در اوت ۱۹۹۸، صدها جنگجوی طالبان در نبرد با نیروهای ائتلاف شمال که از حمایت ایران برخوردار بودند، در مزارشریف کشته شدند. طالبان نیز پس از تسخیر آن شهر هزاران تن از اهالی آن شهر را که بیشترشان هزاره بودند، در کنار ۱۱ شهروند ایرانی کشت. ایران تا پای جنگ با طالبان پیش رفت.

با این حال، پس از حملۀ آمریکا به افغانستان گروهی از فرماندهان و جنگجویانِ طالبان که نتوانسته بودند خود را به پاکستان برسانند، به ایران پناهنده شدند. جمهوری اسلامی نه تنها از تحویل دادن آنان به دولتِ نوبنیاد افغانستان خودداری کرد بلکه، برپایۀ منابع افغانی، پایگاه نظامی‌اش را که پیش‌تر در اختیار مجاهدین غربِ افغانستان گذاشته بود، در اختیار فرماندهان و جنگجویان طالبان گذاشت.

در آن زمان، بعضی از تحلیل‌گران علت اصلیِ این چرخش راهبُردی را ترس رهبران جمهوری اسلامی از همدستیِ طالبان با جُندالله، گروه شبه نظامیِ بلوچ، ‌دانستند. اما در سال ۲۰۱۰ هنگامی که ویکی‌لیکس در وب‌سایت خود اسناد سرّی ارتش آمریکا را دربارۀ «جنگ افغانستان» منتشر کرد، معلوم شد که انگیزۀ اصلیِ حمایت مالی، تسلیحاتی و آموزشی رهبران جمهوری اسلامی ایران از شورشیانِ طالبان دشمنی آنان با «نیروهای ائتلاف در افغانستان» است.

البته رهبران جمهوری اسلامی این ادعا را رد کردند. تا اینکه در ماه می ۲۰۱۵ خبرگزاری تسنیم، وابسته به سپاه پاسداران، خبر داد که هیأت سیاسیِ گروه طالبان در قَطَر به رهبری «طَیّب آغا»، مسئول دفتر سیاسی آن گروه، به تهران رفته است. در نوامبر آن سال مقام‌های طالبان و دولت افغانستان اعلام کردند که ایران برای جلوگیری از گسترش نفوذ داعش در افغانستان با طالبان همکاری می‌کند.

در ۲۱ ماه می ۲۰۱۶ «ملا اختر محمد منصور»، رهبر طالبان، با حملۀ پهباد آمریکایی در بلوچستانِ پاکستان کشته شد. معلوم شد که او و همراهانش پس از دیداری سه روزه با محمد جواد ظریف و شماری از فرماندهانِ سپاه پاسداران در تهران به پاکستان برمی‌گشتند و تازه وارد خاک آن کشور شده بودند که هدف حملۀ پهباد آمریکایی قرار گرفته‌اند.

سرانجام در دسامبر ۲۰۱۶ سفیر ایران در افغانستان، در گفت و گو با تلویزیون آریانا گفت که جمهوری اسلامی با طالبان تماس دارد، اما رابطه ندارد و این تماس برای کنترل و اِشراف اطلاعاتی است.

با این حال، در ۲۷ دسامبر ۲۰۱۶ مقام‌های ولایت فَراه از فعالیتِ سپاه پاسداران در صفوف مخالفانِ مسلحِ دولت افغانستان در آن ولایت خبر دادند. حتی گفته شد جسدهای بعضی از کشته شدگانِ طالبان در درگیری‌های آن منطقه به ایران منتقل شده‌اند و در ایران برای آنان مراسم عزاداری برپا کرده‌اند.

درست است که حمایت جمهوری اسلامی ایران از طالبان در هماهنگی با روسیه انجام می‌گیرد. اما به نظر می‌رسد پشتیبانی از طالبان یکی دیگر از جبهه‌های جنگ نیابتی جمهوری اسلامی با آمریکاست. به گزارش «سی ان ان» کشتن سلیمانی در سوم ژانویۀ ۲۰۲۰، درواقع، واکنش نهادهای امنیتی آمریکا به پشتیبانی جمهوری اسلامی از طالبان به ویژه پس از حملۀ مرگبار طالبان به پایگاه بَگرام در دسامبر ۲۰۱۹ بوده است.

با توجه به همۀ این داده‌ها جمهوری اسلامی ایران نباید نگرانِ پیشروی طالبان در افغانستان و برچیده شدن دولت کنونی آن کشور باشد.