قوه مجریه
نخست وزیری: میر حسین موسوی
وزارت کشور: علی اکبر محتشمی پور
وزارت دادگستری: حسن حبیبی
معاون پارلمانی: عطا الله مهاجرانی
وزارت فرهنگ و ارشاد: محمد خاتمی
وزارت آموزش و پرورش: سید کاظم اکرمی
وزارت فرهنگ و آموزش عالی: محمد فرهادی
وزارت صنایع سنگین: بهزاد نبوی
وزارت جهاد سازندگی: بیژن نامدار زنگنه

نهادهای امنیتی

سعید حجاریان: به روایتی معاون امنیت تا سال ۶۵ )
علی ربیعی: معاون حقوقی و پارلمانی وزارت اطلاعات
خسرو تهرانی: سمت نامعلوم ( او نیز همچون سعید حجاریان از اطلاعات نخست وزیری به وزارت اطلاعات رفت اما روشن نیست چه سمتی آنجا داشت و تا چه سالی آن جا بود)
سراج الدین موسوی: فرمانده کمیته انقلاب اسلامی

قوه مقننه

هیات رئیسه مجلس: مهدی کروبی، اسد الله بیات، حسین هاشمیان، رسول منتجب نیا، عبدالواحد موسوی لاری، مرتضی الویری، عباس دوزدوزانی، ابراهیم اصغرزاده

قوه قضاییه

شورای عالی قضایی: عبدالکریم موسوی اردبیلی، کاظم موسوی بجنوردی، محمد موسوی خویینی ها
دادستانی کل کشور: محمد موسوی خویینی ها، عباس عبدی
رئیس سازمان زندان ها: اسماعیل شوشتری

اما سئوال این جاست که آیا اعضای بیت بنیانگذار جمهوری اسلامی نیز تعلق خاطری به جناح چپ اسلامی داشتند؟ پاسخ مثبت است چون محمد علی انصاری رئیس دفتر بیت روح الله خمینی و همچنین مهدی امام جمارانی که حسینیه جماران را برای سکونت در اختیار رهبر وقت جمهوری اسلامی قرار داد هر دو از اعضای مجمع روحانیون مبارزند. از این رو ضمن این که شخص احمد خمینی خود گرایش به جریان چپ اسلامی ( اصلاح طلبان امروز) داشت. دیگر اعضای بیت روح الله خمینی نیز نسبتا همین گرایش را داشته اند.

اعضای بیت روح الله خمینی:
محمد علی انصاری
مجید انصاری
سید مهدی امام جمارانی

این مختصات کلی از وضعیت عقبه جناح اصلاح طلب در سال ۶۷ است که صرف نظر از نیروهای آنان در نهادهای نظامی و امنیتی چون سپاه، وزارت اطلاعات و استانداری ها است.

اما چرا روح الله خمینی با وجود آن که یاران نزدیکش را در نهادهای قضایی منصوب کرده بود؛ رسیدگی به پرونده زندانیان مجاهدین را به کمیته ویژه ای به ریاست حسینعلی نیری حاکم شرع در زندان اوین و همچنین دادستان تهران و نماینده وزارت اطلاعات واگذار کرد و قضیه از مسیر عادی خویش طی نشد؟

با توجه به برخی شواهد از جمله نقل قولی از عبدالکریم موسوی اردبیلی و همچنین نوار صوتی حسینعلی منتظری با هیات موسوم به عفو(مرگ)؛ دادستانی کل کشور و شورای عالی قضایی به احتمالی مخالف حکم روح الله خمینی بوده اند اما جرات ابراز مخالفت علنی نداشتند و تنها از پذیرش اجرای آن سرباز زده اند. این فقط یک فرضیه است. اما چرا این فرضیه مهم است و چه مستنداتی برای آن وجود دارد؟

