پرمختار در انتخابات مجلس یازدهم رد صلاحیت شد و نتوانست به پارلمان راه یابد. او چندی پیش توسط وزارت اطلاعات ایران بازداشت شده است. درباره اتهامات او هنوز خبری منتشر نشده است. رسیده، نشان می‌دهد فردی که به جای پورمختار در آزمون شرکت کرده، دستگیر شده و مسئولان برگزاری جلسه موضوع را صورتجلسه کرده‌اند.

در اسناد زیر صورتجلسه حضور فرد دیگری به جای محمدعلی پورمختار در آزمون دانشگاه آزاد اسلامی را ببینید.

پورمختار از فرماندهان سپاهی بود که به نیروی انتظامی رفت او معاون حقوقی سردار لطفیان و سردار قالیباف بود و در زمان حوادث کوی دانشگاه به عنوان نماینده‌ حقوقی ناجا، از حقوق فرماندهان نیروی انتظامی در برخورد با معترضین حمایت می‌کرد: «وقتی که بنده به این پرونده‌ها ورود کردم، دیدیم که حقیقتاً اینگونه نیست که این افراد مقصر باشند. بالاخره فضا، فضای سنگینی بود و روزنامه‌ها هر روز درباره این موضوع مطلب می‌نوشتند و همین احمد باطبی که فرار کرد و رفت و آن عکس معروف را از آن گرفته بودند که پیراهن خونی را به دست گرفته بود، به دست همین عوامل ساخته شده بود؛ و بعد هم همان عکس را هر روز چاپ می‌کردند. یادم هست روزنامه نشاط واقعاً در این مسئله خیلی نقش داشت که بعداً ما شکایت‌هایی را علیه این‌ها مطرح کردیم و همه آن‌ها محکوم شدند. نهایتاً ۱۷ تن تبرئه شدند الا یک نفر از آن ۱۸ تن که گروهبان بود. برخی از روزنامه‌ها اعم از روزنامه (امروز، بهار و یاس) علیه نظام و احزاب می‌نوشتند و این افراد که دست به قلم بودند و مطلبی به قلمشان منتشر می‌شد از افرادی بودند که میانه‌ای با نظام و انقلاب نداشتند.»

در زمان ریاست سردار حسین دهقان در بنیاد شهید در دوره اول احمدی نژاد، پورمختار مدیر کل دفتر حقوقی بنیاد شهید و امور ایثارگران بود. به گزارش رویداد۲۴ پورمختار البته از افرادی بود که به شدت از ریاست جمهوری نظامیان حمایت می‌کرد: «رسانه‌ها این را تشدید می‌کنند و گسترش می‌دهند که نظامی‌ها نباید رئیس‌جمهور شوند؛ من اعتقاد دارم اگر یک نظامی رئیس‌جمهور شود، حتما می‌تواند کشور را از مشکلات نجات بدهد»

خبر بازداشت پورمختار یکبار سال گذشته در شهریور ۹۸ شنیده شد. برخی منابع خبری گفتند او بازداشت شده اما به سرعت برایش وثیقه گذاشته‌اند و بیرون آمده است؛ اما آن زمان علی القاصی‌مهر گفته بود «بازداشت و آزادی پورمختار با قید وثیقه صحت ندارد.»