روحا فردوسیان، مادر مهرداد در یادداشتی می‌نویسد: «مهرداد پس از مشورت با والدین و مسئولین جامعه بهایی تصمیم گرفت به موجب وظیفه دیانتی و مملکتی، خود را برای خدمت نظام وظیفه معرفی کند.»

طبق اعتقادات بهایی، هر فردی ملزم به اطاعت از حکومت متبوع خویش است و در زمان هجوم دشمنان به کشورش، آماده خدمت به مملکت است. با این حال، چون کشتن نفوس در این آیین نهی شده، فرد بهایی باید از مسئولین درخواست خدمت مناسبی برابر اعتقاداتش بکند؛ حتی اگر وظیفه محوله به قیمت از دست ‌دادن جانش تمام شود.

روحا فردوسیان می‌نویسد که در حوزه وظیفه اصفهان در زمان ثبت نام از پسرش، دینش را سوال می‌کنند که مهرداد اعتقاد دینی خود را بهایی ذکر می‌کند که این مورد در پرونده سربازی او ثبت شده است.

۲۰ مهر۱۳۶۱، مهرداد و گروهی از مشمولین خدمت وظیفه جهت دوره آموزشی از اصفهان به تهران اعزام شدند. آن‌ها دوره سه ماهه آموزشی را در تهران ‌گذراندند. پس از پایان دوره، نام مهرداد جزء لشکر ۲۱ حمزه قرار گرفت و او همراه لشکر به دهلران اعزام شد.

اما مهرداد پس از تقسیم در نامه‌ای از فرمانده‌اش درخواست کرد تا اورا به دلیل اعتقادات مذهبی از عملیات جنگی، معاف و خدمت دیگری در جبهه به او محول کند. در این یادداشت مهرداد نوشته است:

«حضور محترم فرماندهی گروهان ارکان جناب سروان عباس‌زاده

استحضارا به عرض می‌رسانم که اینجانب دیپلمه وظیفه مهرداد بادکوبه عقیده و مذهبم بهایی بوده و همان طوری که می‌دانید ما نباید در جنگ و سیاست هیچ‌گونه دخالتی داشته باشیم. از شما خواهش می‌کنم، در مورد برنامه نامبرده اقدامات لازمه را به‌ عمل آورید. قبلا از همکاری شما متشکرم.

۱۱/۱۱/۶۱- مهرداد بادکوبه»

فرمانده مهرداد با درخواست او موافقت می‌کند و پس از آن، مهرداد بادکوبه به مدت ده ماه تا زمان شهادت به عنوان راننده در گردان ۱۴۴ لشکر ۲۱ حمزه خدمت می‌کند. او در اکثر عملیات‌های لشکر ۲۱ حمزه از جمله والفجر ۱ و ۳ شرکت داشت. سرباز شجاع و خوش‌رویی که در زیر باران گلوله و بمباران، مامور رساندن آذوقه یا کمک‌های اولیه به سربازان خط مقدم بود. انضباط و دقت مهرداد در انجام وظایف محوله، او را به سرباز مورد اعتماد و رضایت فرمانده‌هایش تبدیل کرده بود.

اواخر مهر ۱۳۶۲، موعد مرخصی مهرداد فرا رسیده بود؛ ولی راننده جایگزین او غیبت کرده و از مرخصی برنگشته بود. ۲۸ مهر ۱۳۶۲، مهرداد با ماشین خود در حال انجام ماموریت در جاده مریوان بود که ناگهان با حمله هوایی و اصابت بمب مواجه ‌شد. ده روز بعد، نمایندگان ارتش خبر شهادت مهرداد را به خانواده‌اش می‌دهند. دلیل تاخیر در اطلاع‌رسانی مشخص نیست. در نامه ستاد معراج شهدای کردستان که پس از اعزام پیکر مهرداد بادکوبه به اصفهان صادر شده است تاریخ شهادت ۲۸/۷/۶۲، محل حادثه، مریوان بر اثر بمباران و نحوه شهادت، ترکش به پا و شکم عنوان شده است.

در یادداشت‌های مادر مهرداد بادکوبه عنوان شده که در موقع تحویل جسد، ماموران اظهار می‌دارند؛ چون پسرتان شهید شده است، شما می‌توانید در گلستان جاوید (قبرستان بهاییان) اصفهان او را دفن کنید؛ ولی هیچ‌کس اجازه ندارد در مراسم خاک‌سپاری او شرکت کند، ولی اگر او را در نجف آباد دفن کنید، مشکلی وجود ندارد و اجازه سر خاک رفتن دارید. خانواده بادکوبه تصمیم می‌گیرند تا فرزندشان را در نجف آباد دفن کنند.

دو ماه بعد، قرارگاه تاکتیکی لشکر ۲۱ حمزه، به شهادت رسیدن سرباز وظیفه مهرداد بادکوبه را بر اثر بمباران هوایی جهت ثبت به شعبه شهدای نیروی زمینی اعلام می‌کند. این مرکز هم شهادت مهرداد بادکوبه را تایید می‌کند؛ اما سرانجام، بنیاد شهید اصفهان به دلیل بهایی‌ بودن پدر مهرداد، پرونده را برای همیشه مسدود اعلام می‌کند؛ بدون آنکه از بهایی ‌بودن سرباز شهید مهرداد بادکوبه ذکری به میان آورد.

مهرداد بادکوبه، یکی از ده‌ها سرباز بهایی است که مانند سایر مردم این مرز و بوم به‌خاطر حفظ وطن از گزند بیگانه، جان خود را از دست داد؛ اما جمهوری اسلامی همواره از نامیدن بهاییان با عنوان شهید هراسیده است. حکومت با بستن پرونده شهدا، مجروحین و جانبازان بهایی سعی در کتمان این واقعیت دارد که بهاییان ایران با آنکه از بسیاری از حقوق شهروندی خویش محروم هستند؛ ولی دوشادوش و در کنار سایر هم‌میهنان‌ خود از خاک ایران دفاع کرده‌اند.