هفته‌نامه «حریم امام» وابسته به موسسه بنیاد حفظ و نشر آثار آیت‌الله «خمینی» ویژه‌نامه‌ای درباره مرگ «مصطفی خمینی» منتشر کرده است که در آن همسر و فرزند او سخنان متفاوتی را درباره فرزند ارشد آیت‌الله خمینی بیان کرده‌اند.
«معصومه حائری»، همسر مصطفی خمینی و «حسین خمینی»، فرزند او بر خلاف همسر و فرزندان «احمد خمینی» چندان در رسانه‌های ایران حضور ندارند. حسین خمینی به‌جز مقطع کوتاهی در ابتدای انقلاب ۱۳۵۷ در فضای سیاسی حضور نداشت و پس از آن به دلیل اختلاف نظر با آیت‌الله خمینی و نزدیکانش حذف شد.
حسین خمینی در مصاحبه با هفته‌نامه حریم گفته است که پدرش «با بقیه آخوندها فرق داشت» و « شاید بخشی از ارتفاعی» که آیت‌الله خمینی «گرفته بود به خاطر وجود پدرم بود؛ چون هر دو روی هم اثر می‌گذاشتند.»
او همچنین به نقل از آیت‌الله «اشراقی» داماد آیت‌الله خمینی گفته است: «امام خمینی در مدرسه فیضیه بالای منبر بود و خیلی تند صحبت می‌کرد. مردم رنگشان پریده بود و خیلی ترسیده بودند. یک‌باره آقا مصطفی گفت: بس است دیگر! و آیت‌الله خمینی هم گفت: والسلام علیکم و رحمت‌الله و برکاته. یعنی تا این اندازه به هم نزدیک بودند.»
حسین خمینی سال ۱۳۸۲ نیز پس از سفر سال به ایالات متحده خبرساز شد و او در آن سفر با «رضا پهلوی»، پسر «محمدرضا»، آخرین پادشاه پهلوی، نیز دیدار کرد. او همچنین گفته بود: «اگر برای رسيدن به آزادی در ايران، راهی جز مداخله آمريكا نيست، فكر می‌كنم مردم ايران، آنرا قبول ميكنند و من هم آن را قبول مي‌کنم.»
معصومه حائری، همسر مصطفی خمینی که خود فرزند «مرتضی حائری یزدی»، فرزند «عبدالکریم حائری یزدی»، موسس حوزه علمیه قم بود نیز می‌گوید که همسرش با دیگر روحانیان تفاوت داشته و بر خلاف دیگر روحانیان به او نمی‌گفته که پوشیه بیندازد.
او گفته است: «یادم هست یک روز که پوشیه‌ام را روی صورتم نینداخته بودم، یک روحانی دنبالم آمد و گفت پوشیه‌ات را روی صورتت بینداز، اما من اعتنا نکردم و به راهم ادامه دادم، ولی او دست بردار نبود و تا درب منزل مرا تعقیب کرد و به دنبالم آمد و خانه را شناسایی کرد و بعدا قضیه را به حاج آقا مصطفی گفت، اما حاج آقا مصطفی که اصلا به این چیزها اعتقاد نداشت، به جای این که دل به دل او بدهد، چند تا بد و بیراه به او گفت.»
معصومه حائری تاکید کرده که همسرش به او می‌گفته است:« وقتی بیرون می‌آییم، چادر را بردار و روسری به سر کن و خوب و محکم ببند و لباس مناسب بپوش تا راحت باشی و به‌راحتی تردد کنی.»
همسر مصطفی خمینی همچنین گفته که همسرش «شباهتی به آخوندهای دیگر نداشت و مثل آخوندها نعلین نمی‌پوشید و کفش‌هایش از خارج می‌آمد و با این اوصاف زندگی کردن در نجف برای او خیلی سخت بود.»
روایت‌های مربوط به زندگی آیت‌الله خمینی و فرزندان او همواره با سانسور همراه است و از آنان چهره‌ای مقدس ساخته می‌شود. با این حال در میان برخی خاطرات نمونه‌هایی از رفتار خاص آنان نیز بیان می‌شود.
در این میان همسر مصطفی خمینی برخی از رفتارهای متقابل همسرش و آیت‌الله خمینی با یکدیگر را «عجیب و غریب» خوانده است.
به گفته معصومه حائری، آیت‌الله خمینی «خیلی منظم و دقیق بود و همیشه دقیقا سر وقت غذا می‌خورد» و یک بار که در نجف تنها بوده، مصطفی خمینی پیش پدرش می‌رفت و با او غذا می‌خورد و یک روز که مصطفی کمی دیرتر رفته، پدرش غذایش را سر وقت و مطابق معمول خورده و منتظر او نمانده است.
بر اساس این روایت، بعد از آن هر روز مصطفی خمینی می‌رفت و موقع غذا خوردن، کنار پدرش می‌نشست و فقط نگاه می‌کرد و لب به غذا نمی‌زد و آیت‌الله خمینی هم «انگار نه انگار، به غذا خوردن ادامه می‌داد» و اصلا به او تعارف نمی‌کرد تا غذا بخورد. همسر مصطفی خمینی گفته که «پدر و پسر کار خود را بلد بودند.»
