیدآبادی و نویسندگان دیگر به وزارت ارشاد احضار شدهاند.» هرچند مهاجرانی تمام گفتههای زیدآبادی را تکذیب کرده اما در بحثی که میان فعالان سیاسی در گرفته بود، عمده افراد میگفتند اگر باید به سخن یکی از دو نفر شک کرد، یقینا آن فرد احمد زیدآبادی نیست.
عطالله مهاجرانی از سالی که از ایران خارج شد، از وزیر دولت جمهوری اسلامی به اپوزیسیون نظام تغییر کرد، اما چند سالی است که دوباره به مواضع پیشین خود بازگشته است. برخی کارشناسان معتقدند این اتفاق زمانی افتاد که خبر دکلهای نفتی و بورس تحصیلی فرزندش منتشر شد. به نظر میرسد در پی این اتفاقات او هم تصمیم گرفت در مواضع سیاسی خود تجدیدنظر کند و همراهی بیشتری با مدیران حاکم بر ایران نشان دهد.
ماجرای فرزند مهاجرانی در پرونده دکلهای نفتی بسیار خبرساز شد و البته گفته شد که او در این پرونده تبرئه شده است. هدایت الله خادمی درباره نقش پسر مهاجرانی در پرونده دکلهای نفتی اینگونه گفته است: «زمانی که من در حفاری شمال بودم پسر مهاجرانی را برای گرفتن طلب به عنوان نماینده چند شرکت از جمله شرکت سپنتا (شرکت مراد شیرانی) به دفتر من فرستادند. من برای احراز هویت او سند خواستم و او تلفن رضا مصطفوی طباطبایی را گرفت و روی بلندگو قرار داد و این موضوع را تایید کرد. دکل دست دوم را از یک فرد در خلیج مکزیک با قیمت ۸۰ میلیون دلار خریده بودند و حدود ۱۲ میلیون دلار بیعانه به آن فرد دادند. قرار شد مقداری تغییرات در دکل بدهند و پس از اتمام آن مابقی پول را بدهند که مابقی آن داده نشد. آنها کل پول را گرفتند و بابت دکلها پرداخت نکردند. آن فرد خارجی از این مسئله شاکی بود که یا پولتان را پس بگیرید یا مابقی پول را بدهید که هیچ کدام این دو حالت پیش نیامد. وقتی متخلفان را گرفتند مصطفوی دبی بود. به او خبر دادند و همان شب به اروپا فرار کرد همان شب به بی بی سی آمد و منکر همه چیز شد. پسر مهاجرانی بعدها گفت من است با او ارتباطی ندارم درحالیکه چندماه پیش دفتر من بود و با او تماس گرفته بود برای پول. بعد از آن پسر مهاجرانی پیام او را برای من فورواد کرد که من صحبت شما را انتقال دادم. من از پسرمهاجرانی پرسیدم چگونه است تو که پدرت انسانی متشخص است و در مجلس بود و سابقه علمی و فرهنگی دارد، سر از این ماجراها درآوردهای؟»
مهاجرانی و همسرش جمیله کدیور، سالهاست تهران را به مقصد لندن ترک کردهاند و تنها گاهی در رسانههای فارسی زبان ایرانی مانند بی بی سی، مصاحبههایی از او منتشر میشود.
به گزارش رویداد۲۴ مهاجرانی یک بار گفته بود صدا و سیمای ایران از او برای یک برنامه دعوت کرده است، اما او این دعوت را نپذیرفته است. با این حال روزنامه کیهان بعد از این ادعای مهاجرانی نوشت «نه صدا و سیما، بلکه یک تهیهکننده و برنامهساز غیردولتی از باب تنوع، درصدد گفتگو با مهاجرانی درباره چهل سالگی انقلاب بوده و مهاجرانی نیز با اشتیاق تمام، فرصت را برای سفیدسازی خود مناسب یافته بود. اما در پی اطلاع مراکز تصمیمگیر از این اقدام اشتباه، جلو آن گرفته شده و رئیس اتاق فکر فتنه سبز در لندن ناکام مانده است. حالا هم، او ماجرا را وارونه روایت میکند!»
پدرخوانده اصولگرایان، مصباح یزدی، اختلافات جدی دارد و البته این اختلافات، در نهایت منجر به استعفای مهاجرانی از وزارت ارشاد دولت خاتمی شد. در آن زمان ظن وجود داشت که مهاجرانی نیز مثل خاتمی از وزارت ارشاد به ریاست جمهوری خواهد رفت، اما بعدا منتقدان او از جناح رقیب با انتشار مطالبی درباره ازدواج دوم مهاجرانی، به او تاختند تا کم کم از ایران مهاجرت کند.
سال ۱۳۸۳ یکی از کارمندان مرکز گفتگوی تمدنها مدعی شد که همسر صیغهای مهاجرانی است و خواهان ثبت ازدواج شد. مهاجرانی اما اقدام او را «جریانسازی جناح سیاسی رقیب» خواند. با این حال دادگاه چنین ادعایی را مهاجرانی نپذیرفت. عصر ایران در خبری نوشت که مهاجرانی به اتهام ترک نفقه، عدم ثبت واقعه ازدواج و فریب در امر ازدواج روانه زندان شده اما چند روز بعد با ارائه وثیقه آزاد شده است.
گویا مهاجرانی در همان جلسه تعهد میکند تا یک ماه رضایت شاکی را جلب کند، با این حال او پس از همان جلسه دادگاه از ایران خارج شد. یکی از کاربران توییتر نوشته «مهاجرانی هیچگاه از جمهوری اسلامی خارج نشده است. فقط بدن او در ایران نیست، بنابراین اینکه او در کدام کشور زندگی کند یا به ایران بازگردد، اهمیتی ندارد.»