طبق نقل قولی که مهدی خزعلی از عبدالکریم موسوی اردبیلی کرده، وی گفته نه تنها نقشی در اعدام های سال ۶۷ نداشته بلکه مخالف آن نیز بوده. روایتی که میرحسین موسوی نیز آن را تایید کرده. در نوار صوتی نشست حسینعلی منتظری با اعضای هیات عفو (مرگ) نیز این موضوع که شورای عالی قضایی پای خود را از این قضیه کنار کشیده قابل استماع است. هرچند هنوز روشن نیست که شورای عالی قضایی چگونه در جریان حکم روح الله خمینی قرار گرفته، چه کسی ترکیب هیات سه نفره را به وی پیشنهاد کرده و رابطه شورای عالی قضایی با زیر مجموعه خویش در دادستانی ها در حین اجرای حکم اعدام ها چگونه بوده است؟ درباره این فرضیه که بخشی از دستگاه قضایی وقت معترض به حکم روح الله خمینی و اجرای آن بوده اند مستندات دیگری نیز وجود دارد که می تواند به اهمیت این فرضیه بپردازد. یکی از این مستندات، مجموعه احکام منتشر شده رهبر وقت جمهوری اسلامی در« صحیفه امام خمینی» درباره دستگاه قضایی و همچنین خاطرات هاشمی رفسنجانی است.

اسناد در دست اشارات واضحی به این اختلافات دارد و نشان می دهد روح الله خمینی آشکارا در امور دستگاه قضایی دخالت کرده که به قول رئیس شورای عالی قضایی منجر به تضعیف آن دستگاه شده است.
هاشمی در خاطرات روز هفتم آذر سال ۶۷ می نویسد:

حدود یک ماه بعد در یازدهم دی ماه روح الله خمینی در حکمی اختیارات جدیدی به حسینعلی نیری و ابراهیم رئیسی واگذار می کند:
« جناب حجت الاسلام آقای نیّری- دامت افاضاته‌
از آنجا که گزارشات متعددی در مورد ضعف دستگاه قضایی به این جانب رسیده است، و مردم شریف و متعهد ایران انتظار برخورد جدیتری با مسائل مختلف را دارند، به جنابعالی و حجت الاسلام آقای رئیسی ماموریت قضایی داده می‌شود تا نسبت به گزارشات شهرهای سمنان، سیرجان، اسلام‌آباد و دورود رسیدگی نموده، و فارغ از پیچ و خمهای اداری با دقت و سرعت آنچه حکم خداست در موارد مذکور اجرا نمایید. باید سعی کنید خدای ناکرده حقی از کسی ضایع نگردد. و السلام.
به تاریخ ۱۱ دی ماه ۱۳۶۷
روح الله الموسوی الخمینی‌ »
۲۷ دی ماه سال ۶۷ موسوی اردبیلی هاشمی رفسنجانی را به دفتر خویش دعوت کرده و بار دیگر از تضعیف شورای عالی قضایی گله می کند.

اما چهار روز بعد روح الله خمینی شورای عالی قضایی را طی حکمی خطاب قرار داده و از آنان می خواهد تا با نیری و رئیسی همکاری کنند.
« شورای عالی قضایی جمهوری اسلامی‌

کلیه پرونده‌هایی که تا کنون در آن شورا با کمال تعجب راکد مانده است، و اجرای حکم خدا تاخیر افتاده است در اختیار حجتی الاسلام آقایان: نیّری و رئیسی قرار دهید، تا هر چه زودتر حکم خدا را اجرا نمایند، که درنگ جایز نیست. به آقایان نیّری و رئیسی هم سفارش اکید می‌نمایم که جهات شرعیه را کاملًا رعایت نمایند.
۱/ ۱۱/ ۶۷
روح الله الموسوی الخمینی‌»

روند نشان می دهد که از آغاز اعدام ها در مرداد سال ۶۷ تا ۱۹ بهمن همان سال روح الله خمینی تنها دو حکم برای عبدالکریم موسوی اردبیلی و شورای عالی قضایی صادر کرده که نخستین آن ۱۹ آبان ماه سال ۶۷ درباره پرداخت « پانزده میلیون تومان برای خانه‌سازی طلاب مشهد» است و دومی واگذاری پرونده های قضایی به حسینعلی نیری و ابراهیم رئیسی در اول بهمن همان سال. یعنی در این شش ماه هیچ حکمی یا ابلاغی از سوی رهبر به شورای عالی قضایی یا شخص موسوی اردبیلی صادر نشده. در عوض روح الله خمینی با صدور احکامی شورای عالی قضایی را دور زده و بخشی از اختیارات آن را به حسینعلی نیری و ابراهیم رئیسی واگذار کرده است.

