خانواده مقصودی مدتی را در بوکان ماندند، سپس به مهاباد رفتند. در مهاباد با یک خانواده‌‌ بهایی دیگر که از میاندوآب گریخته بود، هم‌خانه شدند.

خانواده‌ مهرداد هیچ دارایی و سرمایه‌ای نداشتند. هرچه پدر در طی سال‌ها کار اندوخته بود، همه را در میاندوآب گذاشته و گریخته بودند. قدرت و قانونی هم برای بازپس گرفتن آن‌ها وجود نداشت، پس مجبور بودند تا زندگی را از نو بسازند.

مهرداد، پسر بزرگ خانواده بود و دوشادوش پدر برای تامین هزینه خانواده کار می‌کرد. پس از یک سال، خانواده مقصودی از مهاباد به ارومیه نقل مکان کردند.

در ارومیه، مهرداد پس از وقفه‌ای که در درس خواندن داشت، دوباره تحصیل را آغاز کرد. او در میاندوآب تا مقطع راهنمایی خوانده بود و برای ادامه تحصیل در دبیرستان امام خمینی ارومیه ثبت نام، و شروع به درس خواندن کرد. مهرداد برای تامین مخارج زندگی خود و خانواده‌اش همراه با تحصیل، کار هم می‌کرد.

مهرداد مقصودی در کلاس سوم دبیرستان مشغول تحصیل بود که یک روز دبیر دینی در کلاس با بیان مطالبی در مورد دین بهایی، شروع به تمسخر مهرداد و عقاید دینی او کرد (یک منبع دیگری گفته است که اظهارات غیر واقع دبیر تاریخ در مورد تاریخ آیین بهایی، موجب بحث بین او و مهرداد در کلاس شده است). مهرداد جوانی اهل مطالعه و خوش سخن بود، به‌همین دلیل در برابر سخنان معلم ساکت ننشست و شروع به بحث با معلم مزبور کرد.

متعاقب این ماجرا، در تاریخ ۱۱دی۱۳۶۴، چهار پاسدار مسلح به مدرسه آمدند و مهرداد را از سر کلاس درس بیرون آورده و دستگیر کردند. سپس با مهرداد به منزلش رفته و پس از بازرسی منزل و ضبط کتب و نوشته‌‌های مربوط به آیین بهایی، مهرداد را هم به زندان منتقل کردند.

اولین ملاقات مهرداد با مادرش، یک هفته بعد از دستگیری او بود. مهرداد مقصودی در زندان به‌شدت بیمار می‌شود و او را به قید ضمانت ملکی (سند منزل پدری) به مرخصی درمانی اعزام می‌کنند. پس از چهل روز، با آن‌که پزشک معالج گواهی تمدید دوره درمان و استراحت مهرداد را داد، ولی بازجو پرونده موافقت نکرد و مهرداد دوباره به زندان بازگشت.

مهرداد هفته‌ای یک بار با مادر و پدرش ملاقات می‌کرد. مادرش از او می‌خواست با بازجوها بحث نکند، شاید این‌طوری آزادش کنند، ولی مهرداد در پاسخ مادر می‌گفت که جرمی مرتکب نشده که مستحق مجازات و زندان باشد، او فقط از عقایدش دفاع می‌کند، بهایی بودن جرم نیست.

آخرین دیدار مادر و فرزند در ۱۳بهمن۱۳۶۵ بود.

روز ۱۵بهمن۱۳۶۵، مهرداد برای استحمام به حمام زندان می‌رود. در آن زمان، فرد یا افرادی ناشناس (هیچ‌گاه هویت مهاجم یا مهاجمان مشخص نشد) به او حمله می‌کنند.

مهاجمان با پاشیدن اسید، منجر به سوختگی شدید صورت و بدن او می‌شوند. صدای آژیر خطر در زندان به‌صدا درمی‌آید. بلافاصله مهرداد را بدون لباس از زندان به بیمارستان ارومیه منتقل می‌کنند.

مسوولین بیمارستان با دیدن شدت جراحات از پذیرش مهرداد خودداری می‌کنند و بدن سوخته و بی‌جان او را به بیمارستان تبریز انتقال می‌دهند. پس از دو روز، مهرداد مقصودی،‌ جوان ۲۲ ساله بهایی، از شدت جراحات ناشی از سوختگی در بیمارستان تبریز درگذشت. پدر، جسد فرزندش را در حالی‌که هیچ جای سالمی بر بدنش یافت نمی‌شد، از بیمارستان تبریز تحویل گرفت و او در گورستان وادی رحمت تبریز دفن کرد.

علی‌رغم پیگیری‌های پدر مهرداد مقصودی، دلیل قتل و قاتلین پسرش هیچ زمان پیدا نشدند. در تاریخ ۱۴فروردین۱۳۶۷،‌ دادگستری آذربایجان غربی در اخطاریه‌ای به پدر مهرداد مقصودی اعلام کرد که از این تاریخ، حق پیگیری پرونده فرزندش را ندارد.