او همچنین گفته که با چادر پیش آیت‌الله خمینی می‌رفته و مصطفی به او می‌گفته که چرا با چادر نزد پدرش می‌رود و او می‌گفته است: «ما در خانواده خودمان این‌جوری بودیم و عادت کردیم» تا این که احمد خمینی ازدواج کرد و همسرش بدون چادر پیش پدرشوهرش می‌رفته و مصطفی خمینی به همسر خود گفته بود: «همین بهتر است که تو پیش آقا، چادر سر می‌کنی.»
خانواده همسر مصطفی خمینی با آیت‌الله خمینی اختلافات جدی داشتند و مرتضی حائری یزدی، از ابتدا با روش مبارزه آیت‌الله خمینی و کشته شدن مردم در اعتراض‌ها مخالف بود.
«صادق خلخالی» نقل کرده که آیت‌الله خمینی در نجف نامه‌ای را به مصطفی خمینی نشان داده و گفته که پدرزنش خطاب به او نوشته است: «هیچ یک از کارهای شما با اسلام سازگار نیست.»
«هاشمی رفسنجانی» و حسین خمینی نیز نقل کرده‌اند که در مراسم ختم او، «نجمه حائری» کوچک‌ترین فرزندش به احمد خمینی که برای تسلیت حاضر شده بود، اعتراض و به اقدامات حکومت اعتراض کرده است.
درباره برخی از رفتارهای خاص مصطفی خمینی نیز خاطراتی نقل شده است.
از جمله «حسن طاهری خرم‌آبادی» در خاطرات خود گفته است که او هنگام تبعید آیت‌الله خمینی به ترکیه و همراهی او برخوردهای تندی با ماموران ساواک داشته است.
بر اساس این روایت، روزی آیت‌الله خمینی و مصطفی خمینی در ایوان خانه محل تبعید نشسته بودند که یک مامور در کنار آنان می‌نشیند و مصطفی خمینی به او سیلی می‌زند و می‌گوید تو حق نداری در جلسه ما بنشینی؛ اما آیت‌الله خمینی او را از این اقدام نهی می‌کند.
«علی‌اکبر محتشمی پور» نیز گفته که نظرات او با برخی از نظرات پدرش تفاوت داشته از جمله «همه را به یادگیری آموزش نظامی و عملیات مسلحانه علیه رژیم تشویق» می‌کرده و معتقد بوده که مبارزه مسلحانه یکی از راه‌هایی است که می‌تواند رژیم شاه را ساقط کند.
«هادی غفاری» هم گفته که مصطفی خمینی در درس پدرش سوالی را می‌پرسد و او می‌گوید در خانه جواب می‌دهم و پدر به پسر می‌گوید: «بگو بلد نیستم؛ چرا الکی می‌گویی در خانه جواب می‌دهم.»
برخی از شوخی‌های مصطفی خمینی با روحانیان نیز در میان آنان مشهور بوده است. از جمله اینکه فردی در نجف به مصطفی خمینی گفته ما در هند یک قرآن داریم که هر صفحه‌اش هر چه‌قدر وزن دارد، تمام قرآن هم همان‌قدر وزن دارد، او نیز با اشاره به قد کوتاه صادق خلخالی گفته بود که اتفاقا یکی از رفقای ما، چه بایستد و چه بنشیند یک قد دارد.
درباره مرگ مصطفی خمینی نیز روایت‌های مختلفی نقل شده و نزدیکان آیت‌الله خمینی سعی کردند آن را مشکوک بخوانند و به ساواک نسبت دهند. با این حال او با کالبدشکافی جنازه فرزندش مخالفت کرد.
مصطفی خمینی شب قبل با روحانیانی چون «محمود دعایی» در خانه‌اش بوده است. احمد خمینی نیز گفته که پدرش او را بیدار کرده و خواسته که به خانه مصطفی خمینی برود.
او گفته است: «وقتی به داخل منزل رفتم، آقای دعایی و یک برادر افغانی که در آنجا درس می‌خواند و آقای دیگری را دیدم، وقتی به قسمت بالای منزل رفتم، دیدم زیر بغل و پاهای برادرم را گرفته‌اند و از پله پایین می‌آورند. دستم را بر پیشانی ایشان گذاشتم و گرمایی احساس کردم. او را در تاکسی گذاشتیم، ولی انگار کسی در همان لحظه به من گفت که او مرده است.»
آیت‌الله خمینی مرگ فرزند خود را «خفیه الهی» خواند. با نسبت داده شدن این مرگ به ساواک اعتراض‌هایی در ایران رخ داد.
حسین خمینی نیز در این مصاحبه گفته که مرگ پدرش «ماشه انفجار انقلاب بود و خــواص و اهل تفکر» را نیز با آیت‌الله خمینی همراه کرد. او همچنین می گوید که آیت‌الله خمینی مدتی پیش از مرگ پدرش خوابی دیده بود و بر اساس آن پیش‌بینی می‌کرد که خودش نیز مانند پسرش در نجف فوت شود.
بر خلاف این تبلیغ نزدیکان آیت‌الله خمینی اما ادعاها درباره نسبت دادن مرگ او به حکومت شاه را شبیه ادعاهایی چون مرگ «صمد بهرنگی» یا «تختی» به دست ساواک می‌دانند.
