پس از سه جلسه در دادگاه شعبه یکم کیفری به ریاست قاضی محمدرضا محمدی کشکولی که به صورت علنی برگزار شد، سخنگوی قوه قضاییه اعلام کرد که این پرنده مصداق «قتل عمد» است. آن زمان، دیگر موارد اتهامی او، نگهداری اسلحه غیرمجاز و همچنین ایراد صدمه غیرموثر عنوان شد.

همان موقع غلامحسین اسماعیلی، سخنگوی قوه قضاییه گفت: «دادگاه قتل عمد را محرز دانسته و با توجه به تقاضای اولیای دم حکم به قصاص صادر کرده است. همچنین دادگاه در مورد اتهام صدمه غیر موثر در قتل، چون معتقد به انجام فعل واحد بوده، رای برائت داده است و نجفی در مورد نگهداری سلاح غیرمجاز متهم به دو سال حبس محکوم شده است.»

او البته گفته بود که حکم صادر غیرقطعی و قابل فرجام خواهی در دیوان عالی کشور است و در صورت اعتراض از سوی وکیل و یا وکلا متهم رسیدگی مجدد به پرونده صورت خواهد گرفت.

اما به دنبال صدور این حکم، خانواده میترا استاد از حکم قصاص گذشتند و پس از آن سی‌ام شهریور ماه ۹۸ وکیل آقای نجفی اعلام کرد: «دیوان عالی کشور بعد از نقض رای قتل عمد موکلم، آن را به شعبه ۹ کیفری یک استان تهران برای رای مجدد ارسال کرده است.»

۱۴ اردیبهشت ماه و در دومین دادگاه محمدعلی نجفی، او گفت که برای گرفتن رضایت از خانواده مقتول «ده میلیارد تومان» پرداخت کرده است. با وجود همه شواهدی که حاکی از قتل عمد میترا استاد بود، آقای نجفی گفته بود که اتهام «قتل عمد» را قبول ندارد.

در ششم و نهم آذر ماه، جلسه رسیدگی به این پرونده مجددا برگزار شد و نهایتا در ۲۳ آذرماه ، وکیل نجفی گفت که موکلش «به جهت قتل عمد به شش سال و نیم زندان» و «از باب نگهداری سلاح به یک سال و سه ماه حبس» محکوم شده است. وکیل نجفی گفته بود که چون این قتل را «غیر عمد» می‌دانند در دیوان عالی کشور فرجام خواهی خواهد کرد.

حمیدرضا گودرزی وکیل نجفی به خبرگزاری تسنیم گفته است که در خصوص دیگر اتهامات موکل او، «مجازات‌هایی در نظر گرفته شده که بعدا اعلام خواهد شد».

لازم به ذکر است که از آن زمان محمد نجفی در زندان به سر می‌برد و هنوز حکم قطعی دادگاه برای او صادر نشده است.