استان‌وایر - ناصر مکارم شیرازی، از مراجع تقلید نزدیک به علی خامنه‌ای نسبت به نفوذ دولت‌های خارجی در حوزه علمیه قم هشدار داده و گفته است که خطر نفوذ در قم بیش از دیگر شهرها است.
مکارم شیرازی این سخنان را روز پنج‌شنبه ۲۵ شهریور و در دیدار با اسماعیل خطیب، وزیر اطلاعات دولت سیزدهم بیان کرده است.
این روحانی محافظه کار به وزیر اطلاعات دولت ابراهیم رییسی گفت: «دولت‌های خارجی برای نفوذ در دستگاه علما و دانشمندان و مراجع نقشه‌های مهمی دارند، در این خصوص واقعا باید هوشیار بود و در این زمینه وزارت اطلاعات باید به خوبی نقش آفرینی کند.»
پیش از این شمار دیگری از روحانیون و مقامات امنیتی جمهوری اسلامی از شیوع بی اعتمادی به نظام جمهوری اسلامی در شهر قم ابراز نگرانی کرده بودند.
احمد سالک، نماینده پیشین مجلس در دی ماه ۹۹ طی سخنانی در جمع گروهی از طلاب و روحانیان اصفهان، گفته بود: «متاسفانه آنتی تز انقلاب اسلامی از سوی دشمنان قسم خورده از قم آغاز شده است و رهبر جمهوری اسلامی توسط افرادی روحانی‌نما که ریشه در قم دارند، مورد اتهام و هجمه قرار گرفته است.»
محمدی عراقی، مسئول دفتر علی خامنه‌ای در قم خطاب نیز بهمن ماه گذشته با اشاره به نگرانی علی خامنه‌ای نسبت به «سکولار» شدن حوزه علمیه قم، تاکید کرده بود که خطر سکولار شدن حوزه همچنان جدی است.
شهر قم در جریان اعتراضات دی ماه سال ۱۳۹۶ و آبان سال ۱۳۹۸ نیز شاهد حضور گسترده معترضان و سر دادن شعارهایی علیه سران نظام جمهوری اسلامی بود.
