او در سال 1988 از مشارکت در انقلاب ایران ابراز پشیمانی کرد. حزب‌الله لبنان در سال 1988 او را ربوده و تحویل ایران داد، اما روح‌الله خمینی پس از پادرمیانی پدر محمد که از دوستان خمینی بود، دستور آزادی او را صادر کرد.
خاتمی پس از آن راهی بریتانیا شد و به همراه همسر و فرزندانش ساکن این کشور شده و به تجارت و فعالیت‌های اقتصادی روی آورد.

ابو وفا و بنی‌صدر

پس از سرنگوی رژیم صدام حسین در عراق، محمد خاتمی به این کشور رفت و سپس در یکی از کشورهای منطقه سکونت گزیده و به تجارت مشغول شد.

او دو سال پیش هم از سوی حزب‌الله عراق ربوده شد ولی حیدر العبادی، نخست‌وزیر وقت عراق حزب‌الله را تهدید به مجازات کرد و در پی این تهدید خاتمی آزاد شد.

نزدیکان خاتمی گفته‌اند که او به همراه دو دوستش ربود شد و یکی از دوستان او هم از عضو یک خانواده مذهبی سرشناس در عراق بود. این دو نفر آزاد شده ولی او به اطلاعات سپاه در عراق تحویل داده شد.

ابو وفا با یاسر عرفات

گفتنی است در پرونده‌ای مشابه، روح‌الله زم خبرنگار و فعال سیاسی مخالف، فرزند محمدعلی زم یکی از مقامات سابق جمهوری اسلامی، در سپتامبر 2019 توسط اطلاعات سپاه هنگامی که از فرانسه به عراق سفر کرده بود، ربوده و در دسامبر 2020 اعدام روح‌الله شد.