این حکم در شرایطی صادر می شود که اعدام ها دیگر متوقف شده و روح الله نه تنها از کرده خویش پشیمان نیست بلکه با تشویق و ارتقای نیری و رئیسی همچنان خواستار به گفته خویش اجرای حکم خدا است. وی سپس در یازدهم بهمن ماه در حکمی به حسینعلی نیری به گزارش های رسیده مبنی بر ضعف دستگاه قضایی اشاره کرده و از وی میخواهد تا به اتفاق رئیسی با کنار گذاشتن پیچ و خم های اداری به پرونده های حدود و قصاص رسیدگی کنند. در این حکم روح الله خمینی از نیری که حاکم شرع در زندان اوین و همچنین ابراهیم رئیسی که معاون دادستان تهران است خواسته شده تا فراتر از حوزه قضایی خویش وارد عمل شوند و با حذف تشریفات قضایی احکام شرع را اجرا کنند.

روح الله خمینی حتی دستور تقسیم کار در شورای عالی قضایی داده است. امری که حتی هاشمی نیز با آن مخالف بوده. چنین احکامی روند مناسبات شورای عالی قضایی با رهبر وقت جمهوری اسلامی را پس از پذیرش قطعنامه ۵۹۸ به وضوح نشان می دهد که تنها می توان نام را یک کودتای خزنده علیه شورای عالی قضایی ذکر کرد.

در نهایت کار به جایی می رسد که روح الله خمینی در ۱۹ بهمن همان سال دست به دلجویی از اعضای شورای عالی قضایی می زند و خطاب به آنان چنین می نویسد:

« جناب حجت الاسلام آقای حاج سید عبد الکریم موسوی اردبیلی، ریاست قوه قضاییه- دامت افاضاته‌
با سلام و دعا برای شما و تمامی دست‌اندرکاران قوه قضاییه و امید موفقیت برای همه، شنیده می‌شود که مسائل و نصایح پدرانه پدر پیرتان موجب رنجش بعضی از دست‌اندرکاران قضای کشور شده است و آنان که با فرهنگ «حوزه» سر و کار نداشته‌اند گمان برده‌اند تلخی و شیرینی این گونه بحثها و گوشزدها موجب شده است که علاقه من به شما و سایر عزیزان شورای عالی قضایی و دست‌اندرکاران دستگاه قضا کم شده است. این گونه نیست. من شما را مردی صالح و متدین و از یاران خوب خود و انقلاب می‌دانم. و از شما و سایر اعضای شورای عالی قضایی، که مورد علاقه من هستید، می‌خواهم تا هر چه بیشتر و بهتر و دقیقتر به امور قضایی رسیدگی نمایید؛ و کمی‌ها و کجی‌ها را با جدیت برطرف نمایید. انقلاب اسلامی ما انقلاب خود شماهاست. من هم مانند شما در خدمت انقلاب هستم. در جمهوری اسلامی همه باید با انتقادها و طرح اشکالها راه را برای سعادت جامعه باز کنند.

خداوند به جنابعالی و حجج اسلام، آقایان دادستان کل کشور، موسوی خوئینیها، اعضای شورای عالی قضایی، مقتدایی و بجنوردی، و همچنین آقای مرعشی، که با موافقت این جانب در جای دیگری تصمیم دارند خدمت کنند، اجر و ثواب عنایت فرماید؛ و به همه نیرویی عطا فرماید که هر چه زودتر اشکالات بسیار قوه قضاییه را برطرف نمایند. و السلام علیکم و رحمه الله و برکاته.
روح الله الموسوی الخمینی‌»

چنین نامه ای به احتمال قوی با پادرمیانی هاشمی رفسنجانی ارسال شده است. هاشمی در بخش دیگری از خاطراتش در روز سوم بهمن سال ۶۷ می گوید که با خمینی درباره قوه قضاییه صحبت کرده است.

