جایگاه این نهاد در بین دستگاه‌های سیاسی این کشور از شفافیت کافی برخوردار نیست و به‌رغم گمانه‌زنی‌های متفاوت مبنی بر ناکارآمدی این نهاد، آنچه مسلم است نزدیکی این نهاد به خامنه‌ای، موسس این شوراست.

علی‌اف که روز گذشته از شهر مرزی «جبرئیل» در جنوب این کشور دیدار کرد، در اظهاراتی گفته بود: «اخیرا برخی از ملاهای شهرستانی ایران اتهاماتی را متوجه آذربایجان کرده‌اند...اکنون مقامات این اتهامات بی‌اساس را به ما نسبت می‌دهند که گویا آذربایجان اسرائیل را به منطقه آورده است. چشمشان را باز کرده و با دقت نگاه کنند. اسرائیل را در کجای این منطقه دیده‌اند؟»

او در ادامه با رد آنچه‌ که «دخالت‌های ایران در سیاست‌های داخلی باکو» خواند، به اظهارنظرهای چند روز گذشته‌ی مقامات ایرانی در مورد جمهوری آذربایجان اشاره کرد و آن‌ها را «بی‌احترامی» نسبت به آذربایجان دانست.

روابط تهران و باکو طی هفته‌های اخیر در پی بازداشت دو راننده ایرانی در مسیر اصلی ترانزیت کالا میان دو کشور در منطقه قره‌باغ به‌دلیل ورود غیرقانونی آنها به خاک آذربایجان و همچنین اخذ عوارض عبور از کامیون‌های تردد کننده میان ایران و ارمنستان وارد فاز جدیدی از تنش‌ها شد.

تهران به دنبال تنش‌های خود با باکو، رزمایشی با عنوان «فاتحان خیبر» در مرزهای شمال غربی خود با آذربایجان برگزار کرده بود.

پس از انتقادات جمهوری آذربایجان نسبت به فعالیت‌های ارتش ایران در نزدیکی مرزهای این کشور، آنکارا از رزمایش مشترک خود با باکو در هفته جاری خبر داد.

این رزمایش دوشنبه 5 اکتبر در «تفلیس» پایتخت گرجستان با حضور نیروهای نظامی ترکیه، جمهوری آذربایجان و گرجستان آغاز شد و تا 8 اکتبر ادامه خواهد داشت.

آذربایجان بزرگترین تأمین‌کننده نفت اسرائیل است و روابط این دو کشور مایه نگرانی تهران شده است.