در روز ۲۵ اسفند ۱۳۷۳ بطور ناگهانی سید احمد خمینی دار فانی را وداع می کند وی فرزند دوم روح الله خمینی بود.در این زمان تقریبا ۴ سال از مرگ روح الله خمینی گذشته بود.

بلافاصله پس از مرگ سید احمد خمینی شایعات مبنی بر قتل سید احمد خمینی بر زبانها جاری شد و رفته رفته احتمال قتل سید احمد خمینی قوت گرفت.

همزمان دولت وقت نیز شایعاتی را مبنی بر اعتیاد سید احمد خمینی بر زبانها انداخت و این ادعا ها حاکی از آن بود که سید احمد خمینی بخاطر زیاده روی در مصرف مواد مخدر جانش را از دست داده است.رسانه های دولتی نیز علت قتل سید احمد خمینی را سکته قلبی اعلام کردند

اما حقیقت این بود که سید احمد خمینی یکی از قربانیان قتل های زنجیره ای بود.

سید احمد خمینی از اوضاع پیش آمده در کشور ناراضی بود و دائم به بیت مرحوم آیت الله منتظری رفت و آمد می کرد و از ویبخاطر ظلمی که در حقش روا شده دلجویی می کرد.

وی چهار روز پیش از مرگش سخنان تندی در هفته نامه امید منتشر کرده بود: « الان داخل شانزدهمین سال از عمر انقلاب اسلامی هستیم و هنوز بعضی از مسئولین، حتی مسئولین نهادهایی که پس از انقلاب تاسیس شده‌اند، مشکلات مدیریتی و مسایل خود را به گردن رژیم گذشته می‌اندازند و ندانم کاری‌های خود را ناشی از مشکلات بجا مانده از رژیم طاغوت می دانند. ایضا بعضی‌ها همه نقاط ضعف و بی کفایتی خود را با هیاهو به گردن استکبار جهانی و آمریکا انداخته و از زیر بار مسئولیت شانه خالی می‌کنند

ضعف مدیریتی و امنیت پرواز باعث سقوط پی درپی هواپیماهای مسافربری سیویل و نظامی می شود و هنوز مرکب خبر سقوط هواپیمای فوکر و آسمان خشک نشده خبر سقوط طیاره دیگری منتشر می شود. آیا این هم از توطئه آمریکاست؟ »

سعید امامی در اعترافاتش که بلافاصله در پرونده اش مهر فوق محرمانه خورد و حذف شد می گوید: «از آنجا که سید احمد خمینی قرص های مختلفی مصرف می کرد یافتن وسیله ای جهت از پای در آوردن او کار سختی نبود. با شناسایی داروهای او ترتیبی داده شد که یکی از قرصهای او عوض شود و یک قرص با همان شکل و شمایل اما با دوز بالا و کشنده از همان دارو در میان قوطی قرص او قرار گیرد . در شب حادثه مقتول مثل همیشه قرص های خود را خورده و آرام خوابید و دیگر بیدار نگردید.

سعید امامی همچنین اشاره می کند که در طول سه روز بیهوشی احمد خمینی در بیمارستان ترتیبی داده شده بود که به هر شکل شده از خروج او از بیمارستان ممانعت شود، پس از مرگ علیرغم اصرار همسر ایشان نگذاشتیم پزشک قانونی دلایل مرگ ایشان را پیگیری کند و به همان اعلامیه تیم پزشکی اکتفا شد.»

دکتر جمشید پرتوی، متخصص قلب و پزشک سید احمد خمینی نیز در ۱۰ دی ۱۳۷۷ در تهران و در منزل مسکونی‌اش کشته شد.

عماد الدین باقی نیز می گوید که سید حسن خمینی از قول حجت الاسلام دعایی که مسئول رسیدگی به پرونده قتل های زنجیره ای بود به او گفته است که سید احمد خمینی یکی از حلقه های قتل های زنجیره ای بوده است.

اما متاسفاته حقیقتی که محافل اصلاح طلبی چشمشان را روی آن بسته اند دخالت فعال هاشمی رفسنجانی در ماجرای قتل سید احمد خمینی بود.در آن سالها خامنه ای تازه روی کار آمده بود و مستقیما از رفسنجانی تبعیت می رد از طرف دیگر فلاحیان در تمامی قتل ها مستقیما از رفسنجانی دستور می گرفت.

لاریجانی در خاطراتش می نویسد::در اخبار داخلی، موضع گیری و انتقاد شدیداللحن حجت الاسلام آقای حاج سید احمد خمینی خبر مهمی بود، سخنان ایشان در رسانه های داخلی و خارجی انعکاس گسترده داشت. صحبتهای ایشان چند محور داشت:۱- ما نباید تابع سیاستهای اقتصادی غرب باشیم.۲- از موقعی که سرمایه داران تحت لوای بخش خصوصی به تخریب اقتصادی مشغول هستند، هر روز سنگی در مقابل توان اقتصادی مردم مظلوم و مستضعف انداخته اند. ۳- یک عده سرمایه دار زالو صفت به این بهانه که اقتصاد دولتی مضر است، به حال خود رها شده و به جان این ملت افتاده اند. ۴- اگر با سرمایه داران همانند منافقین برخورد می کردیم، اوضاع کشور به این صورت در نمی آمد.

رسانه های خارجی این سخنان را مخالفت با سیاستهای دولت آقای هاشمی تلقی کرده و روی آن داستان سرایی کرده اند. هرچند این مطالب مخالفت با سیاست های دولت آقای هاشمی است ولی نه آن طور که در رسانه های خارجی بزرگ شد

نکته جالب این است که قتل سید احمد خمینی همزمان با سایر قتل های زنجیره ای مانند توطئه نافرجام سرنگون کردن اتوبوس حامل نویسندگان به دره و ربوده شدن فرج سرکوهی در فرودگاه مهرآباد، و .. توسط وزارت اطلاعات دولت هاشمی رفسنجانی ترتیب داده شده بود.

همچنین رفسنجانی و احمد خمینی بر سر مساله جنگ ایران و عراق اختلافات عمیقی داشتند اما وجود خمینی مانع از قتل احمد می شد احتمالا احمد خمینی با عزل بنی صدر نیز مخالف بود ولی رفسنجانی کاملا موافق این کار بود زیرا روابط بنی صدر و سید احمد خمینی از زمان نوفل لوشاتو بسیار نزدیک بود حتی بنی صدر می خواست سید احمد خمینی را نخست وزیر خود بکند.مورد بعدی اختلاف رفسنجانی و سید احمد خمینی در ادامه یا عدم ادامه جنگ بود.

بعد از مرگ خمینی هر دو نفری که در جمهوری اسلامی بر سر قدرت بودند مخالف بودن وی بودند پس قتل سید احمد خمینی با تایید رفسنجانی و خامنه ای صورت گرفته است.