شواهد گویای اختلاف نظر عمیق میان عبدالکریم موسوی اردبیلی با رهبر وقت جمهوری اسلامی است. پس از درگذشت وی فرزندش در گفت و گویی به این اختلافات اشاره کرده است:« می گفتند من از همان اول که به قوه قضائیه رفتم خدمت امام این مطلب را عرض کردم که به هرحال ممکن است شما به عنوان رهبر و مرجع، نظریات و فتاوایی از لحاظ مبانی و فقهی، داشته باشید که بر اساس همان مبانی یک سری از کارها را جایز یا واجب بدانید که ممکن است من در بعضی از این موارد از لحاظ فقهی و شرعی با شما هم نظر نباشم. امام گفته بودند هر وقت که احساس کردید نظرتان با نظر من یکی نیست شما به نظر خودتان عمل کنید.» اگر در قضیه اعدام های سال ۶۷ چنین نشد و خمینی ظاهرا اعتنایی به نظر رئیس شورای عالی قضایی نکرد!
با این وجود ما هنوز نمی دانیم که در خلوت نظام چه میان روح الله خمینی و بیت او با شورای عالی قضایی گذشته و دلیل رنجش دست اندرکاران قوه قضاییه از بنیانگذار جمهوری اسلامی چه بوده. خمینی از کدام کجی ها و کمی ها سخن می گوید؟ همچنانکه از دلیل اصلی استعفای میر حسین موسوی چیزی نمی دانیم. اما اسناد نشان می دهد میر حسین موسوی نیز بارها به کافی نبودن اختیاراتش اعتراض داشته و آیت الله خمینی با میرحسین موسوی نیز پس از استعفایش در شهریور سال ۶۷ برخورد حذفی کرده است؛ بر خلاف آنچه که گفته می شود او «نخست وزیر امام» است. در « صحیفه امام خمینی» آمده است: « در ۱۵ شهریور سران قوا به دیدار امام رفتند. در حالی‌که امام از این استعفا بسیار ناراحت بودند و نظرشان بر پذیرش استعفا بود، سران قوا ایشان را از این کار منصرف می‌کنند.» یعنی موسوی بخاطر مخالفت رهبر وقت استعفایش را پس نگرفته بلکه با وساطت روسای قوا به نخست وزیری و تمکین به نظرات آیت الله خمینی باز به پست نخست وزیری باز می گردد. در خاطرات هاشمی نیز آمده است که سران قوا پس از استعفای موسوی دنبال گزینه جایگزین برای نخست وزیری بودند.

نهادهای حقوق بشری چون سازمان عفو بین الملل و فعالان حقوق بشر تنها در میان اصلاح طلبان نام میرحسین موسوی را در پرونده اعدام های سال ۶۷ بر سر زبان ها انداخته اند در حالی که اشخاص دیگری نیز هستند که در عین آنکه اصلاح طلبند اما در حصر و محدودیت های فعلی موسوی قرار ندارند و اتفاقا به نظر می رسد اطلاعات به مراتب مفیدتری از میر حسین موسوی دارند.
محمد موسوی خوئینی ها دادستان کل کشور آن دوره و معاون سیاسی وی عباس عبدی بالقوه می توانند اطلاعات بیشتری از این واقعه دردناک ارائه کنند. کسانی که به تبع مسئولیت خویش از یک سو و اختیاراتی که داشته اند نمی توانند ابراز بی اطلاعی از آن واقعه و جزییات آن کنند. اما در طی این سال ها حتی جمله درباره آن نگفته اند.

سازمان عفو بین الملل در گزارش «اسرار به خون آغشته» بارها به نقش وزارت اطلاعات در برنامه ریزی و اجرای قتل ها اشاره می کند اما یکبار هم نامی از محمد محمدی ری شهری وزیر وقت اطلاعات نمی برد. فردی که به گفته منابع متعددی از جمله حسینعلی منتظری و حسین موسوی تبریزی دادستان پیشین انقلاب مظنون اصلی به طراحی قتل های سال ۶۷ است و طی نامه ای به روح الله خمینی درخواست صدور چنین حکمی کرده است.
در خاطرات هاشمی رفسنجانی آمده است که ری شهری و معاونانش ( علی فلاحیان وزیر اطلاعات دولت هاشمی و همچنین علی اصغر حجازی رئیس دفتر کنونی رهبر جمهوری اسلامی) از اردیبهشت سال ۶۷ تا زمان اعدام ها در چندین نوبت با هاشمی و دیگر سران قوا دیدار کرده تا مستقیم با ولایت فقیه ارتباط برقرار کنند.

