در این میان اما بنی‌صدر در جهت پیشبرد نقشۀ خود دو اشتباه مهلک مرتکب شد. اشتباه نخست او معرفی مرحوم محمدعلی رجایی به عنوان نخست وزیر بود. رجایی گرچه سابقۀ همکاری با نهضت آزادی و مجاهدین خلق اولیه را داشت اما از هر حیث در نقطۀ مقابل بنی صدر قرار می‌گرفت. معرفی رجایی البته به دلیل بن‌بست پدید آمده بین بنی‌صدر و مجلس اول بر سرِ معرفی نخست وزیر و از همین رو از سرِ ناچاری و اضطرار بود، اما این موضوع توازن قوای حاکم را کاملاً به زیان بنی‌صدر و به نفع حزب جمهوری اسلامی به هم زد و رئیس جمهور را به گوشۀ رینگ کشاند.
با این همه، آیت‌الله خمینی کماکان از بنی‌صدر حمایت می‌کرد تا آنکه رئیس جمهور اشتباه مهلک دوم خود را نیز انجام داد و عملاً تیر خلاص را به خود شلیک کرد.
بنی‌صدر برای مقابله با حزب جمهوری اسلامی به سازمان مجاهدین خلق نزدیک شد و به تدریج به صورت متحد آنان در آمد. آیت‌الله خمینی که مجاهدین خلق را بزرگترین تهدید امنیتی علیه نظام نوپای خود می‌دانست، این مورد را به هیچ عنوان تاب نیاورد و پس از چند مرحله نصحیت بنی‌صدر، از او به کلی روگردان شد.
با گرایش روز افزون سازمان مجاهدین خلق به جنگ مسلحانه علیه نظام جمهوری اسلامی، زمینه برای تصویبِ عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر از طرف مجلس اول فراهم شد، اقدامی که مخفی شدن بنی‌صدر و سپس فرار او به پاریس را در پی داشت.
ظاهراً مرحوم بنی‌صدر گمان می‌کرد باسوادترین و پیچیده‌ترین و سیاسی‌ترین چهره در بازی قدرتِ آن روزِ ایرانِ است، اما روند حوادث نشان داد که این ادعاها چندان هم با واقعیت قرابتی نداشته است.
در هر صورت خداوند رحمتش کند.