او روز ۲۸ مهر در جمع نمایندگان رسانه‌های ترکیه، و در آستانه سفر خود به جمهوری آذربایجان تصریح کرد: «ایران به دلیل روابط آذربایجان و اسرائیل، به تقابل با آذربایجان نمی‌پردازد. شمار شهروندان ترک‌ در ایران معلوم است و دولت این کشور هم این را در نظر دارد. این کار ساده‌ای نیست».

اظهارات آقای اردوغان پاسخ به پرسشی درباره تمرینات نظامی اخیر ایران در نزدیکی مرز با آذربایجان بود. به‌علاوه، این نخستین‌بار است که رئیس جمهوری ترکیه وجود شمار زیاد از آذری‌زبان‌ها در ایران را مانعی برای مقامات ایران در جریان تنش میان تهران و باکو می‌داند.

این سخنان اما واکنش علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران، را به دنبال داشت. او روز اول آبان در حساب کاربری توئیتر خود سخنان رئیس‌جمهوری ترکیه را «بزرگ‌نمایی» قدرت اسرائیل توصیف کرد و به کنایه نوشت که رجب طیب اردوغان «داعیه رهبری جهان اسلام» را دارد.

دولتمردان و فرماندهان نظامی ایران در دوره اخیر از حضور نیروهای اسرائیلی در خاک جمهوری آذربایجان و در نزدیکی مرز ایران ابراز نگرانی کرده و هدف از رزمایش اخیر ارتش جمهوری اسلامی در نزدیکی مرز با آذربایجان را نمایش «توان بازدارندگی» دانسته‌اند.

حکومت ایران همچنین مدعی شده است که آذربایجان قصد تغییر مرزها با ارمنستان را دارد و می‌خواهد مرز زمینی ایران و ارمنستان را قطع کند.

در مقابل اما الهام علی‌اف، رئیس‌جمهوری آذربایجان که علاوه بر ترکیه، مناسبات سیاسی و نظامی باکو با اسرائیل را در سال‌های اخیر گسترش داده است، از سخنان مقام‌های ایران درباره «حضور اسرائیلی‌ها در نزدیکی مرز ایران و در خاک جمهوری آذربایجان» ابراز ناخشنودی کرده و گفته بود که ایران شواهد مدعای خود را ارائه کند.

درگیری لفظی تهران- باکو هنوز کاملا فروکش نکرده است. با این حال، ایران روز ۲۹ مهر تایید کرد که جمهوری آذربایجان دو راننده ایرانی کامیون‌های سنگین را که از چند هفته پیش در این کشور زندانی بودند، آزاد کرده و به سفارت ایران در باکو تحویل داده است.

به گفته تحلیلگران به نظر می‌رسد هر دو طرف متوجه ابعاد احتمالی ماجراجویی‌های نظامی باشند و از همین رو، از دست زدن به اقداماتی با هدف تشدید بحران خودداری کرده‌اند.