هاشمی سپس این تقاضا را در جلسه سران قوا مطرح می کند اما مشخص نیست که آیا چنین مجوزی
به وزارت اطلاعات داده شده یا خیر؟

ری شهری حتی کوشیده تا فعالیت های خویش را زیر پوشش هاشمی رفسنجانی که به تازگی حکم جانشین فرماندهی کل قوا را از رهبر دریافت کرده قرار دهد. اما هاشمی بهانه آورده و نپذیرفته است.

همان روز ری شهری به جلسه سران قوا که در دفتر خامنه ای تشکیل شده مراجعه می کند تا برای اقداماتی! مجوز بگیرد اما موافقت نمی شود!

شخصیت دیگری نیز که اسرار بسیاری درباره آن واقعه می داند بی تردید محمد علی انصاری رئیس دفتر روح الله خمینی است. او باید بداند چه کسانی آن روزا در بیت تردد کرده و با آیت الله و فرزندش درباره حکم «تشکیل هیات سه نفره» و انشای حکم مذاکره و مشورت و تصمیم گیری کردند. همچنین چه کسانی از این حکم اطلاع داشتند و چه کسانی مانع دیدار روح الله خمینی با قائم مقامش شدند.
در این میان البته نقش شخص اکبر هاشمی رفسنجانی نیز در این فاجعه حقوق بشری پر از ابهام است. خاطرات هاشمی و سایر اسناد موجود تردیدی از اطلاع وی نسبت به اعدام ها برجای نمی گذارد. وی چند روز پس از آغاز اعدام ها روز هفدهم مرداد با علی شوشتری معاون رئیس سازمان زندان ها دیداری داشته و گزارشی درباره آمار زندانیان سر موضع به وی داده است.

هاشمی ضمن این که حکم جانشینی فرماندهی کل قوا را در دریافت می کند؛ ریاست مجلس را نیز بر عهده دارد و بخاطر اختیارات گسترده خویش دیدارها و تماس های بسیاری با مقامات وقت از صدر تا ذیل داشته اما درباره این که وی موافق یا مخالف حکم روح الله خمینی بوده و نقشی در صدور آن داشته یا خیر هیچ سرنخی در دست نیست.
اصلاح طلبان گرچه تاکنون در مقابل اعدام های سال ۶۷ سکوت کرده اند؛ اما این شواهد اندک نیز کافی است تا نشان دهد که بسیاری از آنان درعمل همسو و همدل با حکم امام خویش نبودند و از این رو ۸ سال پس درگذشت او اصلاح طلب شده و ۱۸۰ درجه در عمل مخالف آرمان های وی حرکت کردند. از آن زمان تا کنون بزرگترین چالش اصلاح طلبان ابراز مخالفت علنی با روح الله خمینی و آرمان های انقلابی اوست. گرچه وی قطعنامه آتش بس با عراق را پذیرفت اما رفتار انقلابیش پس از نوشیدن جام زهر نیز تداوم یافت. اعدام های سال ۶۷، برپایی دادگاه های صحرایی برای برخی نظامیان، صدور حکم قتل سلمان رشدی و تند خویی بیشتر با غرب و ارتقای نسل تازه ای از روحانیون تندرو در سیستم قضایی و امنیتی همگی نشانه های رفتار انقلابی مدار او تا لحظه های پایانی زندگیش بود.

اما اصلاح طلبان نه تنها در دوره حیات وی بلکه پس از درگذشت او نیز جرات ابراز مخالفت با آرمان های انقلابی روح الله خمینی را نداشتند و تناقض آلود کوشیدند تا خود را وارث روح الله و خط وی نشان دهند در حالیکه واقعیت های تاریخی نشان می دهد که فاصله فعلی میان آنان و آرمان های روح الله خمینی بسیار است و این فاصله از همان زمان پذیرش قطعنامه و آغاز اعدام ها بیشتر شد. اصلاح طلبان که روزگاری در آمریکا ستیزی و صدور فرمان ترور سلمان رشدی پشت سر آرمان های امام خویش قرار داشتند؛ به تنش زدایی و برداشتن دیوار بی اعتمادی با آمریکا و فاش کردن ماشین ترور در وزارت اطلاعات رسیدند. اگر مجموعه اصلاح طلبان یکپارچه این شهامت را داشتند که بی لکنت و علنی آن گذشته را نقد کنند؛ شاید در بن بست موجود گرفتار نمی شدند و تاکنون آلترناتیو و مدل جدیدی از حکمرانی بجای ولایت فقیه ایجاد می کردند.